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Analyse d'un transcriptome




  1. #1
    descmarc

    Analyse d'un transcriptome

    Bonjour,

    J'ai réalisé au labo un transcriptome sur différentes populations de cellules B.
    La plate-forme m'a fournit des listes de gènes plus ou moins exprimé entre les différentes population comparé à l'analyse.

    Ex: l'expression de ces X gènes diffère (en sur ou en sous expression) entre la population de cellule A et la population de cellule B.

    Jusque la ok.

    Maintenant j'aimerai savoir si certaines voie de signalisations sont sur-représenté dans ces gènes? si des fonctions biologiques sont associé à ces gènes (respiration, apoptose, division cellulaire etc...), si une certaine classe de gène est sur représenté comme les facteurs de transcription par exemple...

    Ma question est: quelqu'un connait t-il des logiciels d'analyses de micro-array gratuit ou payant ou des sites qui permettent de faire sa. Ou d'autres moyens permettant d'arriver au même résultat.

    Merci d'avance pour votre aide

    cordialement

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    LXR

    Re : Analyse d'un transcriptome

    As-tu regardé les logiciels disponibles dans les banques de données bioinformatiques comme celle de l'EMBL, NCBI, Pasteur, EBI et autres?
    Never give up.

  4. #3
    descmarc

    Re : Analyse d'un transcriptome

    Non, je ne savais même pas qu'ils proposaient de tel outils.

    A vrai dire on est complétement novice au labo sur l'analyse de tels données et la plateforme bioinfo est elle a l'ouest complet !

    Merci je vais regarder cela en tout cas. Merci

    D'autres suggestions?

    Merci d'avance


  5. #4
    LXR

    Re : Analyse d'un transcriptome

    Quelques outils qui pourraient t'aider : http://www.molbiol-tools.ca/Transcriptome.htm
    Never give up.

  6. #5
    LXR

    Re : Analyse d'un transcriptome

    Je viens de tomber par hasard sur un travail qui a utilisé ce logiciel d'analyse de données type "high throughput" : http://www.bioprofiling.de/. Je ne sais pas ce qu'il vaut mais j'ai bien aimé la façon dont les résultats sont présentés. Il y a une catégorisation des gènes par pathway c'est pas mal (mais je ne sais pas comment on l'obtient..).
    Never give up.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Guillaume69

    Re : Analyse d'un transcriptome

    Salut,

    Moi j'aime bien DAVID : http://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp
    Ca se base sur diverses bdd, ça marche dans plusieurs espèces, c'es assez simple d'utilisation.
    Il suffit de rentrer les gene symbols de tes gènes (via copier coller ou importer le fichier), ça marche aussi avec les refseq et pas mal d'autres formats, je crois qu'il te demande juste de spécifier ensuite ce que tu lui as donné.
    Fais attention à bien cocher la bonne espèce.

    Sinon, comme logiciel payant, dans mon ancien institut ils utilisaient ingenuity.

    Mais il y en a des tas d'autres ...

    Par contre, le risque c'est de tomber sur des trucs hyper, hyper généraux ... Et au final de n'avoir aucune info... Donc tu peux essayer plusieurs fois avec des listes de gènes plus ou moins longues (en te basant sur le différentiel d'expression, sur les p-value, ou autres critères que t'aura donné ta plateforme)...
    Ou même de regarder "à l'oeil" les gènes (en commençant peut-être par les plus différentiellement exprimés ?), et voir si tu peux tomber sur un candidat intéressant.
    Dernière modification par Guillaume69 ; 05/10/2012 à 20h27.

  9. #7
    startenpion

    Re : Analyse d'un transcriptome

    merci pour ces infos !

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