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Retrovirus endogenes et creationnistes



  1. #1
    pokerfesse

    Retrovirus endogenes et creationnistes


    ------

    Bonjour,

    Ci dessous un article trouvé sur un site créationniste, la source semble être "bioinformatic".

    Que pensez-vous de ces arguments qui prétendent remettre en cause l'évolution des espèces et surtout comment répondre à ceux qui brandissent ces arguments?

    We report the existence of 51,197 ERV-derived promoter sequences that initiate transcription within the human genome, including 1,743 cases where transcription is initiated from ERV sequences that are located in gene proximal promoter or 5’ untranslated regions (UTRs).

    And,‘Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters; transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.’
    So we’re not just talking about a small scale phenomenon. These ERVs aid transcription in over one fifth of the human genome! ‘These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.’ This again debunks the idea that 98% of the human genome is junk, and it makes the inserted evolutionary spin look like a tacked-on nod to the evolutionary establishment. These results support the conclusions of the ENCODE project, which found that at least 93% of DNA was transcribed into RNA.

    Evolutionists have used shared mistakes in ‘junk DNA’ as ‘proof’ that humans and chimps have a common ancestor. However, if the similar sequences are functional, which they are progressively proving to be, their argument evaporates.

    It seems that evolutionist Dr John Mattick, director of the Institute for Molecular Bioscience at the University of Queensland, Brisbane, Australia, was spot on in his assessment of the gravity of the ‘junk DNA’ error:

    ‘The failure to recognize the full implications of this—particularly the possibility that the intervening noncoding sequences may be transmitting parallel information … may well go down as one of the biggest mistakes in the history of molecular biology.’

    Both biblical creationists7 and ID proponents predicted that transposable elements, such as ‘endogenous retroviruses’, would have a function. In 2000, creationist molecular biologist Linda Walkup proposed that God could have created transposable elements to facilitate variation (adaptation) within biblical kinds.

    If the ‘junk DNA’ is not junk, then it puts a big spanner in the work of molecular taxonomists, who assumed that ‘junk DNA’ was free to mutate at random, unconstrained by the requirements of functionality. As Williams points out: ‘The molecular taxonomists, who have been drawing up evolutionary histories (“phylogenies”) for nearly every kind of life, are going to have to undo all their years of “junk DNA”-based historical reconstructions and wait for the full implications to emerge before they try again.’

    J'ai laissé la version originale pour plus de clarté, merci de vos réponses

    -----

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  3. #2
    chamouulox

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Difficile de répondre de manière organisée, ma réponse est en bordel, désolé,

    En premier j'aurais tendance a dire que l'insertion de ces virus endogènes font partie des erreurs qui rendent compte de l'évolution du génome.

    D'autant qu'il est a peu près établi que ces virus endogènes dérivent d'un virus au fonctionnement plus normal, cf le virus en cours d'endogénisation chez le Koala (1er argument).

    Conceptuellement ca donne plutot l'idée que la cellule s'est adaptée à une situation qu'autre chose..

    Après, on sait très bien que la phylogénie et la bio informatique associée a cette branche manque de robustesse, et que de toute façon rien ne permet de prouver les résultats obtenus à part la fabrication d'une machine a remonter le temps.. C'est un peu la dessus que joue l'article.

    Accessoirement, aujourd'hui la phylogénétique est beaucoup faite sur des séquences codantes et donc pas sur de l'ADN poubelle, cf le chronomètre moléculaire qu'est le 16s ribosomique bactérien (2eme argument).

    Cham,

  4. #3
    vpharmaco

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Citation Envoyé par pokerfesse Voir le message
    Ci dessous un article trouvé sur un site créationniste, la source semble être "bioinformatic".
    Non, la source est Journal of creation, 22 (3) 2008. L'article est de Shaun Doyle, editeur et reviewer de .... Journal of creation
    Merci de ne pas meler a cela Bioinformatics, une honorable revue publiee par Oxford Journals.

  5. #4
    pokerfesse

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Ok merci pour les précisions sur la source et la réponse de chamouulox. Si je comprend bien, le fait qu'une grande partie des gènes soient inutiles reste vrai? Il y a-t-il des études sérieuses sur le même sujet pouvant compléter ou infirmer cet article?

    Donc ce passage est un pur mensonge ?
    And,‘Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters; transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.’
    So we’re not just talking about a small scale phenomenon. These ERVs aid transcription in over one fifth of the human genome! ‘These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.’ This again debunks the idea that 98% of the human genome is junk, and it makes the inserted evolutionary spin look like a tacked-on nod to the evolutionary establishment.

    Précision : à force d'exposer sur votre forum des arguments créationnistes, j'ai parfois été accusé de l'être et de chercher à faire de la propagande sur le forum.... soyons clairs : je suis un évolutionniste convaincu mais je cherche juste des arguments à répondre à ceux qui me proposent cet article lors d'une discussion.
    N'étant pas spécialiste de l'ADN, je pose mes questions ici.

  6. #5
    shmikkki

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Personnellement je ne comprend pas pourquoi cette phrase met à mal la théorie de l'évolution ...
    "This again debunks the idea that 98% of the human genome is junk, and it makes the inserted evolutionary spin look like a tacked-on nod to the evolutionary establishment."
    Tu pourrais simplement répondre à ceux qui mettent en cause la théorie de l'évolution d'argumenter pourquoi et comment ça met à mal la théorie .... Il y a de grande chances qu'en creusant un peu tu te rende compte qu'en fait ils l'ont mal comprise (c'est le cas de la majorité des créationnistes ou "pro-intelligent design").

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Cendres

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Citation Envoyé par pokerfesse Voir le message
    Précision : à force d'exposer sur votre forum des arguments créationnistes
    Parce que tu l'as déjà fait auparavant?

