Du mal à analyser un spectrogramme (spectrométrie de masse)

[Chimiste_]

Bonjour,


J'ai synthétisé en laboratoire un peptide et je dois maintenant l'étudier.
J'essaye depuis plusieurs heures de comprendre mon spectrogramme mais j'ai vraiment du mal.

Tout d'abord voici la molécule que j'étudie ; c'est un peptide de 8 acides aminés.

octapeptide.png


J'aurais plusieurs questions

1) Je ne comprendre pas d'où vient le cation associé H⁺, Na⁺, K⁺ ... (Il me semble que ça correspond à Na⁺ et K⁺ au vu du delta).

2) Est-ce vrai de dire que le pic majoritaire correspond à la masse monoisotopique de mon peptide + la masse d'un atome d'hydrogène ?

3) Le 2ème pic correspond donc à la masse monoisotopique de mon peptide + la masse d'un atome de deutérium ? D'où le delta de 1 entre les 2 pics. Le pic suivant à du tritium ?

4) D'après Chemdraw, mon peptide a une masse monoisotopique de 910,56 g.mol^-1 ; or le pic majoritaire sur mon spectrogramme est à 911,23 (càd que mon composé aurait une masse molaire de 911,2296 g.mol^-1 (masse molaire de mon peptide) - 1,0079 g.mol^-1 (masse molaire du cation hydrogène associé) = 910,2217 g.mol^-1. On trouve une petite différence avec la masse théorique indiquée par Chemdraw. A quoi cela est-il dû ? A l'électron perdu bien qu'il soit de masse négligeable ?

5) A quoi correspondent les pics à 971,1372, 987,1163, 1045,2079 g.mol^-1 ; des impuretés ?

6) Puis-je tout de même conclure au final que mon peptide est d'une pureté acceptable ?


Ci-joint, mon spectrogramme.


Merci d'avance pour votre aide.
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[moco]

Le tritium n'intervient pas. Il n'y en a pas assez dans l'hydrogène naturel pour qu'on en tienne compte. Par contre il y a du Carbone-13 dans le carbone naturel. Et apparemment tu n'en tiens pas compte. Pourquoi ?

[Chimiste_]

Merci Moco pour votre réponse rapide.


Je n'en ai pas tenu compte car je n'ai pas pensé aux isotopes du carbone ; j'étais focalisé sur l'hydrogène...
Je viens de regarder, le Carbone 13 a une abondance naturelle de plus d'1%, alors que le deutérium a une abondance de moins de 0,02%... Il semble légitime de négliger ce dernier.

Les delta de 1 correspondent donc à un ou plusieurs atomes de Carbone-13 (il est normal d'en trouver étant donné que j'ai un peptide à 41 carbones !). Cela répond à ma question 3) : merci beaucoup.


Par contre, les autres questions restent en suspens.

[georgesabidbol]

1- Tu introduis comment ton échantillon et tu utilise quelle méthode (ESI-Q ?)
si il y a de l'eau à un moment (genre HPLC-ESI en phase inverse) ça viens de là

[A voir en vidéo sur Futura]

[georgesabidbol]

2- Oui, C'est un specto de masse, pour voir ton produit il faut qu'il soit chargé. Comme c'est probablement une LC-MS (ESI) tu charge ton acide aminé en le protonant via TFA

3- Parce que c'est une approximation

5-6 on ne détermine pas la pureté d'un produit par spectro de masse. On utilise d'autres méthodes

[Chimiste_]

Merci beaucoup pour ces réponses Georgesabidbol !

J'ai utilisé cette technique : http://fr.wikipedia.org/wiki/Désorpt...ée_par_matrice

Une dernière chose que je saisis mal. Pourquoi le produit a besoin d'être chargé pour être détecté ?

[Sethy]

La molécule ne doit pas être chargée pour être détectée mais elle doit être chargée pour être séparée des autres.

Revois le principe de la spectro de masse ...

[Chimiste_]

Sethy : Tout le problème est là...
Je n'ai pas de cours là-dessus ; j'ai cherché sur internet mais je ne comprends pas bien le principe de l'ionisation.

[Sethy]

Ce schéma illustre le principe d'un spectromètre de masse :

http://d32ogoqmya1dw8.cloudfront.net...cschematic.jpg

Quelques questions pour t'aider à comprendre :
- D'après-toi, que se passe-t-il pour les molécules non-ionisées ?
- Imaginons deux molécules d'espèces différentes (et de MMol différentes) mais ionisées toutes les deux une seule foi, pourquoi suivent-elles des trajectoires différentes ?
- Imaginons deux molécules différentes, l'une ayant juste le double du poids de l'autre et qu'en plus la plus lourde soit ionisée 2x alors que la plus légère 1x. Quels seront leurs trajectoires dans l'aimant ? Si tu as trouvé, tu comprendras pourquoi les unités du Spectro de masse sont en "m/e".

[Chimiste_]

Merci pour ta réponse Sethy.

Malheureusement j'ai utilisé ce type de spectromètre de masse : http://fr.wikipedia.org/wiki/Désorpt...ée_par_matrice

Il fonctionne donc sans champ magnétique si je ne m'abuse.

et par la suite, c'est le temps de vol qui est analysé. (J'ai bien compris cette partie : plus une molécule est lourde, plus son temps de vol est long). C'est vraiment le fait d'associer nécessairement un cation à la molécule que je ne comprends pas...

[Sethy]

Souvent dans ces cas-la, le mieux est d'essayer de comprendre le principe de la méthode.

Ici, il s'agit bien d'une spectrométrie de masse classique, avec une petit variante, certes mais on y reviendra.

Franchement, le mieux est que tu repartes de mon dernier message. Que tu essayes de comprendre le fonctionnement du spectro de masse classique. Essaye de répondre aux questions que je pose, ça t'aidera.