[BOINC] Vie de l'équipe Futura-Sciences

[popolito]

Je m'étais attaché il y a 2-3 jours, mais lorsque j'ai voulu mettre le graphique, ça avait buggé, donc détaché
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[inviteb919ca32]

à sec aussi sur Simap

[popolito]

Bon allez.

LHC@home : il y a eu une tournée de wus. Vous pouvez toujours vous attachez, peut-être que vous pourrez en recevoir 2-3 (si certains se détachent, annulent une wu...).

SIMAP : 100000 nouvelles séquences ont été ajoutées. La prochaine tournée devrait être aux alentours du 15 novembre.

Rectilinear Crossing Project : depuis quelques jours, les serveurs sont un peu lents. D'ici 2 à 3 semaines, ils auront un nouveau serveur.
Pour rappel, ce projet sert à étudier la façon de placer 18 points sur un graphe afin de minimiser le nombre d'intersections. Les wus durent 2h maximum, projet très léger, parfait pour les petites configurations.

µfluids : les axi_tube n'avaient pas de checkpoints (ça faisait planter la wu lorsque l'on reprenait le calcul au milieu). De nouvelles wus ont été générées sous le nom de axi_tube5 : elles sont plus courtes.

Rosetta@home : ça bouge en ce moment sur rosetta. Le professeur Baker a posté une idée très intéressante sur le message board : il souhaite accentué les échanges entre les utilisateurs et le projet. Pour cela, il veut développer une prédiction, non plus au hasard (comme en ce moment, l'ordinateur fait du repliement aveugle), mais que l'urilisateur, à partir de l'écran de veille puisse faire sa propre prédiction. Cela en est encore en phase de projet, mais, à surveiller

Les nouvelles versions des applications permettent le repliement des protéines pour la maladie d'Alzheimer.

Proteins@home : l'AF est largement en tête sur ce projet. Non, nous ne sommes pas chauvins
Pour rappel, ce projet permet d'étudier toutes les séquences possibles pour un repliement donné. Notre ordinateur calcule les fonctions d'énergie pour chaque repliement.
http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/

Docking@home : une nouvelle application charmm devrait arriver très bientôt.
L'AF est première aussi sur ce projet.
Le but de ce projet est de mettre en oeuvre la technique de la chromatographie en phase gazeuse afin d'approfondir les connaissances des intéractions protéine-ligand.
http://docking.utep.edu/

L'Alliance Francophone : voilà, un sondage très important pour déterminer l'avenir des sites boinc-af.org et boinc.fr ==> http://forum.boinc.fr/boinc/LAllianc...ujet-149-1.htm
Alors, en attendant 2007, ALLEZ VOTER !!

Futura Sciences : ben, il n'y a personne de futura sciences qui est user of the day (sauf moi ). Allez, on se crée des profils, ça prend 2 minutes, ça fait toujours plaisir quand on est uotd et ça permet de promouvoir l'AF et futura sciences.


Voilii, bon crunch

[popolito]

Allez hop !

Sztaki : une nouvelle application vient de sortir, elle a l'air de ne pas bugger.

Rectilinear Crossing Number : le nouveau serveur vient d'arriver, ils sont entrain de le configurer donc il y aura peut-être quelques coupures. Ce serveur devrait pallier aux ralentissements subis sur RCN ces derniers temps.

Spinhenge : les développeurs travaillent actuellement sur l'ajout de checkpoints. Pour les germanophones, voici deux articles de journaux sur Spinhenge = http://spin.fh-bielefeld.de/spin_presse.php

Proteins : il devrait bientôt sortir une documentation très précise sur le projet.

