Bonjour,

Je suis un étudiant en L3 et j'aimerais avoir votre aide pour un exercice. En regardant les annales de partiel en microbiologie, je me suis rendu compte qu'un type de question revenait fréquemment. Malheureusement je la comprend pas trop.

On veut étudier le(s) mécanisme(s) de differentiation chez la bacterie Streptomyces luminyaea gram(-) dont le génome n'a pas été séquencé. Le maitre de stage nous propose de commencer ce projet en cherchant si un homologue du gene bldA de streptocyces coelicolor n'existerait pas chez notre bacterie.

Est ce une bonne approche ? Justifier
Quel demarche alternative pouvez vous proposer afin d'identifier des régulateurs clés de la différentiation chez cette bacterie ?


Personnellement cette approche m'a l'air bonne. A ceci près que son génome n'a pas été séquencé, et donc qui faudrait le faire avant tout pour ensuite faire une analyse bioinformatique. Mais bon je suppose que si il precise que sont génome n'a pas été séquencé, c'est pour justement nous faire dire qu'on peut pas faire une recherche d'homologue. Malgré tout les sequencages de genome bacterient c'est rapide et pas très chère.

Bon alors vient une autre question, existe-t-il d'autre méthode de faire une recherche d'homologie que par une méthode bio informatique ? Et si oui, quant le "maitre de stage" suggere une recherche d'homologue, il parle bien d'analyse bioinformatique non ? Un test de complementation croisé mais en evidence une homologie ?

Comme démarche alternative on pourrait faire une perte de fonction par mutagenèse aléatoire. Mais comment ensuite savoir quel est le gène qui a été touché ? En transfectant avec un plasmide contenant bldA de la bacterie connu ? Mais si c'est une bonne méthode, ne fallait il pas mettre cette reponse a la question 1 ? En effet on mise sur une homologie en faisant ca ... Ou bien on fait des mutations avec un P-element pour localisé par Pcr "ouvert". Ou bien on utilise

Bref j'ai beaucoup de question et pas beaucoup de réponse, ça serait cool si vous pouviez me remettre les idées en ordre. Il me semble pas avoir vu ca en cours.

Merci d'avance