Il faut faire attention avec les affirmations catégoriques (le "=" est un peu trop formel), l'épigénétique s'emploie à montrer que l'évolution peut se faire sans variations de fréquences alléliques.Evolution = changement de fréquence allélique.
"On ne sait jamais de quoi hier sera fait."
Et pas que l'épigénétique! Il y a aussi l'évolution culturelle (l'évolution humaine ces derniers millénaires en est un formidable exemple), et l'hérédité environnementale (c'est lorsqu'il y a covariance environnementale ... mais c'est une notion encore obscure ...).Envoyé par N1C0LAS
Bref, la définition que j’ai donné était vraiment générale pour ne pas embrouiller les gens.
Mais la définition plus formelle de l’évolution c'est:
EVOLUTION = VARIANCE + différentiel de FITNESS + HÉRÉDITÉ.
(Je fais l'impasse de la dérive génétique qui peut survenir sans différentiel de fitness).
Parler de l'épigénétique revient à dire qu'il y a d'autres formes d'hérédité que les gènes.
Je tiens quand même en signaler que le débat quant à connaitre les implications de l'épigénétique dans les processus évolutifs est loin d'être clos. Pour le moment, les variant épigénétiques ne tiennent pas beaucoup plus que 3/4 générations ... donc bon, on ne connait toujours pas réellement les implications de l'épigénétique.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
C'est très réducteur je trouve.
Qui plus est, je pense qu'il faut distinguer l'évolution continue au sein d'une espece et le phénomène de spéciation.
Les mots sont insuffisants à décrire le processus réel de l'évolution; ce sont des "guides" intellectuels certes, mais ils ne permettent pas de déterminer le devenir des lignées du vivant.
En bon vivant, rien ne vaut un bonne logique ternaire.
Tu es en train de distinguer tout simplement la micro-évolution de la macro-évolution.
La définition que j'ai donné est la définition mathématique, tout simplement. (On utilise pour prédire les changements évolutifs l'équation de Robertson-Price qui est ni plus ni moins la covariance génétique entre un trait (celui pour qui on veut prédire l'évolution) et la fitness).
Il est facile de montrer par la suite que la covariance génétique entre un trait et la fitness nous ramène sur l'équation des reproducteur qui est égale tout simplement à S * G. Avec S = Différentiel de sélection, et G = matrice de variance - covariance génétique. Qui dit covariance, dit variance (normal, la sélection est simplement un tri dans la variance).
Donc bon bref, on peut transcrire les mathématiques en disant simplement que pour qu'il y est évolution il faut de la variation (entre les individus) qui amène un différentiel de fitness (c'est la sélection). Mais s'il n'y a que ça, ça ne peut marcher, car les individus sont triés mais ça ne change rien pour la génération suivante. Donc il faut en plus que la variation soit héritable (c'est la fameuse variance génétique).
Le processus de macro-évolution (spéciation, etc ...) repose sur les même mécanismes.
Il n'y a aucune différence entre la micro et la macro évolution. C'est simplement que la micro-évolution est le mécanisme qui permet l'évolution des espèces, observée en macro-évolution.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Je trouve un peu exagérer de dire que le marquage épigénétique saute au bout de quelques générations.
Déjà tout dépend du gène, mais aussi des autres gènes éventuellement. On sait que chez les mammifères, le sexe des parents influe fortement sur l'expression des gènes impliqués dans la gastrulation, la formation du placenta, et cætera.
Mais pour les autres gènes, la méthylation a peut-être/probablement un effet moins durable qu'une mutation au fil des générations. Par contre ces marquages épigénétiques ont beaucoup plus de chances de survenir voire se transmettre qu'une mutation, aussi
Dernière modification par noir_ecaille ; 12/09/2013 à 21h03.
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
L'épigénétique est très intéressante, notamment parce qu'elle montre qu'on peut transmettre à sa descendance des caractère acquis (ce qui, depuis au moins Weismann était une hérésie!).
Cependant, sur la question de son rôle dans les changements évolutifs, là c'est vrai qu'on ne peut que montrer son ignorance. Par exemple, le cas des souris qui présentent des méthylations (transmises ensuite à leur descendance) suivants qu'elles sont plus ou moins nourris pendant leur "enfance". Ben il me semble (faut que je relise l’article) que les méthylations ne résistent pas bien longtemps (3-4 génération, pas plus).
