Épissage et Origine des Gènes de Développement

[rr-rg-rq]

Salut

Selons-vous, l'origine des gènes de développments sertait-il associé a l'évolution des gènes qui implique et favorise les protéines d'épissage de l'ARNm au cours de l'évolution ?

Les Bactéries on une organisation de leurs appareil génétique de transcription de leurs ADN en ARN, différentes des Eucaryotes et des Archéobactéries (épissage). Il possède un ADN non segmenté (gènes de forme morcelée ou mosaique) contrairement aux deux autres.

Donnez moi vos réflexion là-dessus !

Gilles

[John78]

Salut

Selons-vous, l'origine des gènes de développments sertait-il associé a l'évolution des gènes qui implique et favorise les protéines d'épissage de l'ARNm au cours de l'évolution ?

Il n'y a mon avis aucun rapport. Beaucoup d'eukaryotes simplement organisé (unicellulaire par ex.) ont des introns, mais pas de génes du dévellopement comme on en trouve chez les métazoaire par ex. Donc je vois pas très bien le lien ???

Les Bactéries on une organisation de leurs appareil génétique de transcription de leurs ADN en ARN, différentes des Eucaryotes et des Archéobactéries (épissage). Il possède un ADN non segmenté (gènes de forme morcelée ou mosaique) contrairement aux deux autres.

Se n'est pas vraiment exact. Les enzymes de la transcription sont relativement conservée entre les 3 domaines (par ex. l'ARN polymerase et ses sous-unités).
De plus les Bactéries ont des introns de groupe I et II, et les Archées des introns de groupe I. Sans compter les rétrons et les intéines chez tout ces procaryotes. Bref il y a du morcellement chez les procaryotes.

Je ne vois pas quand même très bien où voulez en venir...

A+
J

[rr-rg-rq]

Salut John78

Il n'y a mon avis aucun rapport. Beaucoup d'eukaryotes simplement organisé (unicellulaire par ex.) ont des introns, mais pas de génes du dévellopement comme on en trouve chez les métazoaire par ex. Donc je vois pas très bien le lien ???

Il faut pas oublier que les protistes sont aussi des eucaryotes. Le tout concerne une question d'échelle évolutive.

Se n'est pas vraiment exact. Les enzymes de la transcription sont relativement conservée entre les 3 domaines (par ex. l'ARN polymerase et ses sous-unités).

Oui sous leurs formes biomoléculaires, mais pas sur leurs nombres, les Eubactéries n'ont que 3 ARN polémérasses, les archéo entre 2 et 5 selon les espèces (250) et les eucaryotes n'ont 5 différents.

De plus les Bactéries ont des introns de groupe I et II, et les Archées des introns de groupe I. Sans compter les rétrons et les intéines chez tout ces procaryotes. Bref il y a du morcellement chez les procaryotes.

Merci pour l'info. As-tu des liens a me fournir sur le sujet !

Je ne vois pas quand même très bien où voulez en venir...
A+
J

Que l'évolution parallèles des gènes qui sont impliqué dans le phénomènes d'épissage lors de la transciption. A tout bètement favoriser les eucaryote et puis une forme de synergie relié a l'évolution et au développement des différentes forme de gènes de développement en différentes étapes (segmentation vers 700 Ma pour les métazoaire de la faune d'Édiacara et puis hométique pour la faune de burgess et suivante) etc...

Gilles

[John78]

Sur les introns :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/q...=pubmed_docsum

En cliquant sur la fenetre en haut a droite vous pourrez aller chercher le pdf. Dites moi si vous n'y arrivez pas (envoyez moi un MP avec une adresse mail, je vous l'enverrais).

Par ailleurs je ne comprends toujours pas très bien l'explication. Ca vaudrait peut etre le coup d'écrire quelques choses de plus complet pour exposer votre scénario. On en discutera...

A+
J

[piwi]

Les gènes qui controlent le développement sont des facteurs de transcription. C'est à dire que ce sont des gènes qui controlent l'expression d'autres gènes. Je ne vois pas bien non plus le rapport avec l'epissage.

Pensez vous qu'il y ait un epissage particulier des ARNm qui varie au cours du développement?

