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les problèmes du séquençage



  1. #1
    waymouch

    Question les problèmes du séquençage

    Bonjour à tous,
    s'il vous plait, je me demande si quelqu'un pourrait m'aider.j'ai fait le séquençage d'un clone contenant de l'ADN ayant la taille de 1100pb avec les amorces T7 et SP6 mais le résultat a montré une région de très bonne qualité sur les 250 premiers nucléotides alors que le reste est contaminé et on observe un bourrage de pics.Notons que la séquence stoppe après 700 nucléotides.Comment pourrais-je interpréter ce résultat ? merci d'avance

    -----


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  3. #2
    franckeeuuhh

    Re : les problèmes du séquençage

    bonsoir,

    Je pense qu'il n'ait malheureusement pas possible d'interpréter quoique se soit de ce genre de résultat de séquençage.
    Envoyer de nouveau les échantillons me parait être la meilleure idée

  4. #3
    Svenn

    Re : les problèmes du séquençage

    Si la séquence est bonne au début puis que subitement en l'espace de quelques bases tout devient mauvais, il faut que tu sois sur que ton ADN à séquencer est homogène et que tu n'as pas un mélange de populations.

    Si la séquence est de mauvaise qualité dès le début, c'est probablement un problème d'ADN mal purifié, dans ce cas il suffit de repurifier et de reséquencer.

     Cliquez pour afficher

  5. #4
    waymouch

    Re : les problèmes du séquençage

    Bonsoir franckeeuuhh je vous remercie de votre réponse c'est ce que je ferai je pense

  6. #5
    waymouch

    Question Re : les problèmes du séquençage

    Bonsoir Svenn,
    je vous remercie de vos conseils et surtout pour la petite remarque concernant les stagiaires
    mais s'il vous plait ,s'il y a des populations autres que ma séquence d’intérêt ,avez vous une idée concernant ce qui se passe au cours du séquençage?
    en d'autres termes,les fragments de différentes tailles obtenues suite a l'incorporation des ddNTP ,normalement ils seraient issus de toutes les populations d'ADN présentes et donc pourquoi on ne trouve pas de contamination des le départ ? c'est a dire n'y a t'il pas de fragments contaminants de petites tailles ?
    encore merci.

  7. A voir en vidéo sur Futura

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