BOINC : allez voter !! http://boinccast.podspot.de/

Futura-sciences : nous sommes 39ème (http://www.premiumwanadoo.com/oxxam/...teams.php?pj=0) mais pas de nouveau dernièrement

[popolito]

WCG : nouveau projet en beta test. L'application se nomme fcg1 5.05, les unités BETA_10000001-10000036_1_0. Le nouveau projet prends entre 6,8 et 14,5 Mo et les unités durent entre 3 et 6 Heures. Il y a une chance sur 2 pour que ça soit le décrypthon (projet français lancé pour le téléthon il y a quelques années pour la recherche sur le protéome et génome). Aucune info est dévoilée pour le moment du côté de WCG.
http://www.decrypthon.fr/
http://www.worldcommunitygrid.org/
Et la description du site de l'AF : http://www.boinc-af.org/index.php?op...226&Itemid=233

[inviteec67ec14]

j' en ai une de BETA_10000001-10000036_1_0.
, elle a duré a peu prés 2h et 64 mo sur le dd sur mon pc.
18 Mo de ram
Merci pour ta chronique popolito

[inviteb919ca32]

Message à [AF>Futura Sciences]Jean-Sebastien et à AF>FUTURASciences>gilles54190

Sur Seti, ous êtes tout les 2 dans la mauvaise team (Alliance Francophone)

Il faut venir dans l'Alliance Francophone

Pour celà, appuyer sur ce lien , entrer votre pseudo et votre mot de passe.
Puis appuyer sur Join team.

Pour gilles54190, le tag est pas bien fait, il faudrait mettre :
[AF>Futura Sciences] gilles54190

Si tout les 2 vous vous insrivez dans la bonne team ça permettra à Futura Science de prendre la 38ème place au classement général des mini teams

[popolito]

WCG : le nouveau projet vient d'arriver officiellement. Il s'agit sur Genome Comparison.
http://www.worldcommunitygrid.org/pr...viewFgcMain.do <== pour les informations.

[invite73192618]

LHC: nouvelles wus en vue

[popolito]

WCG : voici l'écran de veille sous BOINC pour le projet Genome Comparison ==> http://membres.lycos.fr/exterminus/WCG%20GC.jpg
Ainsi que la description du projet sur le site de l'AF ==> http://www.boinc-af.org/index.php?op...Itemid=219#150
L'application prend peu de mémoire vive par rapport à fightaids. Les wus sont relativement courtes. Un projet pour les petites configurations.

Toujours dans WCG, il faut préciser le retour du Human Proteom Folding 2 après quelques mois d'absence (pour cause de problèmes avec l'application).

Spinhenge@home : il y a quelques problèmes en ce moment avec un serveur ce qui explique le fait qu'il n'y ait pas de wu en ce moment.

Rosetta@home : je pensais l'avoir déjà dit mais non, j'ai oublié cette news de la plus haute importance.
Une application est sortie permettant la modélisation des fibrilles amyloïdes qui sont la cause de nombreuses maladies humaines. A partir de cette semaine, le projet se penche sur la modélisation des fibrilles amyloïdes qui se forment lors de la maladie d'Alzheimer.
Screen : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ra...ot_cropped.png

Seti@home : nouveaux clients optimisés. Ca se passe ici = http://www.boinc-af.org/index.php?op...296&Itemid=156

Leiden Classical : l'AF a en ce moment un bon petit rac ==> http://www.boincsynergy.com/stats/teams.php?project=ldn
Ce projet est très bien pour les petits ordinateurs (wus courtes et peu de mémoire). Projet sur la mécanique newtonienne des éléments.

[popolito]

RieselSieve : le projet vient d'ajouter une nouvelle application à BOINC en beta. Copier-coller du site de l'AF sur l'application LLR =

La recherche peut seulement éliminer des paires de k/n en trouvant des facteurs. Chaque facteur trouvé élimine une voire parfois plus d'une paire de k/n. Avec des millions de paires k/n présent dans notre fourchette 2>n<20million, il aurait fallu une éternité pour éliminer complètement toutes les paires k/n à l'aide d'une seul recherche sélective. En utilisant LLRNET nous employons des algorithmes spéciaux qui peuvent indiquer si une paire k/n est un nombre premier ou un composé. LLRNET examine une paire à la fois. Il faut plusieurs heures voire plus pour examiner chaque paire k/n à l'aide de LLRNET, toutefois c'est actuellement notre méthode principale pour éliminer des paires k/n. LLRNET trouvera des Nombres Premiers. Chaque nombre premier que nous trouvons élimine ce k de tout les prochains essais car on l'éliminera de la liste des nombres suceptibles d'être un nombre de Riesel.. Ainsi, tous les n qui vont dans le sens que nous avons fixé pour les k ne doivent plus être examinés.