Parce que pour montrer le rôle de l'épigénétique dans l'évolution, il ne suffit pas de monter qu'il y en a (comme les méthylations bien souvent). Il faut aussi montrer comment elles apparaissent, et surtout, la grande question: Y-a-t-il de la variation. Car, je le répète, un trait (avec une base génétique ou épigénétique) qui ne varie pas n'est pas soumis à évolution.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Je ne voulais pas faire virer cette discussion vers l'épigénétique, désolé.
Oui j'avais cela en tête aussi. Mais vous semblez dire qu'en raison du caractère labile de ces méthylation, elles ne rentrent pas dans le processus d'évolution (dites moi si je pervertie votre pensée)Ben il me semble (faut que je relise l’article) que les méthylations ne résistent pas bien longtemps (3-4 génération, pas plus).
Et je pense que labile ou non cela permet de modifier par exemple la pression de sélection sur les individus porteurs ou non de ces méthylation et donc devrait rentrer de fait dans ce qu'on appelle "l'évolution". Et si l'environnement permet de maintenir les méthylations alors la caractère labile disparait (pléonasme...).
"On ne sait jamais de quoi hier sera fait."
En évolution, les pressions de sélection n'agissent pas sur des types d'individus. Les pressions de sélection agissent sur la population en général. La sélection fait un tri entre les individus. Ce tri peut aussi porter le nom de fitness (Oui, car la fitness n'est ni plus ni moins que l'expression même de la sélection. La sélection n'agit pas sur la fitness comme on peut l'entendre souvent).
Plus les individus sont différents sur leur fitness, plus il y a de sélection (c'est quasiment une tautologie de dire ça).
Revenons aux méthylations.
Si je suis votre pensée quand vous dites que les pressions de sélection changeraient pour les porteurs de méthylation, en fait (je suppose) que vous voulez dire que ces individus pourraient être avantagés ou pas. Donc, dans un langage plus "formel": L'arrivé d'une méthylation amène les individus à être porteurs de nouveau caractères, ce qui les avantage ou non dans leur reproduction PAR RAPPORT aux autre ----> Cette phrase est la même que "l'arrivé de la méthylation amène à un différentiel de fitness entre les porteurs et les non-porteurs". Autrement dit, on a de la sélection.
Jusque là ok.
On est dans le même schéma de pensée que pour une mutation classique.
La seule question qu'il faut se demander, c'est est-ce-que ces méthylation peuvent se transmettre avec la même régularité que les allèles à la descendance?
Parce que si ce n'est pas le cas (3-4 génération par exemple), l'impact sur l'évolution est quasi nul.
Ça serait comme se demander si le fait de posséder de l'argent est soumis à l'évolution dans notre société.
La première réponse rapide est "bien sûr, si on a de l'argent on est avantagé". Oui, donc il y a bien de la sélection. Mais, encore une fois, si cette variation n'est pas transmise à la descendance de façon régulière alors il n'y aura pas évolution (je n'y connais rien en sociologie mais j'ai le sentiment que pour l'argent c'est un peu le cas ... la transmission peut tenir peut être 2-3 générations mais il y aura bien un moment ou un enfant va faire n'importe quoi avec l'héritage).
Donc voilà, tout le problème est de savoir si les méthylations ont un mode de transmission à la descendance aussi fiable que les allèles.
(Mais, encore une fois, je ne doute pas de la sélection qui s'opère au travers des méthylations, elle doit d'ailleurs être très présente pour certains traits encore inconnus. Mon interrogation porte simplement sur la transmission).
"Si l'environnement permet de maintenir les méthylations" ... cette phrase est trompeuse.
En clair tu as les mêmes traits que ceux qui vivent dans le même environnement que toi. Mais, des que tu sors de l'environnement, les méthylations ne peuvent être maintenues. Ce mécanismes est clairement la définition de la plasticité phénotypique *. Remplacez le mot "méthylation" par "bronzage" ...
* La plasticité phénotypique ne rentre pas en compte dans ce que l'on appelle les processus micro-évolutif (car c'est une adaptation sans changement de fréquences alléliques à la génération suivante).
NOTE: Mais la plasticité phénotypique peut elle même varier entre les individus et est elle même héritable, ce qui fait qu'elle est elle aussi soumise à l'évolution (Mais là on touche à des notions beaucoup plus complexes ...)
Dernière modification par shmikkki ; 13/09/2013 à 20h32.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
J'ai lu au fil des articles que certaines séquences sont plus sujettes à méthylation que d'autres, ou que les méthylations y sont éventuellement plus stables.
