Docker une base de donnée (ArgusLab)

[invite41d87764]

Bonjour,

J'utilise en ce moment le logiciel ArgusLab pour faire du Docking. Le problème c'est que j'ai plusieurs dizaines de molécules à docker dans un enzyme. Plutôt que de tout faire à la main je voulais passer par le menu "Calculation -> Dock a database...".

Quand je vais dans ce menu, je dois choisir une base de donnée au format *.sdf. Or, je ne vois pas du tout comment construire un tel fichier. Lorsqu'on cherche sur le net, on tombe sur des base de donnée SQL au format SDF mais je doute que ça ai un rapport avec ma base de donnée. D'autant plus que celle utilisée par ArgusLab doit sûrement contenir des infos tridimensionnelles (style PDB).

Est-ce que vous connaissez un moyen de créer une base de donnée au format SDF contenant plusieurs dizaines de molécules avec leur conformation tridimensionnelle ?

Cordialement.
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[invite17a570c1]

Salut,

Les fichiers PDB sont des fichiers raw, donc bon... Je ne m'en suis jamais servi (pas encore eu à faire des DB), mais j'ai trouvé ça : http://3d2f.com/programs/36-496-chem...download.shtml
Hope that helps

[invite41d87764]

C'est parfait ça fonctionne très bien. Quelques soucis au début (ArgusLab ne reconnaissait pas la base de données), mais c'est réglé. J'ai gagné un temps fou avec ça !

Merci !

[invite17a570c1]

Héhé, cool Contente d'avoir pu t'aider.

Bonne continuation!

[A voir en vidéo sur Futura]