Cordialement,
piwi

[rr-rg-rq]

Sur les introns :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/q...=pubmed_docsum

En cliquant sur la fenetre en haut a droite vous pourrez aller chercher le pdf. Dites moi si vous n'y arrivez pas (envoyez moi un MP avec une adresse mail, je vous l'enverrais).

Le lien me semble très intéressent, mais je ne lit pas l'anglais ! dommage !

Peux-tu me résumer quelque peut l'épissage chez les procaryote (Eubactéries)

Par ailleurs je ne comprends toujours pas très bien l'explication. Ca vaudrait peut etre le coup d'écrire quelques choses de plus complet pour exposer votre scénario. On en discutera...

Je le ferai dans l'un de mes prochain postes !

Gilles

[rr-rg-rq]

Salut piwi

Les gènes qui controlent le développement sont des facteurs de transcription. C'est à dire que ce sont des gènes qui controlent l'expression d'autres gènes. Je ne vois pas bien non plus le rapport avec l'epissage.

Oui effectivement, mais ces gènes sans l'épissage qui retranscit, si on peut dire en coupant les introns intercaler, auraient une autre activité de toute vraissemblance, si les introns étaient des composantes de l'expressions de ses mêmes gènes architèque. L'épissage modifie les relations de base sur la traduction (cynergie de co-évolution génétique sur le développement) !

Pensez vous qu'il y ait un epissage particulier des ARNm qui varie au cours du développement?

Cordialement,
piwi

Oui et plus particulièrement ceux impliqués dans la segmentation !

Gilles

[ananda]

Juste une petite info sur l'épissage alternatif (que j'ai apprise récemment). Chez la drosophile, le gène DSCAM subit un épissage alternatif, à un point tel qu'il peut générer potentiellement 38016 isoformes différentes...soit un nombre plus élevé que le nombre de gènes répertoriés chez la Droso !!! Et comme cela a été dit, le splicing alternatif est lui-même soumis à une régulation : telle isoforme sera plutôt exprimée dans un territoire cellulaire donné, et en réponse à un stimulus donné.

Maintenant, qu'est-ce qui régule ce qui régule les facteurs de splicing ???? Bonne prise de tête

A+

[ananda]

EDIT de mon précédent message : 14 000 gènes environ chez la Drosophile

[rr-rg-rq]

Juste une petite info sur l'épissage alternatif (que j'ai apprise récemment). Chez la drosophile, le gène DSCAM subit un épissage alternatif, à un point tel qu'il peut générer potentiellement 38016 isoformes différentes...soit un nombre plus élevé que le nombre de gènes répertoriés chez la Droso !!! Et comme cela a été dit, le splicing alternatif est lui-même soumis à une régulation : telle isoforme sera plutôt exprimée dans un territoire cellulaire donné, et en réponse à un stimulus donné.

Liens : L'inné et l'acquis dans le comportement animal : deux gènes responsables du comportement sexuel

Que veut dire le terme : splicing

Maintenant, qu'est-ce qui régule ce qui régule les facteurs de splicing ???? Bonne prise de tête

A+

Voilà, de la l'épissage alternatif et la cynergie co-évolutive avec les gènes de développement.

Merci pour les précision !

Gilles

[rr-rg-rq]

Salut

Après analyse, les introns de groupe I et II (A&B), sont des introns autocatalytiques (Riboenzyme) contrairement aux introns de type nucléaire des Eucaryotes ( qui implique les Spliceosome avec des (RNP) ribonucléoprotéines et (sn) des courte chaine (100 à 300) d'ARN nucléaire fixé à l’intron)

Le groupe I est surtout impliqué dans la synthèse des ARNr (Rybosomes ou enzymatique permettant les réactions de trans-estérifications) et leur action est portée sur de courte chaine de nucléotide. Alors on peut l'oublier, au pire elle représenterait l'ancètre commun (stade protobionte peut-être) ? Car elle sont nullement impliqué dans la gestion des gènes de développement des métazoaires ou de leur Facteur de retranscription, sauf pour la synthèse des Ribozomes ! (Il s'agit de la découverte qui est associé aux Riboenzymes tout simplement !!!!!). Il requiert uniquement le transcrit primaire et de la GMP (une guanosine monophosphate)

Parcontre pour les introns de type II, (qu'ont rencontrent dans les mitochondries et les chloroplastes d'eucaryotes inférieurs et de végétaux, ainsi que chez certaines bactéries) le cas est plus intéressent (malgré qui ne sont pas impliqué dans le mécanisme d'épissage des gènes précurseurs de développement), et si quelqu'un peut me fournir des liens sur leurs propriétés biochimiques !