    Pourtant tu n'as que deux messages au compteur...
    N'a de convictions que celui qui n'a rien approfondi (Cioran)

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  10. #7
    pokerfesse

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Oui, c'est un peu ce que je cherchais à comprendre... le fait que des rve soient plus actifs qu'on ne le pensait n'est pas un argument contre l'évolution.

    Merci pour vos réflexions à ce sujet.

  11. #8
    kamor

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Je m'intéresserai déjà à l'ADN disons du chimpanzé. Si une proportion équivalente de rétrovirus est retrouvée, ça serait plutôt une preuve d'évolution. Ou du moins ça prouve que ce phénomène n'est pas une preuve contre l'évolution (et j'ai vraiment du mal à y voir un argument)
    Si la présence en masse de rétrovirus est spécifique de l'être humain, pourquoi pas. Si on retrouve cela chez un autre mammifère, c'est "juste" un phénomène qui reste à expliquer.

    Le fait qu'on se trompe sur la fonction possible d'une partie de l'ADN est juste une preuve qu'on peut se tromper. Il y a 10 ans, on pensait qu'on avait 100 000 gènes. Une petite erreur... Pourquoi pas une de plus ?

  12. #9
    Svenn

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Citation Envoyé par pokerfesse Voir le message
    Ok merci pour les précisions sur la source et la réponse de chamouulox. Si je comprend bien, le fait qu'une grande partie des gènes soient inutiles reste vrai?
    Ca fait longtemps qu'on sait que le "junk DNA" porte mal son nom et que les séquences non traduites peuvent avoir des fonctions variées.

    Certaines de ces séquences nous sont sans doute inutiles voire peut-être nuisibles. Ce n'est pas en contradiction avec les théories de l'évolution, il suffit juste qu'elles soient utiles à elles-mêmes. Un élément transposable, c'est un bout d'ADN capable d'aller se répliquer et de s'insérer en différents points du génome de façon autonome. S'il se reproduit suffisamment efficacement et que notre organisme est incapable de le controler, on observera une prolifération de ces séquences même si elles ne nous servent à rien.


    Il y a-t-il des études sérieuses sur le même sujet pouvant compléter ou infirmer cet article?

    Donc ce passage est un pur mensonge ?
    And,‘Our analysis revealed that retroviral sequences in the human genome encode tens-of-thousands of active promoters; transcribed ERV sequences correspond to 1.16% of the human genome sequence and PET tags that capture transcripts initiated from ERVs cover 22.4% of the genome.’
    So we’re not just talking about a small scale phenomenon. These ERVs aid transcription in over one fifth of the human genome! ‘These data illustrate the potential of retroviral sequences to regulate human transcription on a large scale consistent with a substantial effect of ERVs on the function and evolution of the human genome.’ This again debunks the idea that 98% of the human genome is junk, and it makes the inserted evolutionary spin look like a tacked-on nod to the evolutionary establishment.
    Le fait que les transposons et notamment les rétrotransposons soient fortement transcrits est tout à fait correct. Dire que l'ADN poubelle porte mal son nom, c'est enfoncer des portes ouvertes et même en 2008, je pense que n'importe quel biologiste était au courant. La dernière phrase est complètement idiote.

  13. #10
    Svenn

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Citation Envoyé par kamor Voir le message
    Je m'intéresserai déjà à l'ADN disons du chimpanzé. Si une proportion équivalente de rétrovirus est retrouvée, ça serait plutôt une preuve d'évolution. Ou du moins ça prouve que ce phénomène n'est pas une preuve contre l'évolution (et j'ai vraiment du mal à y voir un argument)
    Si la présence en masse de rétrovirus est spécifique de l'être humain, pourquoi pas. Si on retrouve cela chez un autre mammifère, c'est "juste" un phénomène qui reste à expliquer.

    Le fait qu'on se trompe sur la fonction possible d'une partie de l'ADN est juste une preuve qu'on peut se tromper. Il y a 10 ans, on pensait qu'on avait 100 000 gènes. Une petite erreur... Pourquoi pas une de plus ?
    Il y a des tonnes de rétrovirus endogènes chez la plupart des vertébrés, chez les insectes et sans doute bien au-delà. Certains ont même eu des rôles majeurs dans notre lignée : la syncitine, une protéine de rétrovirus endogène est ainsi nécessaire à la formation du placenta chez les mammifères et l'acquisition de ce gène par un de nos lointains ancêtres marque d'une certaine façon le point de départ des mammifères placentaires (et peut-être des marsupiaux, j'ai un doute).

  14. #11
    pokerfesse

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    très intéressant (pour le novice en biologie que je suis) je crois comprendre que parfois la vie utilise une "anomalie" provoquée par une infection et en profite pour rebondir et, par exemple, inventer le placenta par évolution en exploitant cette nouveauté (syncitine)... j'ai bien pigé?

  15. #12
    noir_ecaille

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Presque mais pas encore. Les virus ne sont pas une anomalie. Ils évoluent par eux-même aussi

    On pourrait plutôt parler "d'accident" ayant eu un impact secondaire moins défavorable que prévu -- cependant l'adaptation des premières mères à leurs foetus parasitaires qui leur "suçaient" le sang n'a pas dû être une partie de plaisir dans les premières générations au moins. Les lignées touchées se sont simplement adaptées à ce nouveau phénomène et inversement. Cela a débouché sur le placenta tel que nous le connaissons actuellement.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

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  17. #13
    pokerfesse

    Re : Retrovirus endogenes et creationnistes

    Oui, je disais une anomalie induite par un virus... certains font des cancers, on peut philosopher longtemps sur le fait d'appeler ce cancer une anomalie ou non... d'où les guillemets.

    Merci toutefois pour les précisions apportées.

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