Encore un papier fort interessant dans le Nature d'aujourd'hui (Nature 433, 769 - 773 (17 February 2005)) qui semble dire qu'un miRNA possede plusieurs cibles ce qui permettrait d'orienter les cellules qui l'exprime vers un type cellulaire ou un autre...
mdrEnvoyé par ggpessoa
Sinon tu veux dire que le complexe miRISC ne dégrade pas les ARNm et se contente de bloquer la traduction ? Moi il me semble qu'il y a dégradation, mais il faut que je revérifie.
Salut... à lire absolument et tirer les conséquences...:
Microarray analysis shows that
some microRNAs downregulate
large numbers of target mRNAs
Lee P. Lim1, Nelson C. Lau2, Philip Garrett-Engele1, Andrew Grimson2,
Janell M. Schelter1, John Castle1, David P. Bartel2, Peter S. Linsley1
& Jason M. Johnson1
dans le dernier Nature est à mes yeux le début d'une révolution intellectuelle... n'en déplaise à nos amis les décortiqueurs de promoteur... HIHIHihiiiii
NB: la première manip qui a réèlement mis en évidence le silencing ou la co-supression et tout ce qui en découle en ce qui concerne la stabilité des messagers, c'est faite chez le pétunia!!! pas ches les vers comme j'ai vu dans un post précédant.
La caracterisation genetique et moleculaire a ete faite chez le ver
Les manip' du petunia restaient tres vagues
Oui, c'est moi qui avait dis que c'était chez C. elegans, mea culpa ! La première expérience était une histoire de coloration chez le pétunia, mais je crois que les auteurs n'avaient à l'époque pas compris les implications de leur découverte.
Oui voilà, en fait le miRISC se fixerait en 3'UTR de l'ARNm et arrivé à ce niveau la traduction est bloquée. La proteine n'est pas libérée et reste dans le ribosome. C'est générallement cette possibilité qui est privilégié chez les miARN lorsque la complémentarité miARN-ARNm n'est pas parfaite.Sinon tu veux dire que le complexe miRISC ne dégrade pas les ARNm et se contente de bloquer la traduction ? Moi il me semble qu'il y a dégradation, mais il faut que je revérifie.
Il y a dégradation dans les autres cas (ARNsi et complémentarité parfaite)
Sinon pour le "complexe ribonucléoproteique" pourquoi ça te fait rire, je n'ai pas répondu à ta question ?
Pour les pétunias en fait c'était une recherche destinée à obtenir des pétunias avec une pigmentation plus foncée. L'équipe à donc injecté de l'ADN du pigment de pétunia. Mais le résultat fut inverse : ils ont obtenu une répression du pigment. Plus il injectait d'ADN de pigment, plus la fleur était blanche.
Il faut savoir que le procédé d'interférence est un phénomène d'amplification, puisque DICER clive le double brin d'ARN en plusieurs ARNi. Comment l'ADN a mis en route le mécanisme d'interférence ? C'est une bonne question lol
Bonsoir,J'ai lu (rapidement je dois dire) un truc aussi sur la formation d'heterochromatine avec les miRNA. Mais je n'ai pas trop compris le mécanisme, ni le but du système d'ailleurs. Pourrais-tu détailler un peu et/ou indiquer des sources biblio ? Merci
Le "but" de l'hétérochromatinisation est d'éteindre l'expression des gènes en empêchant la transcription : c'est une "stratégie" complémentaire à celle de la dégradation des ARNm ou du blocage de leur traduction.
D'après ce que j'ai compris, les mi/siRNAs inclus dans un complexe RISC nucléaire, se fixent à une séquence d'ADN complémentaire. Une des protéines du RISC recruteune histone-méthyltransférase, qui méthyle l'histone H3 (sur la lysine 9). Cette modification induit la fixation, sur les histones H3, de la protéine HP1 (Heterochromatin Protein 1), qui a tendance à former des agrégats, et donc à rapprocher les nucléosomes, ce qui condense la chromatine.
