Determiner le pHi(bioch p1)

[inviteb37e8cbc]

Pourriez vous s'il vous plait me rappeler comment determiner la forme zwiterrion d'un peptide a l'aide d'un tableau où est répertorié pKa(n) pKa(c) et pKa(r)?
Prenons l'exemple suivant ( dont j'ai la correction mais dont je n'arrive pas a assimiler la methode suivie ...) :
Ser-Glu-Arg
pKac pKan pKar
Ser 3.6 9.5
Glu 3.5 9.4 3.2
Arg 3.9 9.8 12


Je crois qu'il faut partir des formules des AA correspondants mais la méthode est confuse dans ma tête .... Si vous pourriez bien me detailler la méthode , ce serait gentil !
Merci
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[inviteb37e8cbc]

Et au passage , a quoi correspond le pKar svp ? car pKac COOH/COO- , pKan NH3+/NH2 mais pKar...

[HarleyApril]

bonsoir
pKar, c'est le pKa de la fonction dans le résidu R de l'acide aminé
cordialement

[vpharmaco]

Bonjour,

On reprend ton exemple : Ser-Glu-Arg.
Et avant tout, oui, il faut connaître la structure de ces acides aminés !

Ce tripeptide possède comme fonctions ionisables :
* l'amine N-terminale de Ser
* l'acide carboxylique C terminal de Arg
* les fonctions portées par la chaine latérale de Glu et de Arg.

Rq: les fonctions COOH de Ser et Glu et les fonctions NH2 de Glu et Arg n'interviennent pas car elles sont été engagées dans la formation de deux liaisons amides, qui ne sont pas ionisables en solution aqueuse.

A partir de là, tu prends un papier et un crayon !
Tu peux tracer une échelle de pH allant de 0 à 14 et sur cette echelle, tu places les différents pkA des fonctions ionisables du tripeptide. En dessous du pkA, la fonction concernée sera majoritairement sous forme acide, au dessus, elle sera sous forme basique.

Tu te fixe ensuite à pH=0. A ce pH, tu sais que toutes tes fonctions ionisables seront sous forme acide. Tu auras donc :
* l'amine N-terminale de Ser sous forme NH3+
* l'acide carboxylique C terminal de Arg sous forme COOH
* la fonctions portée par la chaine latérale de Glu sous forme COOH et celle de Arg sous la forme GuaH+ (le Gua, c'est pour guanidium : c'est le nom de la fonction portée par la chaine laterale de l'Arginine).

A pH=0, ton peptide porte donc 2 charges +.

Le plus dur est fait.
Maintenant, tu te places à des pH de plus en plus élévés. Dès lors que tu dépasses un pKa, la fonction correspondante sera sous forme basique.

Donc à pH=0, ton peptide aura 2 charges +
Passé le premier pka, il aura 1 charge +
Passé le deuxieme pKa, il aura une charge neutre
et ainsi de suite

Le pHi se mesure pour l'espèce électriquement neutre. Il te suffit de regarder quels sont les pKa qui encadrent cette forme et d'appliquer la formule de ton cours.

J'espere que tu as suivi car çà doit être mon message le plus long depuis que je suis inscrit sur le forum

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite6e2e194b]

Salut,

Le pHi se mesure pour l'espèce électriquement neutre. Il te suffit de regarder quels sont les pKa qui encadrent cette forme et d'appliquer la formule de ton cours.

J'ai compris tout ton raisonnement jusqu'ici. Mais ta conclusion, je ne l'ai pas comprise: J'ai procédé exactement comme tu l'as décrit. J'en arrive à identifier que le pI se trouve dans l'intervalle [3.9; 9.5] grâce à l'axe, mais je ne sais pas comment calculer le pI.

Merci beaucoup!

[invite6e2e194b]

Excusez-moi pour le dérangement, mais je viens de comprendre, je m'auto-corrige:

Donc finalement, le pI s'obtient de la manière suivante: pI=(3.9+9.5)/2= 6.7

Merci quand même!
Et a bientôt!

[invite57825906]

Bonjour, je me permet de m'initier dans la discussion car je ne comprend pas comment sait-on que nous devons choisir par exemple le pka(R) , le pka (alpha-NH2) ou le pka(alpha-COOH) d'un acide aminé pour pouvoir faire notre échelle de ph pour calculer le phi??


Cordialement

[JPL]

As-tu vu que la discussion date de 2013 ? Pire : les premiers messages sont de 2009.