Liens : http://spiral.univ-lyon1.fr/polycops...culaire-9.html

Gilles

[rr-rg-rq]

Salut

Pour le type deux, il semblerait qu'il sont impliqués pour les gènes de transposition ou gènes sauteur (Bactérie et Archéobactérie). Il semble aussi s'agire de l'ancètre des gènes qui sont impliqués dans le processus d'épissage des introns nucléaires des Eucaryote

Les introns de groupe II, qui sont probablement à l'origine du complexe d'épissage nucléaire (spliceosome) et de ses substrats, sont constitués d'un ribozyme (ARN catalytique) de grande taille et de la séquence codante d'une réverse transcriptase. On les trouve dans les génomes mitochondriaux, chloroplastiques et bactériens, où ils se comportent le plus souvent comme des rétrotransposons. (transposition d'un site génomique à l'autre)

Structure et activités in vitro des introns de groupe II .

Donc la branche la branche évolutive qui a conduit au développement des gènes de développement, semble ce confirmer de plus en plus ! (je ferai une mise à jours du schéma bientôt et vous le présenterai avec un texte mis à jours !)

Exemple :

Ancètre (LUCA disont) qui se sépart en plusieurs groupe (avec intron de type I (Ribozymes découvert en 1996)). Parmis ces groupes il y a les ancètres des Eubactéries et des Archéobactéries. Toute les deux ayant acquient les introns de type I et II, le type II après mutation de la cellules souche (gènes qui sont impliqués dans les phénomènes de transposons qu'ils viennent d'acquérir par mutation-évolution). Ansuite les pré-Arché se divise en Arché et Urcaryote avec mutation des gènes de transposition vers les gènes de type épissage nucléaire chez ces dernier (Urcaryote) et de mécanique pseudo-Endosynbionte. Les Urcaryote par toutes sortes de mécanisme d'endosynbiotes () vont données naissance aux Eucaryote () et disparaissent par la suite. Le reste est déjà dans le schéma et le texte de départ !

Bob je finalise le tout et je vous reviens !

Gilles

[ananda]

Que veut dire le terme : splicing
Tout simplement "épissage", in english

[rr-rg-rq]

Salut

Je cherche maintenent des liens sur la mécanique biochimique des processus de coupage sur les rétrotransposons (transposition d'un site génomique à l'autre) et aussi sur la réverse transcriptase (duplication chez certain rétrovirus à ARN vers ADN).

Gilles

[piwi]

Donc la branche la branche évolutive qui a conduit au développement des gènes de développement, semble ce confirmer de plus en plus !

Bonjour,
Je ne parviens toujours pas à voir clairement la ligne que vous suivez.
J'entends bien que vous suivez une idée mais je parviens vraiment pas à vous suivre. Des phrases comme celle qui suit me sont totalement incompréhensibles:

Oui effectivement, mais ces gènes sans l'épissage qui retranscit, si on peut dire en coupant les introns intercaler, auraient une autre activité de toute vraissemblance, si les introns étaient des composantes de l'expressions de ses mêmes gènes architèque. L'épissage modifie les relations de base sur la traduction (cynergie de co-évolution génétique sur le développement) !

Que cela soit clair, je ne vous prends pas de haut du tout. Je ne pense pas que ce que vous essayez de mettre en lumière soit totalement dénué d'intéret.
Je ne comprends simplement pas sur quoi s'appuie votre démarche, comment vous la conduisez, et où elle amène (en un mot je ne comprends rien )

Pouvez vous l'exposer simplement que l'on puisse discuter? (observation de départ, hypothèse, développement bibliographique et conclusion)

Bien cordialement,
piwi