Pour plus d'infos, voilà un article qui traite spécifiquement de l'hétérochromatinisation induite par le RNAi:
The role of RNA interference in heterochromatic silencing, Zachary Lippman & Rob Martienssen, NATURE (2004), 431, 364-370.
Il est d'ailleurs tiré d'une review couvrant de nombreux aspects du RNAi (interférence ARN), dans Nature, 431, p. 338 à 378 (2004).
Pour ceux qui ont le temps (!), un article de 29 p. datant un peu plus (2003) :
RNA Interference: Biology, Mechanism, and Applications, Neema Agrawal, P. V. N. Dasaradhi, Asif Mohmmed, Pawan Malhotra,
Raj K. Bhatnagar, and Sunil K. Mukherjee, MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS, Dec. 2003, p. 657–685, Vol. 67, No. 4
Bonne lecture!
Véro
En plus il faut savoir que le mécanisme du RNAi ne marche pas pareil chez toutes les espèces (vs. C elegans). Chez la droso. par ex. , l'interférence ne se propage pas de celulles en celulles, et ne s"étend" pas tout le long de l'ARN cible (il semble que l'ARN pol. dépendante de l'ARN soit absente). Ceci dit, c'est plus facile pour voir si des gènes ont des fonctions "autonomes celulaires" et aussi pour étudier la fonction des différents variants d'épissage.
Chez les Mammifères non plus, il n'y a pas de phénomène d'amplification, contrairement à ce qu'on observe chez les plantes ou C.elegans.Chez la droso. par ex. , l'interférence ne se propage pas de celulles en celulles, et ne s"étend" pas tout le long de l'ARN cible (il semble que l'ARN pol. dépendante de l'ARN soit absente)
Je vois bien comment l'interférence peut s'étendre à tout l'ARNm (l'ARN pol dépendante de l'ARN), et être amplifiée au sein d'une cellule, mais comment se fait-il qu'elle se propage aussi au reste de l'organisme (chez les plantes et C.elegans)?
Je me demandais si il s'agissait d'un complexe protéique OU ribonucléique. Donc le fait qu'il s'agisse des deux en même temps (solution logique mais à laquelle je n'avais pas du tout pensé), en plus de la complexité du nom en lui même m'a bien fait rigolerMais en revanche ca répondait parfaitement à ma question, et je t'en remercie. Désolé si je t'ai vexé.
Pour l'extension du phénomène de RNAi à tout un organisme, il me semble que les ARNsi étant suffisament petits, ils peuvent sortir de la cellule d'origine et se répandre par les voies métaboliques dans le reste de l'organisme. En arrivant dans une nouvelle cellule, ils sont traités comme de l'ARN exogène double brin, et tout recommence.
Bonjour
une info complémentaire toute neuve (je l'ai entendu en cours aujourd'hui, alors c'est neuf pour moi)
Il semblerait que les siRNA seraient plutot impliqués dans des phénomènes de compaction de la chromatine, alors que les miRNA seraient eux à l'origine de la non expression d'ARNm.
Le fait qu'on pensait que les siRNA étaient impliqués dans le dégradation d'ARNm viendrait d'une mauvaise identification, d'où confusion. Ce ne serait pas étonnant vu la nouveauté du domaine et du peu de connaissances dont on dispose.
Et puis il faut dire que tout ça n'est pas très clair, y'a encore du boulot pour tout bien comprendre !
Cissou
beaucoup de choses ont été dites.
J'arrive un peu apres la bataille.
Je n'ai pas vu le mot DROSHA ecrit ici, mais j'ai peut etre mal vu.
Les miRNAs endogènes sont synthétisés dans le noyau evidemment où ils sont clivés une première fois par DROSHA (RNAse III) ceci fait ils quitte le noyau exportés par l'exportin 5 et une GTPase RAN-GTP. (ils font alors grosso modo 60 ntds de long.)
