mesurer la taille des fibres automatiquement sur image j

[valentin07]

Bonjour,

je suis actuellement en stage, on cherche a connaitre la taille des fibres de cellulose.

je ne trouve pas le moyen de les mesurer automatiquement.

merci pour votre aide.
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[goaoute]

Si tu es sous Windows je peux te proposer un truc artisanal, c'est pas automatique, ça marche par pointage (avec réglage d'un coeff par rapport à une longueur connue)
ça m'étonnerais que tu trouve de l"automatique pour ton soucis.

[umfred]

vu l'enchevêtrement, ça risque d'être compliqué de les dissocier/différencier.
avec le système de pointage proposé par goaoute, ça sera faisable, on a l'échelle en bas de la photo pour calculer une taille.

[Flyingbike]

Vous voulez mesurer quoi ? La taille de n fibres, pour faire une distribution ? Une mesure ponctuelle ? Manuelle ? automatisée ?


Je vois déjà un gros hic : la profondeur de champ est visiblement assez élevée et votre mesure apparente va grandement varier selon la position z de votre fibre.

Là, sur cette image, je ne vois aucun moyen de faire une mesure pertinente.

[A voir en vidéo sur Futura]

[GBo]

Idem, pas exploitable.

[umfred]

on a peut-être accès à d'autres données (la profondeur par exemple) dans les données sources qui permettent d'obtenir l'image ?

[goaoute]

vu l'enchevêtrement, ça risque d'être compliqué de les dissocier/différencier.
avec le système de pointage proposé par goaoute, ça sera faisable, on a l'échelle en bas de la photo pour calculer une taille.

En mettant un coeff x1000 , une size de pointage à 1 pxl, et avec une loupe pour affiner le pointage ça paraît jouable.

[goaoute]

Je vois déjà un gros hic : la profondeur de champ est visiblement assez élevée et votre mesure apparente va grandement varier selon la position z de votre fibre..

ça dépend de la tolérance acceptée, mais à 2µm la profondeur donnera des erreurs de poils de grenouille.

[Flyingbike]

pas d'accord. selon la configuration optique (inconnue ici) et l'épaisseur de l'objet, on peut avoir une largeur apparente de plusieurs fois la largeur réelle si les structures sont hors champ. ce n'est pas négligeable

[BrainMan]

je suis actuellement en stage, on cherche a connaitre la taille des fibres de cellulose.

"La taille". Ça veut dire quoi ?
"des" fibres. Lesquelles ? Toutes, une dans le lot, la moyenne ? Elles sont censées avoir la même longueur ?
"fibre" : où sont les fibres sur l'image ?
"de cellulose" : C'est quoi une fibre de cellulose, c'est linéaire etc ? (n'oubliez pas que vous posez la question à un informaticien, pas à un biologiste ou à chimiste.)
"automatiquement" : Ça veut dire quoi ? On doit pointer une fibre ? Le programme doit en choisir une ? le résultat est une aide ou quelqu'un va vérifier si le programme s'est trompé ? etc.
"l'image", c'est bien une photo ? Qu'est-ce que ça représente ? (plus profondeur de champ etc etc, ses caractéristiques quoi)

Bref, votre demande est trop élémentaire et trop peu précise pour qu'on puisse y répondre rationnellement.

[goaoute]

Google donne 15 à 30 µm pour les fibres de cellulose; l'échelle de la photo n'est pas en accord avec Google

[BrainMan]

Une autre imprécision à clarifier également.
"stage" : quelle est la nature de votre stage ? Ingénieur etc ?

Sinon, une piste comme ça, à discuter.
Si vous savez dire d'après un set de photos, et si toutes les fibres ont la même "taille", quelle est la "taille" (ici, je ne me préoccupe plus de savoir ce que taille signifie...), alors vous pouvez faire comme lorsqu'on cherche à déterminer une concentration d'un produit en laboratoire de biochimie.
Vous avez un réactif coloré et vous contrôlez la concentration : Dans ce cas vous effectuez des tests, préparez des solutions plus ou moins concentré auxquels vous ajoutez du réactif colorant et vous mesurez l'absorbsion de la lumière par cette solution => L'ensemble de ces mesures constitue alors une base de données qui vous permet ensuite, faisant la même manip sur une solution de concentration inconue, de connaitre la concentration selon l'absorbsion mesurée pour cette solution particulière.

