Création de .prépin avec XLEaP (AMBER)

[Goldfish]

Bonjour tout le monde,

Dans le cadre d'une modélisation d'un décamère d'ADN complexé avec du platine je dois créer un .prépin pour construire mes liaisons (avec le logiciel XLEaP de la suite AMBER) mais, je rencontre un problème avec une guanine terminale 5' (DG5).

Je connais deux façon de créer un .prépin avec XLEaP : à partir d'un .pdb et directement à partir du logiciel pour les résidus classiques. Qu'elle que soit la technique utilisée, XLEaP inverse l'ordre des atomes (autrement dit, il ne respecte pas l'ordre usuel des atomes pour une guanine). Bien sûr, je pourrais créer manuellement le .prépin mais, je souhaiterais comprendre pourquoi XLEaP "s'amuse" à inverser l'ordre des atomes (qui est respecté dans le logiciel, seul le .prépin est inversé). En espérant que ce problème vous intéresse, j'attends vos idées.

Bien cordialement,

PS : J'ai mis Biochimie pour préfixe, malheureusement, il n'y a pas de préfixe Bioinformatique.
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[Goldfish]

Bonjour,

Je conçoit que cette question ne semble que très peu intéressante, mais cette absence totale de réponses me laisse suspecter un problème sous-jacent.

Peut-être ai-je créé ce post dans la mauvaise section ? Ou, un autre problème beaucoup plus triste, personne ne s'intéresse à la bioinformatique ? (ce qui expliquerais l'absence de "préfixe" pour la création du post)

Même si le problème semble ici plus informatique que biologique, il me semblait intéressant de comprendre pourquoi l'ordre des atomes était changé puisque cela peut (ou pas) induire des problème de planarité dans le modèle final... Quel est donc l'intérêt pour le logiciel de faire cette inversion ?

Bien cordialement,

[MaliciaR]

Salut,

Ce n'est pas que personne ne s'intéresse à la bio-info ici C'est que la question que tu poses est un peu trop pointue : il faut avoir bossé sur la même chose que toi, avec la même suite logicielle... et être bien calé en info Ca fait déjà un ensemble de 3 conditions difficilement satisfaisable.

Pourquoi ne pas demander au fournisseur du logiciel? Il saura te dire mieux, non?


Cordialement,

[Goldfish]

Bonsoir,

C'est à dire que je suis assez nouveau dans le domaine et, je me suis laissé supposé que la suite AMBER était assez "classique". Je n'ai pas demandé au fournisseur du logiciel parce que le problème n'est pas très important en soi, je peux faire moi même le fichier si la version créée par XLEaP ne me convient pas. Je me suis juste dit que ce serait peut-être intéressant d'en parler sur le forum pour avoir des "avis" !

En faite, je peux poser la question en allant directement au problème, ça ressemblerais à ça :

"D'après vous, l'ordre des atomes dans un fichier PDB doit-il être le même pour tous les résidus identiques (toutes les guanines par exemples) pour faciliter les interprétations ?"

Ce qui pourrais amener à nous questionner sur l'importance et/ou la nécessité de rester conforme aux conventions de la science... J'espérais que la discussion aboutisse sur ces quelques sujets en prenant la bioinformatique pour exemple. Je cherchais une discussion plus qu'une aide logiciel, mais j'ai peut-être mal posé la question...

Bien cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

Hello,

"D'après vous, l'ordre des atomes dans un fichier PDB doit-il être le même pour tous les résidus identiques (toutes les guanines par exemples) pour faciliter les interprétations ?"

Ce qui pourrais amener à nous questionner sur l'importance et/ou la nécessité de rester conforme aux conventions de la science... J'espérais que la discussion aboutisse sur ces quelques sujets en prenant la bioinformatique pour exemple. Je cherchais une discussion plus qu'une aide logiciel, mais j'ai peut-être mal posé la question...

Bien cordialement,

Beh... ça change, oui

En fait ce que je ce comprends pas c'est la chose suivante : qu'est-ce qui change lorsque l'ordre des atomes change? Je veux dire, y a-t-il quelque chose qui puisse se prêter à de l'interprétation différente...? Quel est le but de ton étude? Que cherches-tu à mettre en évidence?
Sans présenter un peu ce que tu fais, je ne vois pas comment une quelconque discussion puisse être engagée


Cordialement,

[Goldfish]

Re-bonsoir,

Pour résumer, j'essaie de modéliser un complexe entre de l'ADN et du platine qui soit acceptable avec des données théoriques et expérimentales.

En faite, dans le .pdb final, l'ordre des atomes ne change absolument rien puisque les coordonnées sont données directement dans l'espace et que, dans mon cas, je n'utilise pas le numéro des atomes... Seulement il se trouve que le .prépin (qui permet de créer les liaisons entre l'ADN et le platine) contient des informations sur les "angles" du résidu. L'ordre des atomes n'étant pas habituel, le reste est aussi inversé et, je ne sais pas si ces informations sont justes (aucun moyen de comparaison).

Finalement, après minimisation de l'énergie, j'observe des angles "bizarres" sur le résidu qui possède les atomes inversés. Donc, je me demande si ces angles étonnants sont dûs au platine ou à la singularité de mon résidu ! Alors que si l'ordre des atomes avaient été identiques aux autres, je me serais posé une question de moins... D'où ma question sur les conventions et ma question initiale sur l'intérêt du logiciel à créer un fichier inhabituel.

Bien cordialement,