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Expression de gènes



  1. #1
    mr-pims

    Expression de gènes

    Bonjour à tous,

    Avant toutes choses je m'excuse d'avance si je n'ai pas posté dans la bonne rubrique je ne savais pas laquelle était la plus adaptée.

    Je suis à la recherche de documentation concernant la post-génomique et plus particulièrement le lien entre le séquençage et la recherche de la fonction des gènes et des séquences régulatrices. J'ai cherché un peu sur internet et vu que je suis pas une pointure dans le domaine j'avoue être complètement largué (c'est difficile de trouver des rapports de recherches et une fois que c'est fait d'en appréhender le contenu extrait de son contexte). Précisément, j'aimerai savoir où on en est au niveau de l'identification des gènes et de leurs fonctions et si on a découvert la manière dont sont exprimés ces gènes dans le corps (par exemple je prends un gène, je regarde dans quelles cellules il est transcrit puis traduit eh bien est ce qu'on sait les facteurs qui font que le gène s'exprime davantage à cet endroit du corps etc ?)

    Voilà merci d'avance d'avoir lu mon message et pour vos réponses;

    -----

    Dernière modification par mr-pims ; 11/11/2014 à 13h12.

  2. Publicité
  3. #2
    biseibutsu

    Re : Expression de gènes

    Bonjour,

    La question : où on en est? est très vaste...
    Le génome humain a été complétement séquencé, et en 2004, la séquence ADN des 3.1 milliards de paire de base était en ligne.
    http://www.nature.com/scitable/conte...he-human-13698
    Un autre papier plus récent détaille un peu plus la procédure et l'analyse : http://www.nature.com/scitable/topic...-the-human-828

    Avec les nouvelles technologies de séquencage, il devient de plus en plus rapide de "lire" le génome complet d'un organisme (et surtout de moins en moins chere).

    Mais ce n'est pas parcque l'on connait le code génétique que l'on arrive à le comprendre. Identifier un gène et son promoteur au niveau informatique signifie qu'ensuite, il faut vérifier son expression (et comme vous le dites, ce gène peut n'être exprimé que dans certains tissus ou stade de développement, par exemple). Et vu le nombre de ORF (gène candidat, la traduction est Open Reading Frame) que l'on dénombre pour le moment (environ 20-25000) il y a du travail. En plus, il faut ajouter toutes les différentes séquences pour les ARN (r, si, sc...). La page wiki fait un compte assez précis
    http://en.wikipedia.org/wiki/Human_genome
    Enfin, le système d'épissage des ARN messager permet de faire augmenter énormément le nombre de protéines différentes ainsi que leur fonction. Sans compter les modifications post-transcriptionnelles... Heureusement, tous les gènes ne sont pas exprimés en même temps dans la cellule, seul une petite partie. Il est estimé qu'il y a au moins 10000 protéines différentes dans une seule cellule (cellule type comme un hépatocyte) pour un total de 8000000 de protéines (pour une cellule, toujours)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21473/

    Bref, cela donne une idée de la complexité de la machine. Rajoutons à cela des gènes plus "exotiques", c'est à dire qui ne présente pas une ORF classique...

    Mais il existe bien sur des databases qui regroupent ce genre d'information.
    L'un de ceux que j'utilise est GeneCards : http://www.genecards.org/
    Ce site regroupe les informations de tout un tas d'autres databases, et permet de visualiser fonctions, localisations intrqcellulqire, domaines de la protéine, les différents transcripts, son expression dans différents types cellulaires et présente bien sur toutes les sources.
    微生物

  4. #3
    mr-pims

    Re : Expression de gènes

    Bonsoir !

    Merci beaucoup pour votre réponse en plus elle est très complète c'est vraiment gentil ! Je vais pouvoir essayer d'en savoir un peu plus comme ça
    Répondez pas si c'est indiscret mais vous avez attisé ma curiosité; je me demandais quel usage vous faisiez de la database ? ^^

  5. #4
    biseibutsu

    Re : Expression de gènes

    Bonne question...

    Moi même, je ne sais pas trop

    Plus sérieusement, il m'arrive de devoir identifier des protéines suite à des analyses. Si je me contrefiche du niveau ADN et ARN, la structure de la protéine, ses interactions probables et sa fonction m'intéressent beaucoup plus. Je n'utilise donc pas tout les jours cette database. Mais vu qu'elle est toujours utile...
    微生物

  6. #5
    mr-pims

    Re : Expression de gènes

    Je vois d'accord merci beaucoup en tous cas !

  7. A voir en vidéo sur Futura

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