Analyse d'un transcriptome

[invite4ff9937a]

Bonjour,

J'ai réalisé au labo un transcriptome sur différentes populations de cellules B.
La plate-forme m'a fournit des listes de gènes plus ou moins exprimé entre les différentes population comparé à l'analyse.

Ex: l'expression de ces X gènes diffère (en sur ou en sous expression) entre la population de cellule A et la population de cellule B.

Jusque la ok.

Maintenant j'aimerai savoir si certaines voie de signalisations sont sur-représenté dans ces gènes? si des fonctions biologiques sont associé à ces gènes (respiration, apoptose, division cellulaire etc...), si une certaine classe de gène est sur représenté comme les facteurs de transcription par exemple...

Ma question est: quelqu'un connait t-il des logiciels d'analyses de micro-array gratuit ou payant ou des sites qui permettent de faire sa. Ou d'autres moyens permettant d'arriver au même résultat.

Merci d'avance pour votre aide

cordialement
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[invite71f23525]

As-tu regardé les logiciels disponibles dans les banques de données bioinformatiques comme celle de l'EMBL, NCBI, Pasteur, EBI et autres?

[invite4ff9937a]

Non, je ne savais même pas qu'ils proposaient de tel outils.

A vrai dire on est complétement novice au labo sur l'analyse de tels données et la plateforme bioinfo est elle a l'ouest complet !

Merci je vais regarder cela en tout cas. Merci

D'autres suggestions?

Merci d'avance

[invite71f23525]

Quelques outils qui pourraient t'aider : http://www.molbiol-tools.ca/Transcriptome.htm

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite71f23525]

Je viens de tomber par hasard sur un travail qui a utilisé ce logiciel d'analyse de données type "high throughput" : http://www.bioprofiling.de/. Je ne sais pas ce qu'il vaut mais j'ai bien aimé la façon dont les résultats sont présentés. Il y a une catégorisation des gènes par pathway c'est pas mal (mais je ne sais pas comment on l'obtient..).

[invite02e16773]

Salut,

Moi j'aime bien DAVID : http://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp
Ca se base sur diverses bdd, ça marche dans plusieurs espèces, c'es assez simple d'utilisation.
Il suffit de rentrer les gene symbols de tes gènes (via copier coller ou importer le fichier), ça marche aussi avec les refseq et pas mal d'autres formats, je crois qu'il te demande juste de spécifier ensuite ce que tu lui as donné.
Fais attention à bien cocher la bonne espèce.

Sinon, comme logiciel payant, dans mon ancien institut ils utilisaient ingenuity.

Mais il y en a des tas d'autres ...

Par contre, le risque c'est de tomber sur des trucs hyper, hyper généraux ... Et au final de n'avoir aucune info... Donc tu peux essayer plusieurs fois avec des listes de gènes plus ou moins longues (en te basant sur le différentiel d'expression, sur les p-value, ou autres critères que t'aura donné ta plateforme)...
Ou même de regarder "à l'oeil" les gènes (en commençant peut-être par les plus différentiellement exprimés ?), et voir si tu peux tomber sur un candidat intéressant.

[inviteac276b84]

merci pour ces infos !