Dans le cytoplasme ils rencontrent donc DICER qui est aussi une RNAse III et sont clivé en un double brin de 22 pb
Je vous conseille la lecture de l'excellente Review à ce sujet: nature reviews molecular cell biology Vol 4 June 2003 p.457
killing the messenger: short RNAs that silence gene expression
Derek M. Dykxhoorn
relit ce qui a été dit!Bonjour
une info complémentaire toute neuve (je l'ai entendu en cours aujourd'hui, alors c'est neuf pour moi
Il semblerait que les siRNA seraient plutot impliqués dans des phénomènes de compaction de la chromatine, alors que les miRNA seraient eux à l'origine de la non expression d'ARNm.
Le fait qu'on pensait que les siRNA étaient impliqués dans le dégradation d'ARNm viendrait d'une mauvaise identification, d'où confusion. Ce ne serait pas étonnant vu la nouveauté du domaine et du peu de connaissances dont on dispose.
Et puis il faut dire que tout ça n'est pas très clair
Cissou
Et, c'est facile de démontrer que les siRNAs découpent l'ARN cible et ça le fait, l'un empêche pas l'autre.
Certe, ya encore du boulot!
IL y'a une protéine transmembranaire qui est absente chez certains organismes, par contre c'est pas sur que ce soit le siRNA tout seul qui passe la membrane (à vérifier), mais t'inquietes, il ya des gars qui ont fait des transgéniques chez la mouche (ou qu'ils le font) pour comprendre ça.
Bonjour,
Au fait, j'ai lu que chez les procaryotes, des petits ARN non traduits, régulateurs (sRNAs) pouvaient réguler la traduction en s'appariant à des ARNm (ex :OxyS lors de la réponse à un stress oxydatif).Et personnellement ca ne m'est d'aucune aide car je travaille sur les procaryotes
Quelqu'un a des infos dessus? (notamment, en comparaison avec le RNAi chez les Eucaryotes...)
En ouvrant le Genes VIII aujourd'hui, j'ai réalisé combien le domaine de l'interférence ARN est neuf : phénomène mis en évidence en 93 chez C.elegans (enfin, découvert avant chez le pétunia...), en 2001, on parlait encore de "An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in C.elegans"... et Genes, qui date de 2004 est déjà dépassé sur le sujet!
J'attends vos réponses sur les sRNAs pour relancer un peu cette discussion qui semble s'éteindre...
Véro
Oui, ca m'intéresse beaucoup si quelqu'un a des infos sur un éventuel phénomène semblable chez les procaryotes.
Annu Rev Microbiol. 2004;58:303-28. Related Articles, Links
Click here to read
The small RNA regulators of Escherichia coli: roles and mechanisms*.
Gottesman S.
Une bas (pas très à jour ni très complète) mais qui donne un aperçu de la diversité des fonctions que peuvent avoir les ncRNAs
http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/
Merci !
Plus qu'a lire tout ca
Re : miRNA (ou microARN)
Salut à tout le monde et désolée de m'incruster dans la discut, mais je suis une pauvre PCEM1 qui vient de se payer des cours de bio mol... le prof nous a balancé (c'est à peu près l'effet que ça nous a fait) les noms de RISC, RITS, Dicer, R2D2 et argonaute sans nous expliquer comment tout ça fonctionne... j'ai réussi à comprendre l'histoire du petit arn de let-7 qui se lie à celui de lin-21 et du coup empèche sa traduction, mais pour le reste je nage complètement......
est-ce que quelqu'un pourrait m'expliquer tout ça ?
je crois que la meilleure chose que tu aurais à faire est de relire ce qui c'ets dit dans ce post, y a expliqué le fonctionnement global du processus de façon assez complete. Ensuite si il te reste des questions plus precises formules les directement et je pense que tu trouveras rapidement ta reponse en reponse.
Mais les profs de p1 seraient ils devenus fous?
un pauvre etudiant bassiné avec la voie wnt en biologie du developpement hier et maintenant un autre qui se prend du RNAi!
Me semble qu'en P1 on voyait les bases de la biologie cellulaire et moléculaire?!
