Génome.

[Novocaine]

Bonsoir,
Pourquoi dit on que les gènes ne font qu'une partie du génome, c'est quoi l'autre partie?
Merci.
-----

[invite217f3aaa]

Salut,

La définitions que j'ai de génome est " l'ensemble des gènes dont une cellule hérite".
Mais la définition de gène est floue, si on en exclut les séquences activatrices et inhibitrices ( qui peuvent être très éloignées du lieu du locus de transcription )alors "les gènes ne font qu'une partie du génome".

Bonne soirée,

[Yoyo]

salut

simplement parceque le genome c'est l'ensemble des sequences codantes+des sequences non-codantes

Yoyo

[Novocaine]

Ok je vois! Merci! Pour moi le génome c'était l'ensemble des gènes mais en fait c'est l'ensemble du matériel génétique. Merci les gars!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitee8b3f97e]

Salut !

Hum... question de lexique et de définition tout cela Au sens strict du terme, le génome est l'ensemble des gènes. Les gènes + les séquences non codantes forment un ensemble plus grand (matériel génétique ? séquence nucléotidique complète ?) que l'on appelle souvent génome par convention.

Pas très clair tout ca, si quelqu'un a une définition claire (et étayée ) je suis preneur.

[Yoyo]

Salut

Non le genome est l'ensemble des chromosomes d'une cellule. Il n'y a aucune notion de fonctionnalité (codant, non codant) dans la definition d'un genome.
quand on sequence un génome, on ne se contente pas de séquencer que les gènes
YOyo

[pommier]

Salut

Non le genome est l'ensemble des chromosomes d'une cellule.
YOyo

Bonjour
Dans ce cas , à quoi correspond le caryotype?

[jmbowie]

Salut

Non le genome est l'ensemble des chromosomes d'une cellule. Il n'y a aucune notion de fonctionnalité (codant, non codant) dans la definition d'un genome.
quand on sequence un génome, on ne se contente pas de séquencer que les gènes
YOyo

Je parlerai plutôt de l'ensemble du matériel génétique, de façon à ne pas éluder les éléments tels que les plasmides, notamment pour les organismes procaryotes.

[Yoyo]

Bonjour
Dans ce cas , à quoi correspond le caryotype?

Le caryotype d'un organisme donne le nombre de chromosome.

Je parlerai plutôt de l'ensemble du matériel génétique, de façon à ne pas éluder les éléments tels que les plasmides, notamment pour les organismes procaryotes.

dans la plupart des cas le genome ne tiens pas compte des plasmides, ni des mito ou chloroplastes.

YOyo

[invite757c2fe3]

Bonsoir,

je suis une petite nouvelle ...
malgré mes petites connaissances en matière de biologie, je voulais donner "mes définitions" de génome et gène :

gène : fragment d'ADN qui permet de différencier les espèces, et les êtres vivants au sein d'une même espèce.

génome : ensemble des gènes.

simpliste, c'est sûr... LoL
rassurez moi, dois-je revoir mes cours de bio ?

[piwi]

Pour la notion du gène oui sans doute... Votre definition ne veut rien dire du tout.

[invite757c2fe3]

Ok...ça a le mérite d'être clair !

Merci, je vais me replonger dans mes cours alors...

[piwi]

désolé d'avoir été un peu brutal

Cordialement,
piwi

[Novocaine]

Oui c'était juste une question de définitions et de lexique mais bon en biologie faut être précis

Boudi, l'objet de ce poste était justement la définition du génome qui n'est pas seulement l'ensemble des gènes.. ta définition n'est pas bonne
Puis un gène ce n'est pas qu'un fragment d'ADN faut être précis là aussi

Je profite de la présence des spécialistes pour connaître le rôle de la partie non codante du génome(très majoritaire me semble t il) Merci

[Yoyo]

Je profite de la présence des spécialistes pour connaître le rôle de la partie non codante du génome(très majoritaire me semble t il) Merci

vaste question!
on peut penser que ce sont des reliques de l'evolution! ou au contraire une reserve
Ces régions peuvent aussi jouer un role structurant de l'ADN (chromatine)
Sinon maintenant qu'on connait l'importance des ARN non codants, il est probable qu'il y ai pas mal de régions codantes pour ceux-ci.

enfin les dernieres estimations donnent que plus de 80% des nucleotides chez l'Homme sont transcrit!!!

