Recherche d'ORF : nombre de cadres de lecture

[Meiosis]

Bonjour,

J'ai un problème de compréhension dans un exercice.

On me demande de dire pourquoi les logiciels de recherche d'ORF (comme ORF finder sur ncbi) cherchent toujours dans 6 cadres de lecture.

Selon moi ce serait 12, je m'explique.

Donc les 2 brins d'ADN :

5'---------------------------------3'

3'---------------------------------5'

Sur le brin du haut (5' -> 3') on peut lire selon 3 cadres de lecture de gauche à droite mais aussi de droite à gauche (donc déjà 6).
Pareil pour l'autre brin : donc au final 12.

Je ne comprends pas pourquoi on se limite à la lecture de gauche à droite (selon les 3 cadres de lecture) sur chaque brin. Selon moi il faudrait aussi lire de droite à gauche (selon les 3 cadres de lecture) sur chaque brin. Puisque ça ne donne pas la même lecture.

Qu'est-ce qui ne va pas dans mon raisonnement ?

Je vous remercie.
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[Flyingbike]

oui quelque chose ne va pas : la réplication, la transcription, et la traduction ont toujours lieu de 5' vers 3', donc aucun intérêt de trouver une ORF dans l'autre sens !

Donc il y a bien 6 cadres de lecture.

[Meiosis]

J'y avais pensé mais pour moi ça ne change rien.

En effet pour le brin du haut la transcription se fait de droite à gauche car l'ARN polymérase lit toujours de 3' en 5' pour faire un ARNm de 5' en 3'. Donc selon moi la recherche d'ORF pour le brin du haut de droite à gauche est justement celle à laquelle on s'attend le plus.

À moins que le logiciel recherche que des 5' ATG 3' et pas des 3' TAC 5', donc en gros il recherche sur le brin non transcrit ce qui correspond à un codon d'initiation sur le brin transcrit, ce qui expliquerait la recherche de gauche à droite pour le brin du haut et la recherche de droite à gauche pour le brin du bas.

[Flyingbike]

Je suis pas sûr de comprendre mais je crois que ce que tu dis en 2e partie est l'explication. Un 3'TAC5' n'est pas intéressant (non codant), sauf parce qu'il correspond à un 5'ATG3' sur l'autre brin (codant, éventuellement)

[A voir en vidéo sur Futura]

[Meiosis]

Justement pour moi les deux recherches sont valables.

Puisque si on trouve un 3' TAC 5' c'est que le gène (si l'ORF correspond effectivement à un gène, passons) est directement transcrit sur ce brin puisque l'ARN polymérase lit de 3' en 5' et ça fera donc sur l'ARNm 5' AUG 3'.

Quand on trouve un 5' ATG 3' le gène n'est pas transcrit sur ce brin mais sur l'autre. Mais dans les deux cas la recherche dans les deux sens me semble donc valable, pourtant elle ne se fait que dans le sens 5' ATG 3' du brin forcément codant (non transcrit) pour l'ORF donné.

La seule raison qui me paraît valable pour la recherche d'un 5' ATG 3' et pas 3' TAC 5' c'est qu'on a directement la séquence protéique correspondante car on a directement les codons (aux T près) puisque l'ARNm a la même séquence que le brin codant donc même séquence que l'ORF trouvé en 5' ATG 3' (qui est sur le brin codant pour cet ORF).

Alors qu'en trouvant des 3' TAC 5' (donc sur le brin non codant forcément pour cet ORF) le logiciel doit d'abord faire le brin complémentaire 5' 3' qui est la séquence de l'ARNm (transcrire en fait) et seulement ensuite traduire.

Mais je ne suis pas sûr de cette idée puisqu'un logiciel s'en fout : pour lui faire un complémentaire en plus ou pas ne lui pose aucun problème ni perte de temps, ce n'est pas un humain. ^^

[Htu]

En fait, tu penses à 12 cadres car tu dis deux fois la même chose.

Puisque si on trouve un 3' TAC 5' c'est que le gène (si l'ORF correspond effectivement à un gène, passons) est directement transcrit sur ce brin puisque l'ARN polymérase lit de 3' en 5' et ça fera donc sur l'ARNm 5' AUG 3'.

Si on prend un exemple:

5' - A T G G C C A T - 3'

Donc, comme tu dis, un 3' TAC 5' est à ne pas rater car c'est aussi un codon start si l'ARN polymérase passe dessus et tu as raison! Simplement regarde:

5' - A T G G C C A T - 3'
3' - T A C C G G T A - 5'

Regard le brin du bas, on retrouve en cherchant du 5' au 3' le fameux ATG, non? Donc faire les trois cadres de lecture sur le brin du haut et sur le brin du bas couvre l'ensemble des possibilités.

[Meiosis]

Merci vraiment j'ai compris maintenant, effectivement je disais deux fois la même chose sans m'en rendre compte, mais ces histoires de 5' et 3' ça perturbe vite. ^^

En fait j'y avais pensé au fait d'avoir dit deux fois la même chose mais juste après avoir posté mon message, j'ai maintenant confirmation, encore merci !