No hablo ingles or just a little

[inviteb79b6ae1]

Bonjour/bonsoir,

Je suis actuellement en train de lire un article ("Regulation of polar flagellum genes is mediated by quorum sensing and FlhDC in Burkholderia glumae" Kim, Kang, ..., 2007). Et il y a quelque données que je ne comprend pas.

- Existe-t-il des flagelles différent pour que la bactérie nage ou rampement?
- Dans materiels and methdos il utilise un montage avec une cassette omega comme gène "révélateur" (je ne trouve plus le bon terme) (ex: tofI:mega). Je ne comprend pas ce qu'est la cassette omega et comment on peut suivre le gène avec cette cassette.

Merci d'avance pour votre aide.
-----

[invite17a570c1]

Hello,

Sympa, ton article

Le flagelle peut être donc un propulseur rotatif, donc dans ce cas on parle d'outil de nage; si je ne m'abuse, soit c'est lui qui tourne, soit il ne bouge pas mais c'est la bactoche qui tourne .
En revanche, tu as d'autres systèmes de mobilité que sont les pili. Le rampement/glissement, les cas de switch (en avant, en arrière) sont dus à ces systèmes. Cas très élégants et vraiment fascinants chez Myxococchus xanthus, une nana 'achement bien qui travaille dessus : Lotte Sogaard-Andersen.
Si tu décides d'aller faire un tour du côté des Archaea, c'est encore plus différent : il y a les gènes des opérons fla de type I ou II. C'est mal connu, mais très intéressant parce qu'on peut parler d'homologies entre certains de ces gènes et des gènes du système pili de type IV des Eubactéries.

Sinon, je vais faire dodo, fatiguée, donc les M&M demain, sauf si quelqu'un ne décide de le faire avant moi

Cordialement,

[invitee863e61a]

Bonjour/bonsoir,

Je suis actuellement en train de lire un article ("Regulation of polar flagellum genes is mediated by quorum sensing and FlhDC in Burkholderia glumae" Kim, Kang, ..., 2007). Et il y a quelque données que je ne comprend pas.

- Existe-t-il des flagelles différent pour que la bactérie nage ou rampement?
- Dans materiels and methdos il utilise un montage avec une cassette omega comme gène "révélateur" (je ne trouve plus le bon terme) (ex: tofI:mega). Je ne comprend pas ce qu'est la cassette omega et comment on peut suivre le gène avec cette cassette.

Merci d'avance pour votre aide.

Pourrais-tu m'envoyer le papier par e-mail (demande le moi par MP), que je lise le papier ce soir et te réponde. Merci
Il est probable qu'ils l'utilisent comme marqueur (c'est le mot que tu cherches?) qui doit conférer un phénotype que l'on peut cribler facilement. Il est possible qu'il l'ait utiliser pour interrompre un gène pour l'inactiver, ce qui permet d'étudier son rôle. Pour s'assurer que le clone a intégré la cassette sur le chromosome, il suffit de le tester pour le phénotype conférée par la cassette.
Exemple: si la cassette confère une résistance à un antibiotique, il suffit de mettre une dose de cet antibio

[inviteb79b6ae1]

MaliciaR: En revanche, tu as d'autres systèmes de mobilité que sont les pili.

Il n'y pas d'autre flagelles qui ne sont pas polairs (donc latéraux) et qui permettent à la bactérie de ramper.

jmbowie: Pourrais-tu m'envoyer le papier par e-mail (demande le moi par MP), que je lise le papier ce soir et te réponde

Je vais te faire la demande d'adresse de suite mais je t'enverrais l'article vers 20h donc je si j'ai pas de réponse demain ce n'est pas super grave.

jmbowie: Il est probable qu'ils l'utilisent comme marqueur (c'est le mot que tu cherches?) qui doit conférer un phénotype que l'on peut cribler facilement. Il est possible qu'il l'ait utiliser pour interrompre un gène pour l'inactiver, ce qui permet d'étudier son rôle. Pour s'assurer que le clone a intégré la cassette sur le chromosome, il suffit de le tester pour le phénotype conférée par la cassette.