Pour avoir fait pas mal de médecine et de bio j'avoue que je suis tres surpris. Les notions de RNAi n'etaient pas présenté du tout en licence maitrise de biologie à strasbourg y a 2-3 ans et bon evidemment pas du tout en p1 (mais ca ca remonte à pres de dix ans maintenant, c'est moins etonnant) Nous on voyait les bases de l'embryologie et de la biologie cellulaire. Comment on peut presenter ca si on rentre dans des details aussi precis?
bin on va dire qu'avant de nous balarguer tout ça on a commencé par voir ce que c'est qu'une mitochondire et autres... mais on avait une partie de bio mol avec un cancérologue dc ç'est vite devenu (bp) + pointu...
et sinon pour revenir à mon problème, j'ai fait le tour du post mais à forcé tout finit par s'embrouiller, donc meme si je pense m'etre fait une idée je voudrais en avoir confirmation... donc bon, je vais expliquer ce ke je pense avoir compris et comme ça ce sera ptetre + simple de me corriger ?
il y formation de microARN de let-7 qui va se fixer sur l'arn de lin-21 et du coup l'inactive car :
-en temps normal RITS participe à la traduction de l'arn de lin-21 mais le miARN de let-7 vient interférer et du coup blok cette traduction
-une fois que ce complexe d'arn double brin est formé (let-7 + lin-21), il est reconnu par Dicer et/ou RiSC qui découpent le tout en petits fragments de 21 nucléotides
- et parallèlement (mais j'ai pas compris comment c induit par rapport à la formation du complexe doubl brin), R2D2 et argonaute ont un role qui permet la compaction de l'adn de lin-21, notamment en activant la méthyl histone tranférase.
=> tout ça pour que le gene lin-21 soit inactivé
euh bon, verdict ? tout est à jeter ou j'ai qdm compris qqch ?
salut , ok je suis un peu a la boure pour la discution et je sais pas si j'aurais une reponse ...
je voulai un peu comprendre la difference de RISC chez les Mi et Si RNA ... je capte aps vraiment si seul la composition du complexe difere (prot Ago....) ou si leur role sont aussi diferent......
j'ai aussi une autre question sur le mechanisme de "translational repression" des MiRNA
bref i need some help!!!!!!
ya un très bon article sur le sujet dans un La Recherche spécial génétique ; tout y est expliqué très clairement, avec de superbes schémas etc...
Bonjour!
Juste pour compléter sur la régulation transcriptionnelle via l'état chromatinien par les miRNA!! Chez les plantes, le système polIV vient d'être découvert (cf notament Cell. 2005 Mar 11;120(5):613-22 et Genes Dev. 2005 Sep 1;19(17):2030-40.) (notamment par une équipe française de Perpignan . C'est quoi en gros? c'est en faite des sous-unités d'ARN polymérase II issues d'une duplication qui auraient générée deux nouvelles polymérase IVa et IVb et qui ont pour but d'inhiber l'activité transcriptionnelle d'élément répété ou peu répété (transposon et aussi rRNA5S), et cela en modifiant l'état chromatinien (par méthylation histone)...
ca c'est un vrai exemple de l'activité des miRNA, autre que post-transcriptionnel, mais transcriptionnel.
Chez les mammifères, il me semble que des résultats récents montrent que ce "travail" serait réalisé par le domaine carboxy terminal de polII (domaine CTD)... affaire a suivre....
Voila un article qui fait le point sur les petits arn et qui est accessible gratuitement.
- Post-transcriptional small RNA pathways in plants: mechanisms and regulations
Vaucheret Genes Dev..2006; 20: 759-771 http://www.genesdev.org/cgi/content/full/20/7/759
Bonsoir,
Ayant réussi à trouver une discussion sur les miRNAs, je m'incruste.
Je recherche uen formation sur les miRNAs et je voulais savoir si par hasard, vous auriez des suggestions?
Merci+++
Bonjour, je voulais savoir comment agissent les miRNA. Sont-ils responsables de certain cancer?
