les puces à ADN

[invite8b5216dd]

bonjour tous le monde
lors de la préparation d'une puce , il est noté que les ADNc (obtenu à partir des ARNm sont marqués , un en rouge et l'autre en vert )dont on veut comparer l'expression sont mélangés et placés sur la matrice d'ADN simple brin déposée (la sonde).
ce que je ne comprend pas c'est pour les mélangés, et avoir un dégradé de couleur , pourquoi ne pas les mettre séparément c à d dans chaque puits une couleur
c'est plus facile d'interpréter les résultats comme ça !!
ou alors que je n'est rien compris
merci d'avance
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[invitedcfa2657]

Car parfois il est intéressant d'avoir dans un puits à la fois du vert et du rouge !

Imaginons (je sors ça de mon cours ^^) pour comparer les transcriptomes d'une cellule normale et cancéreuse:

Transcriptome : ensemble des ARNm
Les 2 ARNm à tester sont rétrotranscrits en présence de dNTP marqués par des fluorochromes différents:
- l'ARNm 1 provenant d’une cellule saine est rétrotranscrit en un ADNc vert (fluorochrome cy3).
- l'ARNm 2 provenant d’une cellule cancéreuse est rétrotranscrit en un ADNc rouge (fluorochrome cy5).

L’ADN complémentaire est une copie conforme en langage ADN de l’ARNm.

On mélange les deux types d'ADNc dans des proportions égales et on les dispose dans chaque puits du microarray. Ils s'hybrident alors (ou pas) avec les oligonucléotides du puits, lui donnant une couleur allant du rouge au vert qui sera représentative des fragments hybridés.

Par exemple, pour un transcriptome sain et un transcriptome cancéreux:

a) Le puits prend une couleur jaunâtre tirant soit vers le rouge, soit vers le vert. L'ARNm du puits est exprimé dans la cellule saine comme dans la cellule cancéreuse, mais dans des proportions différentes selon la couleur vers laquelle tire le jaune.
b) Le puits est vert. L'ARNm n'est exprimé que dans les cellules saines. Le gène correspondant est donc inhibé (voir absent car il n’est pas apparu par mutation) dans la cellule cancéreuse.
c) Le puits est rouge. L'ARNm n'est exprimé que dans les cellules cancéreuses. Le gène correspondant y est donc activé (alors qu'il était inhibé dans la cellule saine, voir absent si il n’y a pas eu mutation).
d) Le puits est noir. L'ARNm n'est exprimé dans aucun des deux types cellulaires.

On peut avoir un intérêt particulier à détecter des puits hybrides, pour une raison X ou Y (que je ne saurai vous donner là spontanément ^^). Donc tout dépend de ce qu'on souhaite étudier: oui, dans certains cas ça serait mieux d'avoir rouge ou vert et pas d'intermédiaire, mais bon ^^ Puis c'est une chose fréquente d'avoir des éléments du transcriptome commun entre une cellule normale et cancéreuse (au final, il reste toujours des similitudes malgré tout ^^)

En espérant pas avoir dit de bêtises

[invite8b5216dd]

bonsoir
merci beaucoup pour votre réponse , si j'ai bien compris il est possible de mettre les transciptomes séparément , mais serait il ppossible de savoir dans quel cas par exemple
encore merci

[invitedcfa2657]

Là je ne sais pas ^^ On a vu tout uniquement dans le contexte où les deux transcriptomes sont tous les deux mis en place dans les puits :s

Je ne sais personnellement pas si c'est possible, même si je pense que oui, mais faire avec les deux qui peuvent se mélanger est plus simple au final à mettre en place ?

[A voir en vidéo sur Futura]