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[R] Graphique d'une matrice booleene

  1. Loupsio

    Date d'inscription
    novembre 2011
    Localisation
    Rouen
    Messages
    1 574

    [R] Graphique d'une matrice booleene

    Bonjour,

    Je cherche a représenter graphiquement un tableau qui contient uniquement des TRUE ou des FALSE

    il s'agit d'une matrice, avec en lignes différents noms (de gènes), et en colonnes différents organismes, et pour chaque cellule de la matrice, on aura soit TRUE si l'organisme possède le gène et FALSE s'ils ne le possède pas (exemple dansla balise spoil)
     Cliquez pour afficher


    Et je souhaiterai représenter ceci, principalement sous la forme d'un graphe qui possèderait les noms des gènes sur l'axe des abscisses
    et sur l'axe des ordonnées, les différents organismes,
    Et que quand on observe TRUE, il y ait un point au croisement du gene et de l'organisme,et quand c'est FALSE, pas de point

    j'ai esayé avec les plots de base, les dotchart,... mais la plupart du temps il me dit qu'il veut des nombres pour l'un des elements (pourtant TRUE= 1 et FALSE=0 donc ce sont des valeurs numériques techniquement, mais j'ai pas réussi jusque là a lui faire faire des graphes sur ma matrice pour représenter ce que je veux )

    -----

     


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  2. Loupsio

    Date d'inscription
    novembre 2011
    Localisation
    Rouen
    Messages
    1 574

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    je précise que le plus proche que j'ai réussi a avoir c'est avec la fonction plot de base
    Code:
    plot(tableau[,1])
    sauf qu'au lieu de mettre des points pour TRUE et rien pour FALSE, l'axe des ordonnées va de 0 a 1 et met le point a zéro quand c'est false et à 1 quand c'estTRUE

    ou encore
    Code:
    plot(row(tableau),col(tableau))
    mais là, l'axe des ordonnées représente bien mes différentes colonnes, seulement il me met des points partout (True comme False)
     

  3. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 470

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    si tu veux transformer ta matrice en 0 et 1 tu peux utiiser la fonction as.numeric mais elle renvoie un vecteur, il faut donc refabriquer une matrice. Tu peux faire:

    tableaunum<-matrix(as.numeric(tableau),nco l=ncol(tableau))

    mais il y a aussi cette astuce :

    tableaunum<-1*tableau
     

  4. Loupsio

    Date d'inscription
    novembre 2011
    Localisation
    Rouen
    Messages
    1 574

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    Bonjour,
    En fait c'est moi meme qui ait créé ce tableau en booleen, parce que je veux voir dans mon graphique visuellement une absence/présence je ne veux pas que ca soit des nombres, je veux qu'il me mette des points pour la présence, et rien quand c'est une absence,
    sinon
    Code:
    plot(tableau[,1])
    en cachant une partie de l'axe des ordonnées pour cacher les points qu'il a mis à 0 (pour false), mais ducoup je peux pas mettre un deuxieme organisme au dessus puisque l'axe des y sera une valeur numerique alors que je veux que ca soit mes differents organismes (différentes colonnes)
     

  5. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 470

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    pas très sûr de comprendre ce que tu veux faire.

    est-ce quelque-chose comme ça?:

    aa<-matrix(sample(c(0,1),100,repla ce=T),ncol=10)

    image(1:nrow(aa), 1:ncol(aa), aa,col=c("white","black"))
     


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  6. Loupsio

    Date d'inscription
    novembre 2011
    Localisation
    Rouen
    Messages
    1 574

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    C'est exactement ce que je cherchai, (en plus ca marche directement avec True False)
    j'ai juste à refaire manuellement les axes avec "text(...)" puisqu'au lieu de mettre les noms de colonnes et lignes, il met leur numéro, mais sinon c'est ce que je cherchai

    Merci
     

  7. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 470

    Re : [R] Graphique d'une matrice booleene

    la fonction image met des numéros parce que dans mon exemple je l'ai appelée avec les arguments 1:ncol(matrice) 1:nrow(matrice) mais tu peux mettre autre chose, il suffit que les dimensions soient les bonnes.

    regarde aussi la fonction heatmap qui permute les lignes et les colonnes pour mettre côte à côte celles qui se ressemblent le plus.
    Dernière modification par minushabens ; 11/10/2017 à 07h44.
     


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