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Amplification de séquence

  1. #1
    val62

    Amplification de séquence

    Bonjour,

    Dans le cadre d'une expérience on me demande d'amplifié le gène d'interêt B2m (Hs) a partir de cDNA.
    Existe t -il une méthode ou un protocole permettant de trouver précisément la séquence cible à amplifié, de trouver les amorces sens et anti-sens et valider le matching de ces amorces sur la sequence cible?
    Quand je regarde sur NCBI nucleotide, j'ai des tas de données et je ne sais pas s'il s'agit des bonnes.

    Existe une procédure fiable, simple et efficace pour faire cela?
    D'ailleur pouvez vous me dire à quoi correspond span exon? C'est une séquence à cheval sur 2exons?

    Merci d'avance

    -----


  2. #2
    Flyingbike

    Re : Amplification de séquence

    1 trouvez la référence de votre transcrit sur NCBI nucleotide (spécifier homo sapiens (a droite) et mRNA (a gauche)) : ca doit être ça https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_004048.2

    2 trouvez des primes dans NCBI primer blast en spécifiant la référence de la séquence (NM_00448.2 dans ce cas), qui vérifie qu'on amplifie bien la cible et aucune autre (avec les bons paramètres de Tm, de taille d'amplicon, etc.)

    c'est une procédure simple et fiable sans problème

    Exon span permet de placer une amorce de chaque coté d'un intron pour éviter d'amplifier de l'ADN génomique
    La vie trouve toujours un chemin

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