le mettre dans des annuaires des forums etc... le mieux est de faire des partenariats avec des gros sites.
Normalement il y a un dossier sur www.sciences-du-net.com qui devrait paraitre. Et qui traite ta question.
pour les serveurs FTP, on les met normalement pas sur de moteurs de recherche, sur le ent, on cherche des pages, rarement un fichier précis (crée une page web avec un lien vers chaque fichier sur el FTP ET une DESCRIPTION)
Pour augmenter les chances de référencement de tes pages web, mets-y des mots clés (en rapport avec le contenu, sinon, c'est l'effet inverse) et, surtout, essaie de diffuser au maximum l'adresse de ton site (signature en bas de tes emails et messages sur les forums - sans tomber dans le spam, par exemple).
Il y a aussi des sites qui font tout automatiquement ,sur plusieurs moteur de recherche et annuaire, mais étant donné que l'inscription est faite par des robots leur efficacité est limitée: