Absorbance de la molécule d'ADN

[invite02e16773]

Bonjour,

Expérimentalement, on montre qu'une solution d'ADN simple brin a une absorbance plus élevé qu'une solution de même concentration d'ADN double brin, lequel a une absorbance plus faible qu'une solution de dNTP.

Quelle est l'origine de ces différences ?

Dans un bouquin, j'ai trouvé que c'est "dû à la rupture de forces d'empilement permettant aux bases d'entrer en contact avec le solvant".

J'aurais plutôt dit que la différence s'explique par le fait que les bases, aromatiques donc beaucoup plus susceptibles d'absorber un photon que le squelette phosphate-ose, sont effectivement moins accessibles aux photons dans l'ADN double brin.
Ce raisonnement ne fait intervenir ni contact avec le solvant, ni "force d'empilement".

Quelqu'un peut-il m'aider ?
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[inviteb94d8e21]

Bonjour,

Ta réponse est meilleure que l'histoire du solvant. En fait, c'est juste une question de géométrie. Dans de l'ADN double-brin, les bases sont "empilées" et ce sont bien elles qui absorbent les UV. Si un photon recontre une base et est absorbé, cet empilement fait que la base qui est juste derrière celle qui a absorbé le photon est dans "l'ombre" et ne pourra donc pas être détectée, ce qui conduit à sous-estimer la concentration réelle.

Je ne sais pas si je suis très clair...

[invite02e16773]

Bonsoir,

Merci pour votre réponse.

Si j'ai bien compris, vous me dîtes que les bases de l'ADN double brin absorbent moins de photon que dans les autres cas, car elle leur sont moins accessibles.
Il s'ensuit que le rayonnement de sortie, détecté par le spectrophotomètre, est plus élevé pour de l'ADN double brin, donc que l'absorbance est plus faible, non ?

[invite853321bf]

Pour rendre les choses peut être plus claires, on mesure les concentrations d'ADN à 260 nm.
Pour une unité d'absorbance on considère les concentrations suivantes
50 μg/ml double brin
40 μg/ml simple brin

Donc oui une solution d'ADN db "laissera passer" plus de rayonnement UV qu'une solution sb à concentration égale.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite02e16773]

Bonjour,

Donc oui une solution d'ADN db "laissera passer" plus de rayonnement UV qu'une solution sb à concentration égale.

Solution d'ADN sb : A₁ = log(I₀/I₁)
Solution d'ADN db : A₂ = log(I₀/I₂)

Si la solution d'ADN db "laisse passer plus de rayonnement UV" que la solution d'ADN sb, on a I2 > I1 donc I₀/I₂< I₀/I₁ d'où A1 < A2.

Il y a donc contradiction entre votre explication théorique et ce qui est observé. C'est pour cela qu'elle ne me convainc pas.
A moins, bien sûr que je ne fasse une grosse erreur de raisonnement quelque part

Edit : je vois que sur mon ancien message, à côté du "titre", il y a un pouce baissé. Son ajout n'était absolument pas volontaire ^^

[invite71f23525]

Non je n'y vois pas de contradiction :

50 µg/ml ADN db = 1
40 µg/ml ADN sb = 1

Cela veut donc dire, si on considère la linéarité énoncée par Beer-Lambert que :

50 µg/ml ADN db = 1
50 µg/ml ADN sb = 1.25

On remarque qu'à concentration égale la molécule d'ADN sb absorbe plus que la molécule d'ADN db.

Ton erreur de raisonnement repose sur le fait que tu as considéré les valeurs comme des absorbances alors que c'étaient des concentrations.

Greg

[invite02e16773]

Bonsoir,

Non non, j'ai bien vu qu'il s'agissait de concentrations et je suis d'accord avec ce que tu écris.

Mon erreur de raisonnement viens d'une part d'une erreur de définition de l'absorbance (dans mon premier post), et d'autre part du fait que je me suis trompé de sens dans mes inégalités, j'ai tapé < au lieu de > dans mon second message.
Désolé, et merci bien pour ces précisions.

Si tu as quelques précisions sur ces "forces d'empilement", LXR, ou une explication plus rigoureuse que "laisse passer" ou "les bases en cachent d'autres", je suis preneur (ces explications me conviennent très bien qualitativement pour comprendre le phénomène, mais je suis curieux de savoir ce qu'il en est d'un point de vu plus physicien )

[invite71f23525]

Je pense que tout à été dit. Si la molécule d'ADN a une fluorescence propre, il me semble logique aussi que sous forme double brin, une émission de fluorescence pourra être plus facilement quenchée par les bases complémentaires (encore faut-il que l'émission soit à une longueur d'onde qui peut affecter de manière significative l'absorbance). Je ne vois pas d'autre piste et celle que je propose est très fébrile.

Greg

[invite02e16773]

Merci à tous.