si rna

[PACESLIFE]

Bonjour,
A quoi servent les si rna en temps que controle dans les western blot ? A s'assuré qu'on travail bien dans une meme espèce ?
Merci
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[Tibosax]

Bonjour,

tout va dépendre de l'expérience en fait. Un même contrôle peut avoir plusieurs rôles selon la question qui est posée. Mais pour un Western Blot où il n'y aurait que deux conditions (Mock et siRNA), il y a plusieurs cas de figure. Soit on veut tester l'efficacité du siRNA, et le Mock est le contrôle, soit on veut vérifier la spécificité de l'anticorps primaire utilisé, et dans ce cas c'est le siRNA fait office de contrôle.

Un peu bizarre comme question cela dit, je crois pas avoir déjà vu ce cas de figure dans un papier. C'est pas forcément idiot comme contrôle, mais en général on s'emmerde pas à faire un siRNA pour valider l'anticorps, on fait confiance au fournisseur.

[PACESLIFE]

Je vous donne cet exemple du concours de l'année passé, ne prennez pas en compte les réponses que j'ai entouré mais je voulais juste comprendre à quoi servent justement les si-RNA et mi RNa ou meme shRNA en temps que controle. Pour vous, ca serait uniquement pour vérifier la spécificité de l'anticorps primaires ? c'est à dire que les si-RNA servirait juste à vérifier si l'anticorps primaire ne s'est pas trompé et s'est bien fixé à la bonne protéine ?


IMG-0829.jpg

Je n'arrive pas a faire pivoter la photo désolé d'avance.... et merci pour votre aide

[Flyingbike]

je ne comprends pas la question. Les siRNA présentés ici servent à diminuer l'expression d'une cible... je ne vois pas le rapport avec des anticorps

[A voir en vidéo sur Futura]

[PACESLIFE]

Justement ma question initiale était "A quoi servent les si rna en temps que controle dans les western blot ?" et tibosax m'a repondu " on veut vérifier la spécificité de l'anticorps primaire utilisé, et dans ce cas c'est le siRNA fait office de contrôle "

C'est pour ca que j'ai dis ca du coup j'en reviens à ma question initiale A quoi servent les si rna en temps que controle dans les western blot ? Parce que dans toutes les expérience que j'ai étudié ca a toujours été des anticorps anti espèce comme Ac secondaire. Ca change quoi par rapport à des anticorps ?
merci

[Tibosax]

Il n'y a pas de Western Blot sur ta photo... Du coup je comprends plus trop bien quelle est la question.

[Flyingbike]

Justement ma question initiale était "A quoi servent les si rna en temps que controle dans les western blot ?" et tibosax m'a repondu " on veut vérifier la spécificité de l'anticorps primaire utilisé, et dans ce cas c'est le siRNA fait office de contrôle "

C'est pour ca que j'ai dis ca du coup j'en reviens à ma question initiale A quoi servent les si rna en temps que controle dans les western blot ? Parce que dans toutes les expérience que j'ai étudié ca a toujours été des anticorps anti espèce comme Ac secondaire. Ca change quoi par rapport à des anticorps ?
merci

un exemple ou c'est le cas ?

[PACESLIFE]

Oups vraiment désolé je me suis trompé de photo... je vous met ca de suite. En attendant, meme sur cette expérience, je n'est pas compris à quoi servent les si-RNA anti..... c'est la première fois je vois qu'on utilise des siRNA anti quelque chose

[PACESLIFE]

Voici le WB à gauche

[Flyingbike]

les siRNA sont dirigés contre une cible dont ils diminuent l'expression. C'est un moyen d'étudier la fonction d'une protéine. Dans le wb, il ne s'agit pas de controles. Les cellules sont traitées avec des siRNA anti EphA2, et on voit bien sur le WB anti EphA2 que l'intensité de la bande diminue dans la condition siRNA (colonnes 3 à 6)

[PACESLIFE]

Bien vu !! donc leur fonctionnement quelque soit l'expérience si on les utilises contre une protéine est de diminuer l'expression de celle ci ? Si oui, en quoi on peut étudier la fonction de la protéine en question alors fin ca nous donne quoi comme information à part que ca diminue l'expression de cette protéine ? (pas forcément dans cette expérience mais en général)

[Flyingbike]

eh bien en biologie le moyen le plus simple de savoir a quoi sert une protéine, c'est de l'enlever ou de la surexprimer, et de regarder ce que ça fait. A partir de la on peut essayer de comprendre son rôle

[PACESLIFE]

Ok ! mais si le role des siRNA est de diminué l'expression d'une protéine, et que ca diminue, et bien je vois pas trop ce que on peut en conclure du coup par ce que c'est son role physiologique. Avez vous un exemple concret qui pourrait m'aider à comprendre ?

[PACESLIFE]

je vous relance

[dalmia]

* squatte la conversation *

Ok ! mais si le role des siRNA est de diminué l'expression d'une protéine, et que ca diminue, et bien je vois pas trop ce que on peut en conclure du coup par ce que c'est son role physiologique. Avez vous un exemple concret qui pourrait m'aider à comprendre ?

On parle d'explorer le rôle de la protéine cher ami, pas du siRNA et de voir ce que ça fait chez l'organisme au niveau du phénotype. Mais là je crois qu'on s'est éloignés de l'histoire du WB de départ
Exemple concret : tu vires la pièce d'une télévision et t'as une image en noir et blanc, ben c'est que ladite pièce est indispensable pour avoir de la couleur. Tu diminues/supprimes une protéine d'une cellule et celle-ci meurt, tu sais pas à quoi elle sert mais tu as appris qu'elle est essentielle. Tu supprimes une protéine dans le parasite Plasmodium et celui-ci se développe mal dans le sang, tu en déduis qu'elle est importante pour le développement sanguin (pour plus d'infos, voir ma merveilleuse publi mouahahahahahaha).

Dalmia

[PACESLIFE]

merci beaucoup pour l'exemple ! tu as le lien de ta publi ?

[dalmia]

Hello,

On s'éloigne encore plus du sujet initial mais c'est un plaisir de te partager mon oeuvre avec mon équipe de thèse

https://www.pnas.org/content/pnas/113/17/4717.full.pdf

Dalmia