implémentation de filtres particulaires

[invite3be140b0]

bonjour , je suis étudiant , j'ai travaillé sur la segmentation d'imagerie médicale, et ma méthode nécessite l'utilisation des filtres particulaires
est ce que vous pouvez m'aides pour implementer cette méthode
merci
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[Edelweiss68]

Bonsoir,

Que voulez-vous exactement ?

[Edelweiss68]

Bonsoir, je vous remercie pour votre réponse d'abord, bon mon problème comme j'ai déja indiqué au matin , exactement
j'ai besoin de connaitre est ce que il ya des plates formes qui supporte quelque implémentation des filtres particulaires , et meme temps elles integèrent des implémentations sur les imageries médicales

Je suis désolée mais je ne comprends rien. Un rapport avec l'imagerie médicale OK et des filtres particulaires ... ?

[invite3be140b0]

Bonsoir, je vous remercie pour votre réponse d'abord, bon mon problème comme j'ai déja indiqué au matin , exactement
j'ai besoin de connaitre est ce que il ya des plates formes qui supporte quelque implémentation des filtres particulaires , et meme temps elles integèrent des implémentations sur les imageries médicales

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite3be140b0]

je vous remercie

[mh34]

C'est plutôt un problème informatique, non?
Si c'est le cas, vous n'êtes pas au bon endroit, mais précisez un peu ce que vous souhaitez parce que pour l'instant c'est assez obscur ( en tout cas moi je ne comprends absolument pas ce que vous voulez), et je déplacerai votre discussion dans une rubrique plus appropriée.

[pelkin]

Bonjour,

C'est effectivement de l'informatique.
Algorythme sur des filtres bayesiens.

Une piste

http://user.uni-frankfurt.de/~muehli...stiMar2003.pdf

[mh34]

Merci pelkin.
Je déplace et change le titre par la même occasion.

[invite79d10163]

Bonjour,

Quelles type objets veut-tu segmenter à l'aide de filtre particulaire ?

Je suppose que tu veux utiliser ces filtres pour des applications de type "tracking". Il y a un exemple d'implémentation sur matlab à :
http://www.mathworks.com/matlabcentr...-color-tracker

Je ne connais pas d'autres implémentations sur matlab. Tu pourrais commencer par utiliser les filtres de Kalman si tu cherches à tracker des objets dans des séquences temporelles. Sinon, si tu vises des applications du genre segmentation de vaisseaux, je te conseille de ré-implémenter les méthodes, qui restent finalement assez basique. Il n'existe pas à ma connaissance d'implémentation ouverte de cette méthode.

[invite3be140b0]

j'ai besoin de segmenter des images médicales anatomiques

[invite3be140b0]

merci Pelkin, mais j'ai ce document mais j'ai besoins de quelles conseils surtout le coté de programmation

[bzh_nicolas]

Dans ce cas, il faudrait déjà nous dire avec quel langage tu travail et quel est on niveau en programmation ?
il faudrait aussi nous dire ce que tu as déjà programmé.

[pelkin]

Je crois que C++ à permis d'en développer pas mal, reste à savoir si c'est ciblé sur les filtres particulaires, mais j'ai la souvenance d'un toolkit !

[invite3be140b0]

bonjour, j'ai utilisé Java comme un language de programmation, je suis ca va en programmation

[invite3be140b0]

oui, mais pendans m'études des articles j'ai trouvé le matlab 7.1 qui il a utilisé par les auteurs mais je ne suis pas sur que le matlab supporte les images médicales

[invite79d10163]

Bien sur que matlab supporte les images médicales !

Tu dois segmenter des images anatomiques de quel type IRM, CT, Xray ?

Dans quel format sont les images, DICOM ? raw-mhd (itk, vtk ?)

Qu'est ce que tu doit segmenter exactement, des vaisseaux ? le foie ? le cerveau ?

[invite3be140b0]

bon j'ai travaillé sur les images IRM , et j'ai besoin de segmenté cerveau

[invite79d10163]

Ok. As tu déjà vu quelque part une méthode de segmentation du cerveau par filtre particulaire ? A priori, je dirais que cette méthode n'est pas vraiment adapté à ton problème, mais bon...

Sinon, as tu une base (en C++ ou autres) pour lire tes images, les afficher, etc ?