Maintenant corrigez-moi si je me fourvoie... Lors des réarrangements de la chromatine quand une cellule entre en quiescence, on a des méthylations qui ont pour conséquence de garder la chromatine condensée -- donc d'en éteindre l'expression. Ces réarrangements ne porteraient-ils pas aussi sur les séquences nucléotidiques ? Et de fait sur la stabilisations des méthylations ? Ce qui pourrait partiellement expliquer le fort taux de mortalité lors de certains clonages, au cas où les méthylations seraient vraiment trop stables sur certains gènes essentiels, en particulier lors de l'embryogenèse.
Maintenant ce n'est qu'une hypothèse. Mais ça impliquerait éventuellement que certains allèles sont plus soumis à extinction d'expression que d'autres. Donc l'effet sur la fitness ne serait pas nul et l'expression de ces allèles (autant que leur non expression) beaucoup moins prévisible.
J'arrête là ou on va me virer pour hors sujet ^^;
Dernière modification par noir_ecaille ; 14/09/2013 à 13h28.
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
Le topic mériterait effectivement d'être scindé.
Merci et bravo pour avoir cherché les fondements du désaccord. Effectivement pour moi la plasticité phénotypique est à la fois un résultat et un acteur de l'évolution. Une population dont les individus peuvent s'adapter aux changements environnementaux de façon a conserver ou augmenter son fitness ne serait ce que sur une seule génération sera avantagée au moins sur une génération, non . Et si cela est reproductible, si cet avantage est reproductible alors il me parait évident que cela aura un impact sur l'évolution de la population.... Bref, pouvez vous me donner de quoi mieux comprendre votre affirmation.La plasticité phénotypique ne rentre pas en compte dans ce que l'on appelle les processus micro-évolutif (car c'est une adaptation sans changement de fréquences alléliques à la génération suivante).
Et je répondrais que la capacité à bronzé est souvent considérer comme un avantage (en terme de fitness) sur ceux qui ne l'ont pas, non ?Ce mécanismes est clairement la définition de la plasticité phénotypique *. Remplacez le mot "méthylation" par "bronzage"
"On ne sait jamais de quoi hier sera fait."
Considérée comme un avantage par qui?
"mal nommer un objet, c'est ajouter au malheur de ce monde". Albert Camus
Pas soumis à la sélection sexuelle chez l'être humain au cours des dix-huit avant-derniers siècles, par exemple ^^;
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
probablement par tout ceux qui n'apprécient pas les coups de soleil et les douleurs ( entre autres ) associées !
y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !
Discussion créée après demande de scission.
N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)
C'est une bonne réflexion, mais malheureusement je ne m'y connais pas assez en biologie cellulaires pour répondre ...
Vous confondez ici 2 choses:
- La plasticité phénotypique. Celle-ci apporte un avantage suivant les environnements et les situations (soleil = bronzage par exemple).
- L'avantage de la plasticité phénotypique elle-même. (Le fait de répondre spécifiquement à tels ou tels environnement est un avantage).
Un blanc qui va vivre 2 ans en Afrique va probablement bronzer. Mais l'enfant qu'il aura ne sera pas bronzé (on voit ici aucune hérédité, donc pas d'évolution. C'est pourquoi les adaptations par plasticité phénotypique ne sont pas intéressantes d'un point de vu évolutif).
Par contre, son enfant aura hérité de la capacité de bronzé. Là on parle de l'hérédité de la plasticité phénotypique (dont l'évolution est un sujet extrêmement complexe. Car la plasticité phénotypique est un coût, et on peut montrer qu'après plusieurs générations dans le même environnement elle disparaisse par assimilation génétique (un processus encore mal connu)).
Par Dame Nature tout simplement (un blanc qui ne bronze pas, dans un pays ensoleillé je ne pense qu'il résiste bien longtemps).
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Par qui est sans importance, suffit qu'ils/elles existent. Si être capable de bronzer est vu positivement par une partie des partenaires éventuels, et ne pas l'être est neutre, c'est un avantage du seul fait que certains considèrent que c'est un avantage.
Parmi les sens de "avantages" on trouve "Spéc. Les avantages. Les attraits naturels"... Clair!
Edit: Shmikki a répondu sur la sélection par l'environnement hors espèce, j'ai répondu sur la sélection sexuelle. (En particulier parce que ne pas bronzer a été un avantage dans le temps (peau blanche = aristocrate) et l'est encore dans des cas particuliers (aux Caraïbes...).)
Dernière modification par Amanuensis ; 14/09/2013 à 15h17.
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
Rappelons encore une fois: L'hypothétique avantage considéré par des partenaires éventuels ne serait pas la capacité de bronzer, mais simplement le bronzage (ce qui amène à aucune conséquence évolutive).
Dernière modification par shmikkki ; 14/09/2013 à 15h16.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
C'est lié. Si plus difficile de bronzer, c'est (tautologie) plus difficile/coûteux d'être bronzé!
Dans l'autre sens aussi, si trop facile de bronzer, il y a plus d'efforts à faire à éviter le Soleil.
(J'ai ajouté un "Edit" dans mon message précédent, peut-être non lu...)
(Toujours difficile de discuter avec Shmikki qui prend toujours un malin plaisir à ne pas comprendre ce qui est écrit... Mais on comprend la méthode, ça permet de rester seul sur le terrain; à force d'être agacé par ce comportement on se barre...)
Pour toute question, il y a une réponse simple, évidente, et fausse.
....
Non ce n'est pas si simple.
Il est souvent considéré un avantage (sexuel) d'être bronzé, pas d'avoir la capacité de bronzer (et ce n'est pas même chose, surtout sur les répercutions évolutives!).
Enfin zut, prenons par exemple un maghrébin, ben il est bronzé, mais il n'a s'il le faut pas de capacité à bronzer plus que ça. Et dans une société ou le bronzage est peut être un avantage sexuel, ben il sera avantagé face à un suédois, qui a la capacité de bronzer (plus que le maghrébin), mais qui ne l'est pas, et ne le sera jamais autant.
(Je tiens à préciser que l'histoire est complètement fictive, je ne sais pas du tout si être bronzé apporte un avantage ou pas).
"On comprend la méthode"?
Tu crois honnêtement que je retire une "satisfaction" ...de "rester seul sur le terrain" ....?!
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Connait-on des études sur l'épigénétique dans les situations de clonage ?
Ou encore en embryo-dev ? (hormis l'empreinte parentale chez les mammifères)
Dernière modification par noir_ecaille ; 14/09/2013 à 15h42.
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
Je n'en ai aucune idée (je n'y connais rien sur le clonage)
J'ai retrouvé un lien vers un article provenant du blog de Jerry Coyne (LE Mr Coyne, celui qui a écrit le très gros livre sur la spéciation) parlant du rôle de l'épigénétique dans l'évolution (on avait déjà parlé de cet article dans FS il y a peut être 1 an).
Là: http://whyevolutionistrue.wordpress....-in-evolution/
Concernant l'empreinte génétique (Jerry Coyne):
Ensuite, une notion intéressante sur le fait que finalement l'épigénétique se rapproche énormément de la plasticité phénotypique (notamment lorsque on parle des méthylations) (Peter Forbes):For example, we get our genes in pairs—one from mom and one from dad—but they can be differentially “marked” (the technical term is “imprinted”) during the formation of sperm and eggs, and so the copy from dad can act differently from the copy coming from mom. This imprinting is probably due to natural selection: scientists like David Haig have argued that the different and conflicting “interests” of paternal versus maternal genes has, through natural selection, molded the way they are imprinted, allowing them to act in different ways in the embryo. But an “imprinted” gene is reset each generation: the imprinting disappears and has to re-form depending on which sex the gene is in.
Concernant le fait que les modifications épigénétiques ne restent pas longtemps (Jerry Coyne):Genes don’t just issue instructions: they respond to messages coming from other genes, from hormones and from nutritional cues and learning. Much epigenetics revolves around nutrition. If we drink a lot of alcohol an enzyme that metabolises it becomes more active – “upregulated” in the jargon. And similar mechanisms apply to much of our behaviour. The methods by which genes makes these responses often involve very small chemical modifications (usually the addition of a tiny methyl group to one base of DNA). It is almost certain that memory – a classic nurture problem: we learn something and it becomes biologically encoded – involves epigenetics. Once made, epigenetic changes can be very long lasting, which is how our long-term memory is possible.
In contrast to the very few cases of one- or two-generation inheritance that cause nonadaptive changes in the phenotype stands the very, very large number of studies in which inherited changes within and among species map to the DNA. These include every case of evolutionary response to artificial or human-generated selection, adaptive changes within species (e.g., spiny-ness in sticklebacks), and differences among species in both morphology (e.g., the color differences in fruit flies I study) and reproductive barriers (the many mapping studies of “hybrid sterility” and “hybrid inviability” genes). Burkeman, of course, doesn’t mention these cases: it would ruin his nice story.
