Amplifier séquence cible cDNA

[val62]

Bonjour,

Dans le cadre d'un exercice globale d'expression de gène je suis confronté à un petit problème.
Je dois amplifié la séquence X de mes cDNA issu de mes ARN.
Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.
Avez vous une methodologie ou un process pour retrouver la sequence cible et designer les amorces?

Merci d'avance
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[Flyingbike]

il faut rechercher votre cible dans "Nucleotide" et limiter la recherche au mRNA

Si vous utilisez primer blast, la référence de la séquence suffit (type NM_984748)

Vous pouvez quand meme choisir des amorces de part et d'autre d'une jonction exon/exon

[val62]

Merci beaucoup de votre réponse, mais a quelle moment peut on limiter la recherche au mRNA?

Cdlt

[Flyingbike]

ex : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=NR2F2

a gauche, "molecule type"


mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast "connait" l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour)

[A voir en vidéo sur Futura]