Bonjour,
L'autre jour, j'étais en train de relire un papier de Stuart Harrison et Nick Lane (2018) et je me suis dit que j'avais besoin d'une meilleure base théorique en biochimie quand j'ai lu ceci :
Avant de m'intéresser à la biosynthèse de novo chez les archées (voir par exemple Brown et al., 2011), j'ai voulu explorer la base de données Uniprot pour trouver les différentes étapes de la synthèse des nucléotides AMP et GMP.Could prebiotic nucleotide synthesis follow a similar pattern? It is, admittedly, a tall order—in bacteria and archaea, 12 enzymatic steps are required for the synthesis of purine nucleotides. But there are still patterns that have not been considered seriously enough by prebiotic chemists. Nucleotide synthesis requires phosophoribosyl pyrophosphate, amino acids (aspartate, glutamine and glycine) and C1 formylations or carboxylations. The ease with which purines such as adenine can be synthesised from cyanide meant that prebiotic chemists long tried (and failed) to react adenine with ribose to form adenosine. But that is not what life does. Purine bases are built sequentially onto ribose-5-phosphate, which acts like a handle, with a common binding motif in most of these enzymes. That implies the importance of surface catalysis. The apparent paradox that ATP is required for six condensation steps in purine synthesis is offset by the possibility that simpler prebiotic phosphorylating agents such as acetyl phosphate could potentially drive these steps.
Je n'ai trouvé que 14 protéines appelées Pur1 à Pur5, Pur7 à Pur9, PurA, PurE, PurK, PurT, PurU et KPRS. Or, je ne suis pas certain de les avoir toutes trouvées, ni même de l’ordre dans lequel elles entrent en jeu dans le processus de biosynthèse.
Je suis sûr que tout ceux plus familiers que moi avec ces questions seront en mesure de m'assister dans ma recherche.
Cordialement.
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