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Modélisation informatique



  1. #1
    wolfgangouille

    Modélisation informatique

    Bonjour à tous, ça fait un moment que je ne suis pas passé sur ce forum, mais avec les concours à préparer...D'ailleurs c'était par rapport à mon TIPE; je m'explique : Il y a quelques temps j'ai posté un message sur mon TIPE "stabilité d'un écosystème binaire". A l'époque j'essayais de trouver quels allaient être les protagonistes, aujourd'hui nous avons fini notre première série d'expériences avec chlorella et brachionus calyciflorus (rotifère). Même si la partie expérimentale n'est pas terminée, je m'attèle à faire une modélisation informatique. Les premiers essais sont prometteurs, alors j'ai décidé de faire une version assez poussée, cela dit, il y a beaucoup de paramètres à faire varier (en ce qui concerne le milieu, les chlorelles, les rotifères). Aussi je pense que je reviendrai régulièrement pour demander quelques précisions mais pour l'instant j'ai une question, enfin je vais plutôt vous dire comment je vois le truc.

    En fait c'est pour la division des chlorelles, comment modéliser leur croissance en fonction de la concentration en CO2 dissous dans l'eau?
    Pour ma part, j'ai pris le problème sous cet angle : disons que la chlorelle produit par photosynthèse un métabolite imaginaire dont une partie va être utilisée par la chlorelle (respiration), et une autre va être mise de côté. Quand la réserve en métabolite est suffisante, la chlorelle peut se diviser, à condition que la durée du cycle minimale, fixée au départ ,et correspondant au temps nécessaires aux processus de division (réplication, mitose...) soit dépassée.
    Bien sur la production du métabolite par photosynthèse va être plus ou moins rapide selon la concentration en CO2 (genre une courbe de mickaelis avec palier). Dans ce cas on aura trois paramètres liés aux chlorelles : durée minimale d'un cycle et vitesse maximale de production du métabolite (avec son Km associé), et quantité de métabolite nécessaire à la division.
    Aussi j'aimerai savoir (dans le cas où cette approche est correcte) s'il existe une étape "cinétiquement déterminante" pour qu'on puisse supprimer l'autre.

    Voilà ça peut paraitre farfelu vu que j'ai vu ça nul par ailleurs et que tout sort de mon piètre esprit scientifique, mais c'est selon moi ce qui se rapproche le plus de la réalité. Suggestions?

    Chapeau à celui qui pourra m'aider !
    Merci

    -----

    Renaud

  2. Publicité
  3. #2
    wolfgangouille

    Re : Modélisation informatique

    Bon apparemment j'ai fait un bide...
    Est ce que quelqu'un connaitrait la concentration à l'équilibre en CO2 et O2 dans l'eau disons a 25°C? Peut être dans le forum chimie...
    Renaud

  4. #3
    wolfgangouille

    Re : Modélisation informatique

    Bon et si je vous envoyais une video de ce que ça donne ça vous interesserait? J'vais voir ce que je peux faire...
    Renaud

  5. #4
    kinette

    Re : Modélisation informatique

    Bonjour Renaud,
    J'essaye de comprendre ton problème... pas évident, et j'ai l'impression que tu mets un peu la charrue avant les boeufs, ce qui complique ton problème.
    Pour ma part, j'ai pris le problème sous cet angle : disons que la chlorelle produit par photosynthèse un métabolite imaginaire dont une partie va être utilisée par la chlorelle (respiration), et une autre va être mise de côté.
    C'est une supposition qui a certainement des implications importantes... il serait donc bon que, pour faire reposer ton modèle sur ce principe, tu aies des données biologiques suffisantes te permettant de penser que ça fonctionne comme ça (c'est peut-être le cas, mais ici ce n'est pas clair).

    Quand la réserve en métabolite est suffisante, la chlorelle peut se diviser, à condition que la durée du cycle minimale, fixée au départ ,et correspondant au temps nécessaires aux processus de division (réplication, mitose...) soit dépassée.
    OK donc tu introduis un système de stockage, avec un processus de limitation de la vitesse de division...

    Bien sur la production du métabolite par photosynthèse va être plus ou moins rapide selon la concentration en CO2 (genre une courbe de mickaelis avec palier).
    Là ça devient compliqué car tu introduis un second système de "ralentissement" (mais ça semble aussi logique).

    Dans ce cas on aura trois paramètres liés aux chlorelles : durée minimale d'un cycle et vitesse maximale de production du métabolite (avec son Km associé), et quantité de métabolite nécessaire à la division.
    OK, bon ça me paraissait compliqué à première lecture, mais finalement c'est pas si compliqué

    Aussi j'aimerai savoir (dans le cas où cette approche est correcte) s'il existe une étape "cinétiquement déterminante" pour qu'on puisse supprimer l'autre.
    En fait ça dépendra beaucoup de tes paramètres (je sais, c'est pas une réponse qui aide tellement): si tu fixes ton seuil de vitesse maximale de production de métabolite en dessous de ce qui permet la vitesse maximale de division, celle-ci sera inutile... et vice-versa.
    Ceci dit pour ta modélisation, je pense que le plus simple est l'utilisation d'un seuil "simple" (pas s'embêter avec une fonctions plus complexe comme celle de Michaelis).

    Sinon, ben si ta vidéo est pas trop grosses, pourquoi pas

    Cordialement,
    K
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  6. #5
    wolfgangouille

    Re : Modélisation informatique

    Merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre.
    En fait ce qui m'aiderait ce serait de connaitre la valeur de certains paramètres.
    Mais je me disais, même si on fixe arbitrairement certains paramètres (enfin de manière à ce qu'on obtiennent quand même des simulation qui collent un minimum à la réalité), même si les simulation sont pas parfaite du point de vue quantitatif, au moins qualitativement on peut obtenir des résultats intéressants, non? Enfin voilà si vous voulez, je vous donne aussi la liste complète des paramètres si vous avez des infos sur l'un d'entre eux ça pourrait aider!
    La vidéo que j'ai faite est pas top mais là j'ai pas trop le temps je retourne à l'internat ce soir : l'échelle n'est pas respectée donc quand il y a trop de chlorelles on voit plus rien, mais enfin c'est pour vous montrer ce que ça peut donner. Je l'ai mise sur Youtube je poste le lien dès que la vidéo est traitée.
    @+ !
    Renaud
    Renaud

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    wolfgangouille

    Re : Modélisation informatique

    Renaud

  9. Publicité
  10. #7
    wolfgangouille

    Re : Modélisation informatique

    Voici une seconde version. Malheureusement youtube a fait des siennes l'image est bouffée par des pixels noirs...enfin bon
    http://fr.youtube.com/watch?v=yg-Os1ijV8g
    Sinon pas d'idées pour mes messages précédents?
    Renaud

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