La recherche sélective élimine beaucoup de k suceptibles d'être examiné par LLRNET, mais à un certain point les paires restantes de k/n doivent être examinées.

Pour activer la beta de LLR, il suffit d'aller dans your account, puis RieselSieve preference (ou un truc comme ça) et vous trouverez un machin qui vous demandera de dire si vous voulez participer à la beta (remarquez la clarté de l'explication).

Seti@home : juste pour vous dire que l'AF va dépasser la barre des 100 000 000 de crédits sur ce projet.

Futura Sciences : ben alors, c'est quand que vous allez créer vos profils, toujours pas de user of the day de futura sciences (enfin si, moi mais on s'en fout) !! Allez on se motive !!

Bon crunch.

[popolito]

Sztaki : sortie d'une nouvelle application (2.02) qui corrige quelques problèmes avec les processeurs AMD.

ABC@home (nouveau projet) : la création de comptes est ouverte sur ABC@home.
Voici l'url : http://abcathome.com/
Il s'agit d'un projet de l'université de Leiden, ça porte sur la conjecture de abc (http://fr.wikipedia.org/wiki/Conjecture_abc).

Ben je crois que c'est tout

[inviteb919ca32]

RieselSieve : le projet vient d'ajouter une nouvelle application à BOINC en beta. Copier-coller du site de l'AF sur l'application LLR =

PrimeGrid aussi vient d'ajouter une application LLR
http://www.primegrid.com/orig/apps.php
le 14 Nov 2006 à 20:43:02 UTC

[invitebd686fd6]

Message à [AF>Futura Sciences]Jean-Sebastien et à AF>FUTURASciences>gilles54190

Sur Seti, ous êtes tout les 2 dans la mauvaise team (Alliance Francophone)

Il faut venir dans l'Alliance Francophone

Pour celà, appuyer sur ce lien , entrer votre pseudo et votre mot de passe.
Puis appuyer sur Join team.

Pour gilles54190, le tag est pas bien fait, il faudrait mettre :
[AF>Futura Sciences] gilles54190

Si tout les 2 vous vous insrivez dans la bonne team ça permettra à Futura Science de prendre la 38ème place au classement général des mini teams

Je viens de la faire, me joindre à l'alliance francophone pour mes wu du seti.

[invitebd686fd6]

WCG : voici l'écran de veille sous BOINC pour le projet Genome Comparison ==> http://membres.lycos.fr/exterminus/WCG%20GC.jpg
Ainsi que la description du projet sur le site de l'AF ==> http://www.boinc-af.org/index.php?op...Itemid=219#150
L'application prend peu de mémoire vive par rapport à fightaids. Les wus sont relativement courtes. Un projet pour les petites configurations.

Toujours dans WCG, il faut préciser le retour du Human Proteom Folding 2 après quelques mois d'absence (pour cause de problèmes avec l'application).

Spinhenge@home : il y a quelques problèmes en ce moment avec un serveur ce qui explique le fait qu'il n'y ait pas de wu en ce moment.

Rosetta@home : je pensais l'avoir déjà dit mais non, j'ai oublié cette news de la plus haute importance.
Une application est sortie permettant la modélisation des fibrilles amyloïdes qui sont la cause de nombreuses maladies humaines. A partir de cette semaine, le projet se penche sur la modélisation des fibrilles amyloïdes qui se forment lors de la maladie d'Alzheimer.
Screen : http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ra...ot_cropped.png

Seti@home : nouveaux clients optimisés. Ca se passe ici = http://www.boinc-af.org/index.php?op...296&Itemid=156

Leiden Classical : l'AF a en ce moment un bon petit rac ==> http://www.boincsynergy.com/stats/teams.php?project=ldn
Ce projet est très bien pour les petits ordinateurs (wus courtes et peu de mémoire). Projet sur la mécanique newtonienne des éléments.

Si j'ai bien compris, pour le seti il s'agit des codes sources du logiciel et non du logiciel lui même.

[inviteb919ca32]

Si j'ai bien compris, pour le seti il s'agit des codes sources du logiciel et non du logiciel lui même.