Le mot était: gène raporteur. Du moins c'est le seul terme que je connais et qui correspond à l'article. Peut être que gène raporteur = gène marqueur. Le gros problème c'est que je me retrouve devant une nomenclature ou des technique de biomoléculaire que je jamais vue. Etrange quand on fait une licence de Biochimie.

Merci à vous deux pour votre aide.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite17a570c1]

Il n'y pas d'autre flagelles qui ne sont pas polairs (donc latéraux) et qui permettent à la bactérie de ramper.

C'est une question ou une affirmation?
Il me semble avoir vu des flagelles latéraux chez une espèce de Salmonella, mais je n'ai pas du tout le temps de vérifier donc je te précise ça plus tard

Le mot était: gène raporteur. Du moins c'est le seul terme que je connais et qui correspond à l'article. Peut être que gène raporteur = gène marqueur. Le gros problème c'est que je me retrouve devant une nomenclature ou des technique de biomoléculaire que je jamais vue. Etrange quand on fait une licence de Biochimie.

Marqueur est plus mieux dans ce cas Je vis pour pinailler, faut pas oublier
En fait, un gène rapporteur est un gène qui donne un résultat visible (genre, lacZ donne un produit bleu = la béta-galactosidase; GFP, CFP et toute la clique des fluorescentes font partie de ce type de gènes).
Sinon, ne t'inquiète pas pour les notions, si tu as besoin qu'on t'explique des choses, n'hésite surtout pas

Cordialement,

[inviteb79b6ae1]

Il manquait à ma phrase un point d'interrogation, alors je me rattrape: ??

Eh bien je n'avais jamais vu ce terme. Merci donc pour cette information importante.
Demain je pense que j'aurais quelques questions en plus.

Merci encore pour votre aide

[invitee863e61a]

Bonjour/bonsoir,

Je suis actuellement en train de lire un article ("Regulation of polar flagellum genes is mediated by quorum sensing and FlhDC in Burkholderia glumae" Kim, Kang, ..., 2007). Et il y a quelque données que je ne comprend pas.

- Existe-t-il des flagelles différent pour que la bactérie nage ou rampement?
- Dans materiels and methdos il utilise un montage avec une cassette omega comme gène "révélateur" (je ne trouve plus le bon terme) (ex: tofI:mega). Je ne comprend pas ce qu'est la cassette omega et comment on peut suivre le gène avec cette cassette.

Merci d'avance pour votre aide.

Je lis l'article et ensuite je t'expliquerai ce qu'est cette cassette omega et à quoi elle sert. Si tu as d'autres question tant que j'y suis, profite-en, je le lirai ce soir.

[invite17a570c1]

Bonjour,

Un flagelle, même latéral, ne sert qu'à la nage (La grosse partie du labo bosse sur les pili, j'ai donc demandé vérification pour le cas où ).
Le rampement se fait par les pili.

Cordialement,

[invite153e7487]

Alors je ne suis pas certain (j'ai pas lu l'article en detail) mais ma version c'est que la cassette Ω est juste un fragment d'ADN que tu peux inserer dans le chromosome, conferant une resistance Sm/Spc. Dans ton article, ils s'en servent pour faire des mutants selectionables.

[inviteb79b6ae1]

laliciaR: Un flagelle, même latéral, ne sert qu'à la nage (La grosse partie du labo bosse sur les pili, j'ai donc demandé vérification pour le cas où ).
Le rampement se fait par les pili.

Merci pour ton aide mademoiselle.

tortuga: Alors je ne suis pas certain (j'ai pas lu l'article en detail) mais ma version c'est que la cassette Ω est juste un fragment d'ADN que tu peux inserer dans le chromosome, conferant une resistance Sm/Spc. Dans ton article, ils s'en servent pour faire des mutants selectionables.

Le problème c'est que je suis relativement nul en anglais et lorsqu'il me parle de leurs mutagénèse ça me parle pas mais bon. J'ai l'idée de leurs expérience, c'est déjà pas mal. C'est vraiment leur truc de mettre deux fois de point partout qui m'énerve le plus. lol. En faite dans cette expérience chaque cassette à un intérêt différent et je m'y perd plus qu'un peu.
Merci tortuga pour l'aide

[invitee863e61a]

Je t'envoie un mail dans la journée avec les réponses

[inviteb79b6ae1]

Encore merci à tous et un grand merci à jmbowie