Bioinformatique : Mothur

[invite5741e05b]

Bonjour à tous,

Je ne sais pas si je pose ma question dans le bon groupe mais je ne savais pas ou la publiée ailleurs.
On a vu une matière en cours et je ne comprends pas car je n'étais pas en cours et les notes que j'ai ne sont pas assez claires.
LE but du cours était de trouver la diversité bactérienne d'un échantillon à partir du sequencage illumina en amplifiant l'ARNr 16S des bactéries.
Deja je me demande si les amorces sont toutes les mêmes sachant que l'ARNr16S est différentes pour toutes les bactéries.
Ensuite apres avoir obtenu nos diffénrents ARNr16S il parle de traiter toutes ces données avec la méthode Mothur ? et c'est là le gros problème car il nous a mis les différentes étapes (O:demultiplexing, 1: fusionner les 2 sequences etc) en une phrase mais je n'arrive pas a comprendre.
Quelqu'un a t il un lien un document quelque chose pour que je puisse comprendre ???

Merciii d'avance
Bonne fin de journée
-----

[invite9dc7b526]

En fait on amplifie un morceau du 16S très variable, de façon à discriminer les différentes espèces de bactéries, mais qui est bordé par des séquences au contraire très conservées, sur lesquelles s'accrochent les primers, lesquels sont quand-même dégénérés, mais pas tant que ça.

pour mothur il y a une documentation en ligne et un forum, tu devrais trouver les réponses à tes questions.