[invite3be140b0]

vous avez des connaissances sur les filtres particulaires? mon problème si que la méthode a été fixé au préalable et il faut l'implenter, je sais que les filtres appliqués pour le tracking(suivi) mais je ne peut l'utliser pour extraire des régions du cerveau

[invite79d10163]

Oui je connais unpeu les filtres particulaires. Je les ai déjà étudier pour des applications en tracking et segmentations de vaisseaux.

JE ne comprend pas trop votre problème, Vous voulez les utiliser pour extraires les régions du cerveau, mais comment avez vous eu cette idée et pourquoi utiliser cette méthode ?

Pour vous donner un cadre pour l'implémentation, vous pourriez commencer par essayer d'utiliser la librairie itk par exemple. C'est une lib en C++ qui va vous permettre de lire les images, et fournira des classes de bases pour les traiter.

[invite3be140b0]

oui exactement j'ai lu un article qui l'auteur a fait la segmentation des vaiseaux par les filtres particulaires mais je ne peux l'utiliser comme lui pour segmenter les IRM

[invite79d10163]

L'idée d'utiliser des filtres particulaires pour la segmentation des vaisseaux repose sur le fait que les vaisseaux sanguins sont des structures fines que l'on peut approximer par une ligne en quelques sortes. Les particules suivront alors préférentiellement des trajectoires le long des vaisseaux. Les trajectoires les plus probables obtenus par ce filtres représenteront alors bien les vaisseaux à identifier. Mais je ne vois pas bien comment tu pourras utiliser ce principe pour segmenter le cerveau, qui n'est pas un objet fin. A moins que tu t'intéresses à la segmentation d'IRM par diffusion, dans quel cas tu cherches à segmenter les fibres à l'intérieur du cerveau ?

[invite3be140b0]

je suis d'accord avec vous, la région qui je m'intéresse dans le cerveau c'est les sillons corticaux et sont des cavités dans le cerveau ,

[invite3be140b0]

bonsoir , j'attend votre réponse

[Edelweiss68]

Patience, personne n'est là 24H/24H !

[invite79d10163]

bonsoir, l'appication est intéressante mais a priori il va falloir pas mal de travail pour arriver à la résoudre avec la méthode que vous proposez. Le premier problème qui me vient à l'esprit, est l'initialisation du filtre. Pour cela vous devrez trouver automatiquement pas mal de points dans les cavités du cerveau....

Je vous conseille de faire votre propre implémentation du filtre, qui est la seule manière de bien comprendre comment ça marche. Comme je vous l'ai suggérer, commençez par manipuler les images à l'aide de matlab ou d'une librairie en C++ comme itk.

[invite3be140b0]

merci pour votre temps , et je vous propose quelques questions sur les filtres, vous pouvez me répondre

[invite79d10163]

je peux toujours essayer...

[invite3be140b0]

merci, pour les filtres j'ai lu plusieurs documents parmi lesquels un article de Neil Gorden c'est un article publié dans l'EEE transaction
vous connaissez que les filtres particulaires sont des méthodes de simulation basés sur l'approximation de Monte Carlo, et vous voyez que l'objectif est de calculer le PDF(probability distribution Function ) vous voyez, et il ya les poinds(importance weight) et support point
et à chaque particule(support point) en associé un poids d'importance
Q1)-pourquoi j'ai besoin de calculer le PDF exactement(c'est à dire si quand j'ai calculé le PDF j'ai déja estimé l'état de mon système)
Q2)- les deux stages de prediction et de mise à jour où je l'utilise.
Q3)-qu'est ce que vous signifie quand vous me dit l'intialisation du filtre c'est quoi ca expliquer s'il vous plait

[invite79d10163]

Pouvez vous donner la référence exacte de l'article en question ?

Q3) Dans le cadre de la segmentation des images, vous voulez estimez la probabilité qu'un voxel donné appartienne ou non à une cavité du cerveau. Si vous utilisez le filtre sur la totalité de l'image, vous n'arriverez pas à distinguer distinguer correctement les différentes structures. Les filtres particulaires sont des filtres récursifs, c'est à dire vous allez essayer de calculer la probabilité qu'un point appartiennent à une cavité sachant qu'un autre point voisin ou sur une trajectoire donnée est lui même dans une cavité ou non. Il va donc falloir initialiser le filtre sur des points dont on connait l'appartenance.