Donc, si vous avez des fibres toutes de même 'taille", que vous produisez "un crible" sur l'image, vous avez une valeur caractéristique (que vous avez donc inventé, notons-là "u") qui vous permet de déduire la taille selon u pour une image quelconque.
Si vous êtes donc en stage d'ingénieur, au lieu d'utiliser la brut force (mesurer les filaments de la photo etc),vous pouvez tenter de découvrir une formule qui associerait une opération sur l'image (facile à réaliser sur une image) et la taille des fibres (pour ça évidement vous devez avoir un set de données).

[valentin07]

ok alors merci pour toutes ces infos.

Je suis dans un labo de recherches en chimie, on travail sur des procéder mécanique afin d'obtenir des fibres de nanocellulose, c'est pourquoi on s'écarte des donnes de google...

Je veux connaitre en moyenne l'épaisseur de toutes les fibres présentes sur cette photo et beaucoup d'autres (les fibres ne font pas la ne font pas la même épaisseur, visible sur la photo) étant donné, que c'est impossible de le faire a la main vu le nombre je voudrais que le logiciel le calcul à ma place.

C'est bien une photo issu d'un microscope à impulsion électronique.

Merci.

[goaoute]

Avec mon truc artisanal, je trouve une variabilité de: 0.015 à 0.090 µm sur ta photo, avec une estimation des plus fines à 0.008 µm
Avec un coeff de: 11.1 qui donne 1998 pour 2µm

[goaoute]

Avec mon truc artisanal, je trouve une variabilité de: 0.015 à 0.090 µm sur ta photo, avec une estimation des plus fines à 0.008 µm
Avec un coeff de: 11.1 qui donne 1998 pour 2µm

En faisant plusieurs mesures et en moyennant, on ne doit pas êtres loin de la vérité;
(Toujours aussi gonflant ce: "Count down" à l'édition, à croire que les internautes sont pendus à ce site comme le nourrisson au sein de sa mère).

[BrainMan]

Déjà ce qui me rassure, c'est qu'on ne recherche pas la longueur, donc juste l'épaisseur.

Par contre, si l'image comprend des fibres d'épaisseur différentes dont on ne connait pas les proportions, ça va être difficile.
Vous disiez que vous vouliez "automatiser", mais que c'est impossible vu le nombre (c'est pas clair...).
En fait vous faisiez l'analyse à la main et vous voulez maintenant automatiser cette tâche ?
Ou vous n'avez jamais pu effectuer cette analyse à main et voulez trouver un moyen informatique (donc "automatique") de faire ce que vous n'arriviez pas à faire à la main ?
Si l'humain n'était pas capable de distinguer plusieurs fibres enchevêtrées, la machine (même une IA) aura certainement des difficultés à reproduire cette tâche en automatique...

Maintenant, vu la complexité de l'image, je pense qu'une analyse statistique est la plus adaptée.
Perso j'aurais lancé une série de "mesures" (genre 1000000) consistant à se positionner aléatoirement sur cette image.
1. Lorsqu'on tombe sur un pixel blanc, on passe.
2. Lorsqu'on tombe sur un pixel de "couleur foncée" (à voir pour la tolérance), on commence à chercher "la largeur".
Pour ce faire, je proposerais l'algorithme suivant :
On étend la zone depuis le point initial "dans tous les sens", donc sous la forme d'un cercle.
Si on trouve un pixel "blanc" dans ce "cercle", on est sorti de la fibre.
Dans ce cas, on trace la ligne entre le pixel "blanc", le point initial et on prolonge cette ligne jusqu'à tomber sur un autre pixel blanc.
On se positionne au milieu du segment délimité par les deux pixels blancs, ce sera le centre du nouveau cercle.
Pour ce cercle, on cherche maintenant la ligne la moins longue (délimitée par deux pixels blanc) passant par le centre du cercle. Cette longueur minimale est l'épaisseur.

[goaoute]

Sur ton image, on peut distinguer quatre types: ultras fines, fines, moyennes, larges (ce qui rend l'automaticité de la mesure inutile); et on tire très facilement des pourcentages à l'oeil nu en opérant par portions de surface..
Faire des mesures à la main prend cinq minutes
Construire un algo et le mettre en code prendra plusieurs heures (voire jours), pour un résultat, qui vu la définition de l'image, sera hautement incertain.
Le choix est facile.
Fais moi plaisir, teste mon logiciel (gratuit).