Seti met en libre service le code source de l'application.
Si tu t'y connais tu peux voir sur cette page :
http://setiathome.berkeley.edu/sah_porting.php

Donc tout est entièrement open source, l'application Seti (qui sert à calculer) et le Manager Boinc (qui sert de plateforme multi projet)

Après des membres de la communauté, notament KWSN, ont étudié ce code et ont programmé des applications adaptées à chaque type de processeur, Intel, AMD,
Mac, Linux, Windows
MMX, SSE, SSE2,SSE3,SSSE3
Toutes les applications optimisées

Les gens qui programme des optimisations se doivent de rendre eux aussi le code de leur application open source

[popolito]

Halman > il s'agit des applications optimisées pour l'application seti et non pour BOINC (de toute façon, BOINC c'est juste l'interface, c'est l'application seti que tu télécharges lorsque tu t'attaches au projet qui calcule).

WCG : le prochain projet devrait arriver d'ici peu. Il s'agira donc bien du decrypthon, plus particulièrement le projet Carbone. La première phase du projet consistera à étudier 168 protéines dont les interactions sont dejà connues, elle devrait correspondre à 13 siècles de calcul sur un PC de 2 GHz soit 4 à 5 mois de calcul sur la grille WCG.
Dans un deuxième temps, si l'algorithme fonctionne, l'équipe Carbone devrait pouvoir passer au crible environ 4000 protéines.
"L'activité d'une molécule dépend de sa structure tridimensionnelle et de ses interactions avec les autres molécules. Pour comprendre l'activité biologique des molécules qui interagissent entre elles, et si possible la modifier, il faut d'abord identifier leur structure en 3D, mais aussi le nombre d'atomes qui la composent et la nature de chaque molécule, les régions où s'effectuent les interactions et leur mécanisme à l'échelon atomique."

[invite73192618]

Bon anniversaire à Skippy

[inviteb919ca32]

Pour les modérateurs, rédacteurs de news sur Futura.
Vous pensez pas que le lancement d'un projet aussi important que le projet Carbone du Decrypthon (d'ici quelques jours) ne mériterait pas une petite news dans les actualités Futura Science.
http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_177.php
Normalement ils devraient en parler durant le téléthon des 8 et 9 décembre, donc si vous parlez du projet vous serez le premier gros médias sur internet à parler du lancement du projet.
On est gentil , moi et popolito, on vous offre un scoup sur un plateau

Il y a aussi la possibilité de parler ou de faire un dossier sur des projets aussi important que Planetquest qui devrait débuter dans le courant de l'année 2007
http://www.planetquest.org/download/
http://www.planetquest.org/about/faqs/

[invite73192618]

Pour les modérateurs, rédacteurs de news sur Futura.

Modos et rédacteurs ne se connaissent pas en général: tu devrais en parler à futura

[popolito]

C'est vrai que pour le projet carbone (appartenant au decrypthon), il pourrait peut-être y avoir quelque chose.
En revanche, je pense qu'il faut attendre pour planetquest car l'alpha ne démarre qu'en 2007, pour le moment, c'est un peu trop tôt.
Pour en revenir au decrypthon, voici des news du site decrypthon lui-même = http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_177.php
http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_178.php

Rosetta@home : le CAPRI (une sorte de CASP mais pour l'amarrage protéine-protéine) a ouvert ses portes.

Spinhenge@home : depuis 1 semaine, les serveurs étaient down, ils sont à nouveau fonctionnels avec du nouveau travail.

[inviteb919ca32]

Popolito je te laisse prendre contact avec Futura comme tu es un habitué des lieux

[popolito]

Nicecoque, j'ai envoyé un petit message, on va voir ce que ça donne

Primegrid : une nouvelle application vient d'arriver. Ce nouveau sous-projet est en collaboration avec http://www.twinprimesearch.org/. Cette nouvelle application s'appelle LLR (tout comme la nouvelle application RieselSieve) et sert à la même chose que sur RieselSieve. Pour rappel, Primegrid tente de trouver les 2 facteurs qui , multipliés, forment ce nombre de 193 chiffres:
310741824049004372135075003588 856793003734602284272754572016 194882320644051808150455634682 967172328678243791627283803341 547107310850191954852900733772 482278352574238645401469173660 2477652346609
Ce projet sert aussi à développer une application pour BOINC en Perl.

ABC@home : le projet a quelques problèmes au niveau de l'avancement et du temps restant de calcul, ce qui n'empêche pas de terminer les wus (qui durent entre 3 à 5 heures).

WCG : le decrypthon arrive bientôt sur WCG. http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_177.php
On fait chauffer les processeurs.

Futura Sciences : toujours pas de UOTD FS ==> http://www.myboinc.com/GetUOTD.php

[inviteb919ca32]

Nicecoque, j'ai envoyé un petit message, on va voir ce que ça donne


WCG : le decrypthon arrive bientôt sur WCG. http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_177.php
On fait chauffer les processeurs.

ça serait bien

La preuve que le projet Carbone du decrypthon est proche du lancement.
Le site du decrypthon vient un nouvel encadré actualités
http://www.decrypthon.fr/index.php

Une newsletter est en place : http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/a/actualites_179.php

Et il vient d'y avoir le n°2 de la newsletter
http://www.decrypthon.fr/ewb_pages/n/newsletter_169.php

Décrypthon bientôt sur grille PC!

Un des projets Décrypthon (projet d’A. Carbone et coll.) utilisera d’ici peu la grille de PC du WCG : World Community Grid.
World Community Grid est une initiative lancée en 2004 par plusieurs acteurs universitaires et industriels, dont IBM. La fondation internationale IBM a fourni gracieusement le matériel, logiciel, le service technique et l'expertise nécessaires à la mise en œuvre de l'infrastructure informatique. Elle fournit également l'hébergement, la maintenance et le support. Le principe est simple : en moyenne, un ordinateur personnel n'utilise que 5 à 10% de sa puissance de calcul. L'idée est donc de fédérer les 90% de puissance inexploitée, et de la mettre au service de la recherche scientifique humanitaire menée par des organismes publics à but non lucratif.
C’est donc un outil supplémentaire pour le programme Décrypthon et auquel tout un chacun peut contribuer en inscrivant son PC à WCG.
Aujourd’hui, déjà plus de 250 000 membres mettent à disposition leurs PC pour des calculs scientifiques.
Une Newsletter spéciale vous informera de l'ouverture des calculs sur la grille PC.

[inviteb919ca32]

Alors tu as reçu une réponse popolito ?

[popolito]

Nan, aucune réponse
Ce serait bien que ça se fasse vite car le decrypthon va arriver très vite.

ABC@home : nouveau système de crédit (qui ne dépend pas des benchs).

Rosetta@home : les résultats du CASP7 ==> http://www2.predictioncenter.org/cas...in/results.cgi

[popolito]

Proteins@home : il n'y a plus besoin de mot de passe pour s'inscrire (passage en beta).
Pour s'inscrire : http://biology.polytechnique.fr/prot....php?teamid=31
Pour les anglophones : http://biology.polytechnique.fr/prot...mentation2.php

[flyermike]

Bonjour à tous,

Voila un nouveau de plus dans l'équipe ! Je vous ai rejoint sur rosetta, einstein et ralph (quoique sur ce dernier il n'y a rien à calculer en ce moment...)

J'ai commencé le calcul distribué avec le premier decrypton, et puis un peu de seti. Mais j'ai finalement découvert la plateforme Boinc et le "multiprojet" il y a quelque temps...

Et pourquoi Futura-Sciences ? parce que c'est un forum sympa et que j'y ai trouvé tout ce qu'il faut dans les tutos pour l'installation et les réponses à mes différentes questions, c'est très bien fait.

Bons calculs,

FlyerMike

[popolito]

Salut et bienvenue flyermike !
Sur ralph il n'y a pas de boulot car c'est le projet qui sert à tester les nouvelles applications rosetta@home, comme il n'y a pas de nouvelle application, ...
Sinon, le decrypthon devrait refaire son apparition bientôt, donc si tu veux y participer à nouveau, faut se tenir prêt.

Au passage nicecoque, je crois que tu n'as pas le droit de mettre un lien en signature, tu vas te faire taper sur les doigts

[flyermike]

OK, génial ! Je suis dans les starting blocks pour le nouveau decrypton.