Yoyo

[MaliciaR]

vaste question!
enfin les dernieres estimations donnent que plus de 80% des nucleotides chez l'Homme sont transcrit!!!

Yoyo

En voilà une nouvelle! Aurais-tu des références, ça m'intéresserait beaucoup, merci!

Cordialement,

[Yoyo]

En voilà une nouvelle! Aurais-tu des références, ça m'intéresserait beaucoup, merci!

Cordialement,

On nous a présenté cela durant une conference à l'EMBL. Je vais voir si j'arrive a trouver les publis.

YOyo

[invite217f3aaa]

En ce qui concerne le rôle des séquences non codantes j'avais vue une conf sur ce site http://www.diffusion.ens.fr/index.ph...mes&idtheme=17
mais je ne me rapelle plus de laquelle..
Quoiqu'il en soit il était dit que les séquences non codantes éloignent les promoteurs les uns des autres. Ainsi selon la proximité des promoteurs il y avait plus où moins de compétition entre les promoteurs pour fixer les facteurs de transcriptions. Donc c'est un rôle régulateur qui était supposé là. Perso je trouve l'hypothèse séduisante.
Je jetterais un oeil voir si je retrouve cette conf.

[MaliciaR]

Super Merci, Yoyo!

Au fait, parlant de génome et séquences "bizarres", quelqu'un aurait-il des nouvelles concernant le mutant hothead chez A. thaliana?

Cordialement,

[MaliciaR]

Et aussi, pourquoi les changements de nombre de répétitions de séquences microsatellites dans la région 3' transcrite non traduite d'un gène impliquerait une augmentation de la fréquence de réplication de ladite région?

Cordialement,

[Novocaine]

enfin les dernieres estimations donnent que plus de 80% des nucleotides chez l'Homme sont transcrit!!!

Je savais que c'était majoritaire mais quand même pas 80%...Donc seulement 20% des nucléotides codent pour les 20 000 gènes.. C'est intéressant.

J'y avais pas pensé au rôle structural. Peut être que lors de la condensation des chromosomes, ces régions sont plutôt extérieures et protègent les parties importantes? Qu'en pensez vous?

Quoiqu'il en soit il était dit que les séquences non codantes éloignent les promoteurs les uns des autres. Ainsi selon la proximité des promoteurs il y avait plus où moins de compétition entre les promoteurs pour fixer les facteurs de transcriptions. Donc c'est un rôle régulateur qui était supposé là. Perso je trouve l'hypothèse séduisante.

Moi aussi j'aime bien cette hypothèse. Elle est sexy C'est bien vu je trouve.

[invite6b78f0a1]

Bonjour j'aurais besoin de quelques informations sur le génome (des plantes surtout), je suis en dernière année de secondaire et pour cette dernière année je dois faire un travail de fin d'étude sur les OGM. Je trouve beaucoup d'informations sur le génome des humains mais très peu sur celui des plantes, donc j'aimerais savoir si les définitions que je trouve pour le génome des humains sont bonnes pour les génomes des plantes.

[MaliciaR]

Bonjour,
Ce serait sympa que tu détailles un peu plus ta recherche.
Et que tu n'espères pas que quelqu'un fera le boulot à ta place

Cordialement,

[invite72953e70]

Super Merci, Yoyo!

Au fait, parlant de génome et séquences "bizarres", quelqu'un aurait-il des nouvelles concernant le mutant hothead chez A. thaliana?

