Salut,
Es-que qqn peut m'expliquer brièvement les techniques suivantes utilisées lors du phasage en cristallographie de macromolécules biologiques:
Remplacement moléculaire, dérivés d'atomes lourds (MIR) et la diffusion anormale et pourquoi dit-on que le phasage est une étape limitante (point critique)?
Please help, j'ai un exam samedi et j'ai vraiment du mal à comprendre
Salut,
Le phasage est une étape limitante car il faut créer un cristal de protéine qui contient des atomes lourds (cuivre plomb). Créer un cristal de prot peut être compliquer suivant les protéine en question alors en y intégrant des atomes volumineux la tache en est d'autant plus complexe.
Je n'ai pas bien compris le principe moi même mais en gros ces atomes servent de point de repère et permettre de trouver le phasage.
Tu vois ce que c'est la phase pour une onde?
Bonjour,
Merci de m'avoir répondu, effectivement on fixe des atomes lourds sur la protéine en suivant leur diffusion anormale, on peut utiliser à la place des métaux lourds des acides aminés modifiés notamment la sélénométhionine.
Pour le remplacement moléculaire c'est l'utilisation des phases d'un modèle d'une macromolécule similaire, d'après ce que j'ai compris on compare le réseau réciproque obtenu (image obtenue après diffraction) avec le réseau réciproque d'une macromolécule connue.
Puis on procède à la modélisation.
Cordialement
Re : Phasage
Bonjour
Tout d'abord, commençons par le début. Une onde électromagnétique à trois caractéristiques: longueur d'onde, amplitude et phase ("décalage" entre des ondes).
Pour résoudre une structure en cristallographie, il faut connaitre ces trois caractéristiques pour chacunes des ondes (taches) qui sont arrivées sur le détecteur.
Longueur d'onde : connue c'est celle selectionnée par le générateur ou le synchrotron
Amplitude : On l'obtient en mesurant l'intensité des tâches. Amplitude est fonction au carré de l'intensité (ou l'inverse je me souviens plus)
Phase : impossible à déterminer directement à partir d'un cliché de diffraction.
Il va falloir donc trouver un moyen pour déterminer la phase de chacune des ondes arrivées sur le détecteur. Pour cela il y a différentes méthodes.
Remplacement moléculaire : A l'aide d'une protéine homologue (donc on espère qu'elle a un repliement tridimensionnel similaire), on place cette protéine homologue au même endroit (tenir compte groupe espace, maille, nombres de molécules dans UA) que notre protéine d'interet. De la on peut calculer les phases théoriques et les combinées aux amplitudes expérimentales pour calculer une carte de densité électroniques.
Remplacement isomorphe. On va jouer sur la différence de diffusion entre un cristal de notre protéine seule et un cristal de protéine contenant un atome lourd (riche en électrons car les RX interagissent avec les électrons). Cette atome lourd ne doit pas modifier le cristal (paramètres de maille, groupe espace, repliement de la protéine : c'est pour cela qu'on utilise le terme "isomorphe"). A l'aide de différents jeux de données (différents atomes lourd) on peut arriver par un système de triangulation à trouver les phases de chacunes des ondes.
Diffusion anomale : Cette fois ci on va jouer sur la différence de diffusion (intensité et phase) de certaines atomes (selenium ou autres) lorsqu'on les irradies avec des RX de differentes longueurs d'ondes. La aussi par un jeu de triangulation on peu déterminer les phases de chacunes des ondes.
Bon courage pour ton exam
Fabien
Tiens voici le site de mon prof
http://maveyraud.perso.cegetel.net/
Bon courage
Fabien
Bonjour,
Merci Fabien d'avoir pris le temps de me répondre, je comprends mieux maintenant cette histoire de phasage
Ton site est très intéressant surtout que j'avais aussi un problème avec la diffraction au neutrons.
Merci encore
Cordialement
Fifi
