Kanamycine

[invite980816fe]

Je voudrais savoir si le gène de résistance à la kanamycine contenu dans le transposon Tn903 possède un terminateur de transcription, je n'arrive pas à l'identifier...Merci de m'aider
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[jmbowie]

Je voudrais savoir si le gène de résistance à la kanamycine contenu dans le transposon Tn903 possède un terminateur de transcription, je n'arrive pas à l'identifier...Merci de m'aider

Bonjour,

Pourrais-tu préciser le numéro d'accès GenBank ou le nom du vecteur sur lequel tu travailles. En effet, il existe de nombreuses séquences annotées "Tn903".
De façon générale, les terminateurs de transcription des vecteurs usuels sont Rho-dependant: il faut donc chercher, en aval de la séquence codante, une série de T et vérifier que la séquence qui la précède peut potentiellement se structurer en tige-boucle (palindrome, il y a des logiciels en ligne de prédictions de structure comme mfold qui pourront te l'indiquer)

[invite980816fe]

Le transposon Tn903 porteur de KanR se trouve sur le plasmide
pUC4K (GenBank Accession Number X06404).
J'ai tenté de trouver via le logiciel RibEx un terminateur mais pas moyen. Y-a-t'il un autre moyen ?

[invite980816fe]

Bonjour à tous,
et merci à jmbowie pour sa première réponse,
je repose mon problème:
Le transposon Tn903 porteur du gène de résistance à la Kanamycine (KanR) se trouve sur le plasmide pUC4K (GenBank Accession Number X06404).
J'ai tenté de trouver via le logiciel RibEx le terminateur transcription de KanR mais pas moyen. Quant au programme TransTerm, je n'arrive pas à l'utiliser. Y-a-t'il un autre moyen ?
Merci d'avance pour votre aide....

[A voir en vidéo sur Futura]

[Yoyo]

Salut

Si ca se trouve personne ne sait ou se situe le terminateur de transcription...surtout qu'il est fort probable qu'il soit moins efficace dans un plasmide que sur le chromosome.

YOyo

[jmbowie]

Bonjour à tous,
et merci à jmbowie pour sa première réponse,
je repose mon problème:
Le transposon Tn903 porteur du gène de résistance à la Kanamycine (KanR) se trouve sur le plasmide pUC4K (GenBank Accession Number X06404).
J'ai tenté de trouver via le logiciel RibEx le terminateur transcription de KanR mais pas moyen. Quant au programme TransTerm, je n'arrive pas à l'utiliser. Y-a-t'il un autre moyen ?
Merci d'avance pour votre aide....

Ha oui désolé j'ai regardé cela hier vite fait: en aval du gène de résistance à la kana (tel qu'il est annoté du moins, sur le brin moins), je ne vois pas de structure Tb, donc a priori pas de terminateur de transcription (ni intrinsèque, ni Rho-dpdt). Il faudrait peut être vérifier l'absence de séquence rut pour en être sûr. Bon courage

[LXR]

Fusion des discussions "terminateur de transcription" et "kanamycine".

Evites de créer plusieurs discussions pour résoudre le même problème. Si tu as plusieurs questions relatives au sujet, poses les dans le même fil cela éviteras la confusion.

LXR pour la modération