Cordialement,

Bonjour,
Tout le monde s'est un peu enflammé avec hot-head (rappel : ségrégation non-mendelienne, hypothèse d'une copie ARN de tout le génome pour expliquer la reversion d'un génotype perdu à la génération précedente).
Apparemment c'était un problème de méthodologie, l'outcrossing étant favorisé chez le mutant hothead, la reversion serait en fait une contamination du a du pollen issu de plant wild type.

http://www.nature.com/nature/journal...015E1EC5FA34CA
Plant genetics: Increased outcrossing in hothead mutants

Peng Peng1,2, Simon W.-L. Chan2,3, Govind A. Shah2 and Steve E. Jacobsen1,2

Top of page
Arising from: S. J. Lolle, J. L. Victor, J. M. Young & R. E. Pruitt Nature 434, 505–509 (2005); Lolle et al. reply

Lolle et al.1 report that loss-of-function alleles of the HOTHEAD (HTH) gene in Arabidopsis thaliana are genetically unstable, giving rise to wild-type revertants. On the basis of the reversion of many other genetic markers in hth plants, they suggested a model in which a cache of extragenomic information could cause genes to revert to the genotype of previous generations. In our attempts to reproduce this phenomenon, we discovered that hth mutants show a marked tendency to outcross (unlike wild-type A. thaliana, which is almost exclusively self-fertilizing2). Moreover, when hth plants are grown in isolation, their genetic inheritance is completely stable. These results may provide an alternative explanation for the genome wide non-mendelian inheritance reported by Lolle et al.

A+
Sed

[MaliciaR]

Cool, Sed, merci! J'avais entendu dire que c'est une histoire fumeuse finalement et que les expériences visant à reproduire le phénomène n'ont pas mùarché... Dommage, c'était assez sexy comme découverte

Cordialement,

[invite72953e70]

Et aussi, pourquoi les changements de nombre de répétitions de séquences microsatellites dans la région 3' transcrite non traduite d'un gène impliquerait une augmentation de la fréquence de réplication de ladite région?

Cordialement,

Les microsat en 3' sont plutôt une source d'instabilité pour le transcrit. L'ARN pol a tendance à faire une pause (stalling) puis à déraper (slippage). Ca fait des longs transcrits qui ont, de ce que j'ai compris, du mal à être traduit.
on connait deux maladies chez l'homme du a ce phénomène :
Sca8 desease et DM1 (dystrophia myotonin)

Par contre on observe souvent une modification du taux de transcription d'un gène quand des microsat s'allongent dans les promoteurs. Il servent de site de fixation, donc plus il est long, plus çà gaze (en gros)

une bonne revue sur le sujet :

http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/21/6/991

A+
Sed

[invite6b78f0a1]

Je n'ai pas du tout l'intention de demander à quelqu'un de faire le travail à ma place, je suis déçue que mon message ait été perçu de cette façon ! Je voudrais juste savoir si les définitions du génome que je trouve s'applique à tous les êtres vivants ou si il existe des définitions différentes pour l'homme ou pour les végétaux.

[invite72953e70]

Bonjour j'aurais besoin de quelques informations sur le génome (des plantes surtout), je suis en dernière année de secondaire et pour cette dernière année je dois faire un travail de fin d'étude sur les OGM. Je trouve beaucoup d'informations sur le génome des humains mais très peu sur celui des plantes, donc j'aimerais savoir si les définitions que je trouve pour le génome des humains sont bonnes pour les génomes des plantes.

Bonjour,
je pense que les définitions seront toujours valides (régions codantes, exons/introns, regions intergéniques, enhancers, euchromatine, promoteurs, micro/mini/satellites, centromères, telomères et j'en oublie.... ha oui éléments transposables bien sûr, tout ces termes definissent les mêmes éléments génomiques chez les plantes comme chez les animaux).

Par contre toutes les données quantitatives et qualitatives sont très différentes.
Des spécificités connues des génomes végétaux :
Ploïdie parfois importante et différentes selon les tissus
Présence d'un génome chloroplastique
Domestication étendue des éléments transposables
Utilisation soutenue des mécanisme de régulation par des "petits" ARN non codants.
J'en oublie surement.
Ah oui pour le lien avec les OGM, transfert horizontaux de matériel génétique avec des bactéries du sol (Agrobacterium Tumefaciens).

Hope this help,

Sed