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help swissmodel



  1. #1
    mimosa

    Question help swissmodel


    ------

    voilà, je deviens folle, j'ai une séquence protéique et je voudrai obtenir la structure 3D de la protéine, sur les articles ils utilisent tous swissmodel mais je n'arrive à rien.
    j'ai juste trouvé des structure 3D de ma prot chez d'autre plantes dans une banque après ça, je suis perdue.
    Merci d'avance !
    PS : Un très bonne année 2007 à tous le monde!

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  3. #2
    dodup64

    Re : help swissmodel

    Question idiote : t'as essayé RasWin je suppose ?
    Ta protéine est référencée quelque part ou t'as juste la séquence ?

  4. #3
    dodup64

    Re : help swissmodel

    J'ai fait quelques recherches. Le site de SwissModel te permet, à partir d'une séquence de retrouver une structure 3D probable (attention, c'est une heuristique et le résultat n'est pas toujours bon). Tu obtiendras un fichier .pdb qui te sera envoyé par mail.
    Vérifie d'abord si ta protéine n'est pas déjà dans une banque de données de structure 3D. regarde ici :
    http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
    Si elle est référencée, tu trouveras directement un fichier.pdb correspondant.
    Tu peux lire ce fichier avec le programme Swiss-pdbViewer disponible en téléchargement sur le site.
    Moi je préfère utiliser RasWin qui est plus simple à prendre en main. Si c'est pour une simple visualisation, je te le conseille vivement. Pour aller plus loin avec ce programme, tu devras te frotter aux lignes de commandes, mais ce n'est pas très difficile à comprendre et de nombreuses infos sont disponibles sur le web.

    Si tu veux un peu plus d'aide, il me faudrais en savoir plus sur ta protéine. Ce que c'est, sa séquence, son numéro d'accéssion uniprot/swissprot ou quelque chose comme ça.

  5. #4
    mimosa

    Re : help swissmodel

    non je n'ai pas essayé Raswin je ne connaissais pas...
    ma protein'est pas référencé j'ai la séquence (je n'ai pas encore publié...)
    Merci

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    dodup64

    Re : help swissmodel

    Ben alors tu rentre ta séquence au format FASTA par exemple sur ce site :
    http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html
    Tu recevra le fichier .pdb au bout de quelques minutes.
    (je te conseille de mettre un seuil blast très bas si tu connais beaucoup d'homologues sinon laisse le là où il est).
    Bon courage.

  8. #6
    mimosa

    Re : help swissmodel

    OK j'attends qu'ils m'envoient la séquence en pdb et après il faut que je télécharge Swiss-pdbViewer ? sur le site de swissmodel ?

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  10. #7
    mimosa

    Re : help swissmodel

    je n'arrive pas à faire la conversion FASTA PDB sur le site de swissmodel. A vrai dire je ne sais même pas à quoi ressemble un fichier pdb ...

  11. #8
    dodup64

    Re : help swissmodel

    Va là :
    http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html
    Rubrique First approach mode
    Copie ta séquence, rentre ton mail et c'est tout ce qui faut faire !
    Tu recevras ton fichier .pdb par mail. J'ai essayé hier avec une aquaporine et ca a pris deux minutes.

    Quand au programme swiss-pdb viewer, il est dispo là :
    http://swissmodel.expasy.org/spdbv/

    Un autre logiciel te fournira une meilleur visualisation (je trouve !), c'est rasmol :
    http://www.openrasmol.org/OpenRasMol.html#Software

    Voila sinon, je te met en lien un fichier pdb (tu peux l'ouvrir avec un éditeur de texte si tu veux ou avec un des deux programmes ci dessus).
    Fichiers attachés Fichiers attachés

  12. #9
    mantOs

    Re : help swissmodel

    Si tu as besoin de te mettre à des logiciels plus performants tu as :


    Pymol
    VMD

    Tu peux facilement prendre en main les fonctions basiques et cela offre de bonnes possibilités.
    Desole pour l'absence d'accentuation, je suis sur clavier QWERTY.

  13. #10
    mimosa

    Re : help swissmodel

    OK j'ai bien ma séquence en pdb et j'ai réussi à la visualiser sur Raswin mais c'est une molécule à atome de Fer et evidemment ce n'est pas précisé dans sa séquence protéique et je ne sais pas comment le rajouter sur le logiciel.
    Merci beaucoup d'avance

  14. #11
    dodup64

    Re : help swissmodel

    Tu ne peux pas le rajouter avec le logiciel Rasmol. A ma connaissance le seul moyen est de le rajouter dans le fichier texte. Pour cela, il te faut ses coordonnées exactes dans l'espace.

  15. #12
    mimosa

    Re : help swissmodel

    c'est à dire ses coordonnées exactes ?

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  17. #13
    dodup64

    Re : help swissmodel

    Ses coordonnées dans n'espace, en x y z.
    Mais là je suis un peu dépassé !

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