Organisation d'une protéine transmembranaire

[k4w4i]

Donc voilà l'exercice que j'ai à faire (en pièce-jointe).
Donc, j'ai replacé les acides aminés sur la figure et souligné les AA apolaires en rouge.
La suite me pose problème, pour commencer avec Thr et Ile : pour moi, il devrait y avoir une moitié complètement hydrophobe (la partie en contact avec la membrane plasmique), un petit bout hydrophile pour l'intérieur du canal, la question c'est de savoir si les parties en contact avec les autres hélices sont polaires, apolaires ou peuvent être les deux ?
Je pense avoir en même temps plus ou moins répondu aux questions b) et c) mais j'avoue ne pas bien comprendre les questions et donc les réponses attendues, si vous pourriez également m'éclairer là-dessus.
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[Zellus]

Salut !

Je ne pense pas que ton prof attende des réponses très détaillées pour cet exercice. Tu as pour ainsi dire tout trouvé ^^ :
a) Tu as bien placé les acides aminés (AA), aucun problème.
b) C'est là que tu dis qu'on peut distinguer deux zones, dont l'une contenant de nombreux AA hydrophobes (de Ala 11 à Leu 2 disons).
c) C'est là selon moi que tu dis que la région hydrophobe va sans doute interagir avec les lipides membranaires, alors que les autres acides aminés vont participer à l'interaction entre les hélices α et certains vont être orientés vers le centre du canal et vont interagir avec les ions qui le traversent.

La suite me pose problème, pour commencer avec Thr et Ile : pour moi, il devrait y avoir une moitié complètement hydrophobe (la partie en contact avec la membrane plasmique), un petit bout hydrophile pour l'intérieur du canal, la question c'est de savoir si les parties en contact avec les autres hélices sont polaires, apolaires ou peuvent être les deux ?

L'important est que la région qui est en contact avec les lipides soit globalement hydrophobe. La thréonine, si elle se situe bien dans cette zone (Je rappelle que tu ne fais là que des suppositions et la région en interaction avec la membrane va peut-être en fait uniquement de Trp 8 à Leu 2. Seules les manips peuvent nous le dire.), ne va pas perturber l'interaction des AA hydrophobes avec les lipides, et elle donne peut-être même une certaine "forme" à l'hélice (en créant une mini-zone de répulsion) qui va favoriser la fonction de la protéine. Mais une fois de plus ce n'est qu'une hypothèse.
Pour ce qui est de l'isoleucine, ce n'est vraiment pas gênant vu que je te rappelle que les protéines peuvent interagir par le biais de différentes interactions dont hydrophobes ou de Van der Waals, qui font intervenir ce genre d'AA apolaires.

Je pense avoir en même temps plus ou moins répondu aux questions b) et c) mais j'avoue ne pas bien comprendre les questions et donc les réponses attendues, si vous pourriez également m'éclairer là-dessus.

Donc pour conclure je ne pense pas que tu doives rentrer plus dans le détail que ce que tu avais déjà trouvé.
Bon couage !

Cordialement,
Zellus

[Moumoutte]

Bonjour à tous,

comment avez-vous fait pour placer les acides aminés sur l'hélice?
Je ne connais pas du tout ce type de représentation.

Merci d'avance

[k4w4i]

C'est 100° entre les acides aminés
(Et merci encore Zellus!)

[A voir en vidéo sur Futura]

[Moumoutte]

C'est 100° entre les acides aminés

Ah ok! D'accord, là j'ai saisi.

Merci