Quel est le principe de la SNP-array?

[invite82acfce6]

Bonjour,

Question simple pour une fois : j'ai du mal à comprendre le principe de fonctionnement de la SNP-array, particulièrement sa façon de nous renseigner sur les CNV..Contrairement à la CGH-array, il n'y a pas d'hybridation compétitive..à ce que j'ai compris, les valeurs d'intensité sont comparées à un "pool"... Pourtant, il me semble que toutes les expériences d'hybridation sur puces à ADN sont réalisées à saturation, alors je ne comprends pas du tout comment on peut avoir différentes valeurs d'intensité, qu'il y ai perte ou gain de matériel génétique...

J'ai également quelques questions sur la structure des puces, concernant la détection des SNP, mais si déjà quelqu'un pouvait m'éclairer un peu là-dessus..Ce serait gentil..

Merci d'avance
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[invite82acfce6]

modif annulée

[invite82acfce6]

J'ai trouvé ceci :

A scanner is used to measure the fluorescence intensity of hybridized A and B probes for each SNP on the array: these data are referred as the raw intensities of the A and B alleles (RA and RB respectively). SNP genotypes are determined by comparing A and B intensities: a genotype of A/A is called when A fluorescence intensity is strong and B allele intensity is low; B/B is called when B fluorescence intensity is strong and A allele intensity is low; and A/B is called if the two intensities are similar and of an intermediate level of intensity (e.g. Figure 1a). The following two derived measures are informative about the copy number status.

1. The log R ratio (LRR) is the log2-transformed value of the normalized intensity of the SNP, (RA + RB)/Rexpected, where Rexpected is an interpolation generated by GenomeStudio (http://www.illumina.com/documents/products/technotes/ technote_cnv_algorithms.pdf). LRR indicates the relative abundance of the genomic DNA around the SNP and is expected to correlate with copy number status.

2. The B allele frequency (BAF) of a SNP reflects the relative abundance of B allele intensity; it is an adjusted value generated by GenomeStudio, assuming three canonical clusters (A/A: 0.0, A/B: 0.5, B/B: 1). Please refer to the Illumina technical note on algorithms for detecting CNVs (http://www.illumina.com/ documents/products/technotes/technote_cnv_algorithms.pdf) for the precise definition. Normally BAF is close to 0, 0.5, or 1 for autosomal loci, and one expects to observe BAF close to 0 and 1 but not 0.5 for SNPs in single deletions (copy number=1). Similarly, one expects BAFs for SNPs in single duplications (copy number=3) to be around 0, 0.33, 0.67, or 1. In more recent products, Illumina and Affymetrix have introduced CNV-specific probes. These probes do not have distinct alleles and only return intensity information. Therefore LRR is available but BAF is not available for these probes.

De ce que je comprends, le simple ratio RA/RB peut nous permettre de dire "combien de fois en plus" est présent mon allèle A par exemple, sans pour autant nous renseigner sur le nombre exact de copies..C'est donc à ce que nous sert le ratio (RA+RB)/R expected ?

Concernant les BAF, c'est là que j'ai un peu de mal à comprendre la structure de la puce. En fait, elle ne présente pas seulement une zone d'hybridation pour A et une pour B, mais différentes zones associées chacune à un génotype?

Merci encore, j'espère vraiment trouver quelqu'un maitrisant bien ces technologies, j'ai déjà étudié un tas de publications sur les puces à SNP, mais toutes semblent fournir des explications différentes, j'ai vraiment besoin d'en discuter avec quelqu'un..

[invite82acfce6]

Jusque ici, tout ce que je trouve se résume à l'utilisation d'algorithmes et d'une base de données référençant les intensités émises chez des sujets sains..mais encore une fois, puisque ces expériences sont réalisées à saturation, je ne comprends toujours pas comment on peut avoir des intensités différentes, que l'on est 1, 2 ou 3 copies d'une même séquence..

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite82acfce6]

J'ajoute également que, apparemment, les puces de Agilent combinent SNP-array et CGH-array, donc aucun problème pour comprendre le fonctionnement de ces puces.. Ce sont celles de Affymetrix qui m'intriguent..