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utilisation de imageJ



  1. #1
    yatii

    Exclamation utilisation de imageJ

    bonjour,

    je suis en train de mettre au point un protocole de migration,mais avant d'utiliser des kits commerciaux, j'aimerais pouvoir mesurer la migration observée (images prises sur vidéo-microscopie) en utilisant image J.le souci c'est que je ne connais pas du tout le logiciel

    je travaille sur des NHDF qui migrent " en virgule". c'est assez difficile de mesurer la migration.


    est ce que quelqu'un peut m'aider?

    merci par avance.

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    blable

    Re : utilisation de imageJ

    Bonjour,

    combien d'images dois-tu traiter, as-tu des connaissances en programmation (saurais-tu écrire un programme qui récupère un tableau de nombres et calcule la distance de migration à partir des coordonnées des points), as-tu des connaissances en java? Pourrais-tu m'indiquer un lien ou pourrais-tu poster une image du même type que celles que tu veux analyser?
    bonne journée
    Blable

  4. #3
    yatii

    Wink Re : utilisation de imageJ

    salut,

    malheureusement je n'ai aucune compétence en programmation (java etc...) .

    j'essaye de vous envoyer le fichier zippé mais il est volumineux

    le fichiers fait 9 MB. il s'agit d'une série de photo (*.stk)
    je pourrais peut être vous le envoyer par mail.

    merci pour votre réponse.

  5. #4
    fabien.che

    Re : utilisation de imageJ

    Bonjour,

    Si la morphologie des cellules est trop complexe, peut-être qu'un marquage DAPI rendra la tâche plus facile.

    Quel type de kit commercial utilisez-vous ?

  6. #5
    yatii

    Re : utilisation de imageJ

    bonsoir,

    pour l'instant, je mets au point le protocole.
    je travaille sur une plaque 48 puits.
    en gros:
    -j'ensemmence a raison de 30000 cell/puits
    -le lendemain, je sctrach avec un cône de 20 µl, je retire le milieu et je mets du milieu sans svf et je stimules avec les produits d'intéret.
    - puis je mets la plaque sous microscope (enceinte thermostatée) qui prend des photos toutes les heures sur 72h (vidéo-microscopie)
    -je récupere les series de photo que je dois analyser.

    une fois que le protocole est au point, je passerai sur un kit commercial (tel que oris)

    a plus

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    fabien.che

    Re : utilisation de imageJ

    Vous pouvez également regarder chez ibidi pour les kits commerciaux.

    Une petite remarque, attention à ce que le temps de doublement de vos cellules soit supérieur à 72 heures, sinon on ne sait plus ce qu'on voit.

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  10. #7
    yatii

    Re : utilisation de imageJ

    salut,

    je mets de la mitomycine pendant 2 h afin de bloquer la prolifération.

  11. #8
    yatii

    Re : utilisation de imageJ

    salut,
    avez vous passé un bon week end?

    blable, je vous envoie deux photos à 0h et à 72h. il m'a fallu du temps pour comprendre qu'on pouvait dissocier les images du fichier *.stk

    a plus
    Images attachées Images attachées

  12. #9
    yatii

    Re : utilisation de imageJ

    salut,

    alors quelqu'un a une petite idée?

    merci par avance

  13. #10
    fabien.che

    Re : utilisation de imageJ

    Bonjour,

    J'avais fait le même type d'expérience en prenant des photos au microscope à contraste de phase, qui donne à peu près le même résultat que vos photos.

    Tout dépend de la façon dont vous voulez exprimer vos résultats. Si c'est en calculant un nombre de cellules, l'informaticien du labo m'a assuré qu'il ne pouvait pas exploiter ce type de photos avec ImageJ.

    Je suis donc passé sur des chambres de Boyden avec une coloration MGG, et ça marche impeccable.

    La morphologie de vos cellules étant par ailleurs, très entendue, avec des extensions cytoplasmiques qui se chevauchent, je vous conseille vivement de marquer les noyaux pour le comptage.

    Sinon, vous pouvez aussi faire une mesure de la distance entre les deux bords du tapis cellulaire, mais il semble que vos cellules recolonisent de façon non homogène (dans le sens où les deux bords ne restent pas parallèles au cours de la recolonisation), ce qui rend la tâche moins aisée.

    Je vous souhaite bien du courage pour la suite.

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