Le génome du peuplier séquencé

[invite34482dc7]

Après les célèbres Arabette des dames Arabidopsis Thaliana et Riz Oryza Sativa, le peuplier Populus Trichocarpa vient rejoindre la famille des plantes dont le génôme est séquencé. Il a donc l'honneur d'être le premier arbre (Angiosperme Dicotylédone) a avoir son génome décodé, qui plus est par une technique qui m'est particulièrement chère : le shotgun.

Pourquoi lui ?

Parce que son génome est relativement court, 485Mpb environ ( la ou le pin en contient 50 fois plus ), représentant la bagatelle de 45000 gènes.

Au cours de l'étude (parue dans Science 15/9/2006), il est apparu que le peuplier et Arabidopsis ont divergé au cours de l'évolution, à une date remontant à environ 100/120 MA, et qu'a partir de ce moment, un whole genome replication event (sic.) a eu lieu, qui au cours du temps a abouti a la survie de 8000 gènes (la taille totale de son génome est plus de 1,5 fois supèrieure à celle de l'arabette). Une augmentation des gènes codant pour des protéines (ou portein coding genes) a été observée, tout en conservant une fréquence de domaines protéiques similaire sur les deux génomes. Les seules exceptions de surreprésentation chez populus concernent les gènes associés à la biosynthèse des parois de lignocellulose, au dévelloppement meristematique, à la résistance aux maladies, et au transport des métabolites.

Il a été observé que les evenements de recombinaison chez populus étaient plus lents que chez arabidopsis (sur l'échelle de l'évolution).

De plus en plus de génomes végétaux sont en cours de séquençage, au sein de projets internationaux. C'est par exemple le cas de la vigne vitis vinifera (infos sur le projet disponibles en français sur le site du Genoscope d'Evry).

References et Abstract :

The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)
Science 15 September 2006:
Vol. 313. no. 5793, pp. 1596 - 1604
DOI: 10.1126/science.1128691
Lien vers le site de la revue Science

Acces : http://le-doc.info/~ledoc/index.php/...euplier-decode
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[invite56d68a15]

450 Mbases seulement ? étonnant.

[Guillmot]

En effet c'est une prouesse qui était attendue depuis un bon moment, pour des débouchées aussi bien en amélioration végétale qu'en recherche fondamentale.

Si tu as l'article original Dr_T je suis intéressé (par MP only )

[invite34482dc7]

450 Mbases seulement ? étonnant.

A priori oui... C'est d'ailleurs une des raisons de ce choix, comme confirmé sur http://www.inra.fr/presse/le_premier...arbre_sequence

Si tu as l'article original Dr_T je suis intéressé

Alors... Mes pauvres finances d'étudiant ne me permettent pas de me payer un article dans science, encore mois une souscription...

Ceci dit, vu que le sujet m'interesse, je vais essayer de le telecharger depuis les postes de la fac (qui logiquement a les acces), ou de demander a mes potes qui font de la genomique vé si ils l'ont pas sous la main (logiquement, ils devraient avoir)

Je vais essayer de trouver ca le plus rapidement possible, parce que j'ai quand meme envie de le lire!

[A voir en vidéo sur Futura]

[Guillmot]

Ok Dr_T je récupèrerai depuis mon campus universitaire;

A noter aussi que le Peuplier pousse vite (donc intéressant pour un arbre-modèle en labo ) et est très utilisé (donc valeur économique forte). Si on y rajoute son génome plus modeste que d'autres arbres, on a trois arguments très parlants non ?

[invite34482dc7]

Tout a fait, ce qui semble suffire a Erik Stokstad pour le qualifier de 'lab rat of the tree world' (http://www.sciencemag.org/cgi/conten...313/5793/1556a)