Comment obtenir le %GC d'une espèce bactérienne ?

[babouchcka4]

Bonjour,

Le %GC (coefficient de chargaff) varie selon les espèces, il est donc intéressant d'un point de vue Taxonomique. Nous pouvons le déterminer en réalisant une dénaturation de L'ADN. Mais comment se passe cette dénaturation en pratique ? Par exemple, si nous voulons obtenir le %GC d'Escherichia coli , faut-il dénaturer la totalité de son génome ou seulement quelques séquences spécifiques de son ADN ?
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[Flyingbike]

On fait plus simple : on regarde le %GC dans la séquence génomique récupérée sur une base de données.

[babouchcka4]

Peut-on utiliser la base de données NCBI par exemple ?

[Flyingbike]

oui, absolument.

Le %GC doit certainement se trouver déjà calculé pour la plupart des espèces.

[A voir en vidéo sur Futura]