If we look just at studies of the inheritance of organismal changes that have evolved over time (and many of these would have detected profound epigenetic effects), the score would be something like this: DNA 757, Epigenesis 0. (I’m just making these numbers up, of course, to make a point.) If we look at all “inherited changes”, regardless of their evolutionary importance, we would have a handful of epigenetic changes versus literally thousands of DNA-based changes. So how can Burkeman say that epigenesis will profoundly revise our view of evolution?
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
Je reviens là dessus car il me semble que vous confondez la théorie de l'évolution et l'évolution.Parce que pour montrer le rôle de l'épigénétique dans l'évolution, il ne suffit pas de monter qu'il y en a (comme les méthylations bien souvent). Il faut aussi montrer comment elles apparaissent, et surtout, la grande question: Y-a-t-il de la variation. Car, je le répète, un trait (avec une base génétique ou épigénétique) qui ne varie pas n'est pas soumis à évolution.
Je suis d'accords avec la citation ci dessus quand on parle de la théorie de l'évolution.
Mais en ce qui concerne l'évolution, pas besoin de connaitre l'origine des méthylations, leurs variations... pour dire que les méthylations influent sur l'évolution.
Car comme vous le savez "rien a de sens en biologie (y compris les méthylations), si ce n'est à la lumière de l'évolution".
"On ne sait jamais de quoi hier sera fait."
Quid concernant ce fil d'il y a six mois ?
Nouvelles données, nouveaux modèles ? Pour l'instant je trouverais plus sage de dire qu'on n'en sais pas encore assez sur l'épigénétique dans le contexte de la fitness.
Cela dit on peut éventuellement envisager quelques hypothèses à propos de phénomènes déjà explorés -- comme la dominance allélique peut-être ? Quels en sont/seraient les mécanismes chimiques ?
Dernière modification par noir_ecaille ; 15/09/2013 à 13h54.
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
Raté... Donc suite :
À la lumière de l'épigénétique, ça me semble mécaniquement plus explicable, mais il s'agit peut-être de mes propres lacunes.
Sait-on par quel mécanisme la transcription se fait préférentiellement sur un allèle plutôt qu'un autre ?
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
Mais du coup, je ne comprends plus de quelle évolution vous parlez: L'évolution des méthylations elles-même, ou l'évolution des organismes et des espèces?
Dans la phrase de Dobzansky, la théorie de l'évolution est là pour donner un sens aux choses que sont les écosystèmes, les organismes et les espèces. Si vous pensez que ça donne aussi du sens aux méthylations (ce dont je ne doute pas), alors vous parlez bien de l'évolution des méthylations elle-même, et non de la théorie de l'évolution qui porte sur les organismes et les espèces.
Mais si vous parlez de l'impact des méthylations et de l'épigénétique en général sur l'évolution des espèces, là je ne peux encore une fois que dire qu'on n'en sait rien
.
Pour moi (et pour répondre finalement à la question du fil), il ne fait aucun doute que l'épigénétique a une influence sur la fitness (puisqu'elle agit sur le phénotype, donc ses variations sont soumises à la sélection, ce qui est la définition d'un différentiel de fitness).
Par contre, pour connaitre son rôle dans l'évolution, il faut connaitre son "mode de transmission" et savoir si une variation épigénétique est aussi régulière dans l'héritabilité qu'une variation génétique.
Hum ... ça c'est une bonne question.
Je n'y connais vraiment pas grand chose à la machinerie cellulaire (attendre qu'un intervenant connaisseur passe par là), mais c'est vrai que si on trouvait que la dominance allélique a une origine épigénétique, ça serait là pour le coup un impact indiscutable de l'épigénétique dans l'évolution des espèces.
Si on découvrait par la suite que le mécanisme épigénétique provoquant la dominance allélique peut être activé par une interaction avec l'environnement, là ça serait une véritable révolution dans la théorie de l'hérédité ( inné ... acquise ).
Dernière modification par shmikkki ; 16/09/2013 à 15h36.
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
mais est-ce bien le cas?
On se pose la question
"Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche
en tout cas dans sa théorie de la dominance, Wright ne suppose pas de différence d'expression entre allèle dominant et allèle récessif.
Et du coup maintenant on en sait plus sur ce processus? On a des pistes?
Rien en biologie n'a de sens, si ce n'est à la lumière de l'évolution - Dobzhansky
je connais ce papier de revue : Bourguet D. 1999. The evolution of dominance. Heredity. 83 : 1-5. qui date un peu. Ce n'est pas vraiment mon domaine...
