Mutation en reverse complement et heteroplasmie chloropolastique

[chrisgir]

Bonjour à tous

Je passe encore épisodiquement sur le forum même si je suis moins assidu qu'auparavant!

J'ai une petite question de génétique/séquençage dans le cadre de mes travaux de thèse

J'ai séquence une portion d'un intergène chloroplastique (psbJ-petA) et j'observe des mutations un peu particulières, et je ne trouve pas d'infos là dessus sur le net :
Voici pour deux individus (je fais de la phylogéographie), ce que j'observe

TTCCTAATCTTCTATTCGACACAAGAAAAG GGATTTTCCACCCTTTTCTTGTGTCGTCTTGTAT (1)
TTCCTAATCTTCTATTCGACACAAGAAAAGGGTGGAAAATCCCTTTTCTTGTGTCGTCTTGTAT (2)


la mutation porte sur la partie en gras ci dessus, ça correspond à ce que j'appelle mutation en reverse complement, puisque la partie en gras chez (2) est le reverse complement de (1).
Je voudrais savoir si c'est vraiment quelque chose de biologique, ou bien si c'est un artefact de séquençage. En effet, pour le cas (2), j'observe systématiquement un double pic pour ces 8 paires de bases, suggérant une hétéroplasmie (2 mutants chloroplastiques intraindividus). De plus, on se trouve à un endroit où l'ADN forme sans doute une boucle, puisque les parties soulignées sont complémentaires l'une de l'autre.
Si c'est bien quelque chose de biologique, comment l'incorporer dans ma phylogéographie?

Voilà

Merci beaucoup !

Cordialement,
C.
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[LXR]

Bonjour,

Cela ressemble à un phénomène de transposition. La séquence est peut-être instable et alterne entre une forme style hairpin et une forme double brin classique. On remarque que l'inversion de la séquence s'est précisément produite au niveau de la région la plus instable du hairpin, là où on a la boucle. On peut imaginer un clivage préférentiel de cette région et réintégration à l'envers au niveau des sites de clivage. Cet évènement d'inversion de séquence génomique est connu et peut avoir lieu sur des portions importantes de chromosomes.

Greg