analyse d'image

[gorben]

Bonjour a tous,

Je suis en train de faire de la microscopie et je dois analyser mes images.
Brievement, je fais un marquage DAPI de l'ADN, et sur chaque cellule (bacterie) je dois calculer la surface occupee par l'ADN (en pixel) et la surface occupee par la cellule (en pixel aussi).
Je cherche un software qui ferait ca automatiquement (autre que Nucleus) ou alors un software qui me permettrait de selectionner grace a "une baguette magique" mes spots (ADN ou cell), puis de les analyser par la suite.

Quelqu'un connait un logiciel pour faire ca (gratuit ce serait vraiment bien, sinon payant)?

Merci

A+
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[invitee863e61a]

J'ai déjà fait quelque chose de similaire avec un logiciel Biorad (pour des spots de microarray) dont j'ai oublié le nom. désolé.
Des logiciels pour GelDoc (Sequencing Analysis) conviendrait peut-être.

[gorben]

Salut,

Merci pour ta reponse, mais ca ne marche pas. Je suis oblige de fixer le seuil de detection, et j'ai trop de BG... ca fait n'importe quoi.

A+

[invitee863e61a]

Le logiciel s'appelle Quantity One, pas sequencing analysis.


Bon courage en tout cas!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec25c96a0]

Bonjour,

Peut etre imageJ pourrait il faire l`affaire. l`addresse http://rsb.info.nih.gov/ij/.


cordialement

[invitea0443c8c]

Salut!
As-tu essayé TotalLab????

V.

[invitefec12a67]

Bonjour,
Je fais exactement pareil avec des images de GISH. Je te conseille également ImageJ, mais il faudra que tu te crée une petite macro qui te fait les mesures automatiquement après ajustement de threshold et éclaircissement de l'image.

bon courage

[gorben]

Salut,

Merci pour les soft. Je pense que je vais me tourner vers imageJ. Je me suis cree une macro qui me permet manuellement de mesurer la longueur, la largeur de la cellule, puis il calcule l'aire... mieux que rien.

Reste plus qu'a analyser un millier de cellules... des fois, la science c'est vraiment excitant !

Merci pour les infos

A+