[BrainMan]

Faire des mesures à la main prend cinq minutes

Des jours à la main...
Il est question ici de déterminer la fréquence (si j'ai bien cerné le besoin) des types de fibre dans un échantillon.

Construire un algo et le mettre en code prendra plusieurs heures (voire jours), pour un résultat, qui vu la définition de l'image, sera hautement incertain.

Quelques heures pour un programmeur averti.
Quelques jours pour la mise en œuvre, intégration de l'outil dans le processus "industriel".
Mais sinon, concernant l'image en elle même, vous avez raison, il serait bien de pouvoir éviter les quelques artefacts (genre grosses taches noires qu'on ne sait pas identifier), ce qui nécessiterai de sélectionner des portions ou des images "sans" de manière artisanale (ou écarter certaines photos ambiguës automatiquement ?)

[GBo]

[...]
Fais moi plaisir, teste mon logiciel (gratuit).

Tu pourrais mettre le lien STP (ou le remettre car je ne le vois pas)

[valentin07]

oui j'aimerais vraiment le tester, je n'ai pas trouver le nom ou le lien de votre logiciel.

effectivement je faisait les mesures a la main et je veux automatiser ces mesures.

[Flyingbike]

Pour ce type d'analyse, imageJ est la référence évidente. Je maintiens qu'il est totalement illusoire de vouloir obtenir des données fiables à partir de cette image au contraste très faible.


En théorie, il faudrait procéder à un seuillage pour pouvoir analyser des objets et faire une distribution. Sauf qu'il est impossible de seuiller correctement car les petites fibres ont un contraste quasi nul.

jusqu'ou veut on donc aller ?


Le problème n'est pas l'analyse mais le matériel de départ.

[Flyingbike]

Un exemple de solution existante : https://imagej.net/DiameterJ.html

[valentin07]

votre lien ne fonctionne pas.

goaoute pourrais t'on avoir un rendez vous ensemble en ligne si cela ne vous dérange pas avec mon chef de labo pour savoir comment vous avez obtenue ces valeurs ?

cela serait pour nous d'une précieuse aide !

[goaoute]

Tu pourrais mettre le lien STP (ou le remettre car je ne le vois pas)

J'attendais que "Valentin 07" se manifeste (c'est Windows only).
C'est là-->: http://libertybasic.fr/forum/topic-606+distances.php

[BrainMan]

Je maintiens qu'il est totalement illusoire de vouloir obtenir des données fiables à partir de cette image au contraste très faible

En JPEG vous voulez dire ?
Vous pensez que c'est l'image originale ?

[goaoute]

votre lien ne fonctionne pas.
goaoute pourrais t'on avoir un rendez vous ensemble en ligne si cela ne vous dérange pas avec mon chef de labo pour savoir comment vous avez obtenue ces valeurs ?
cela serait pour nous d'une précieuse aide !

Tu n'a qu'à prendre le soft, (j'y ai mis ton image avec l'échelle), tu règle le coeff comme ça t'arrange avec l'échelle (j'ai mis 11.1 pour avoir 2µm=+/-2000), tu règle la size du point de marquage à 1pxl, tu prends une bonne loupe, tu pointe sur les bords de fibres, tu applique le coeff et tu vois ce que ça donne. (size et coeff sont sauvegardés à la fermeture)
Lien: http://libertybasic.fr/forum/topic-606+distances.php
Automatiser fait appel à de grosses capacités de programmation. (IA)

[Flyingbike]

J’ai réparé le lien
Jetez y un œil

[goaoute]

Tu n'a qu'à prendre le soft, (j'y ai mis ton image avec l'échelle), tu règle le coeff comme ça t'arrange avec l'échelle (j'ai mis 11.1 pour avoir 2µm=+/-2000), tu règle la size du point de marquage à 1pxl, tu prends une bonne loupe, tu pointe sur les bords de fibres, tu applique le coeff et tu vois ce que ça donne. (size et coeff sont sauvegardés à la fermeture)
Lien: http://libertybasic.fr/forum/topic-606+distances.php
Automatiser fait appel à de grosses capacités de programmation. (IA)

Et si tu veux compter les fibres, y a ce truc qui peut t'aider (même principe de pointage).
Lien: http://libertybasic.fr/forum/topic-6...te-graines.php
(100 points/mn)

[valentin07]

merci pour les infos.

je vais tenter d'installer les plugins de diametre sur image j et voir ce que ça donne.

mais effectivement les treshold (seuillage) sur nos image ne sont pas bonnes du aux nombreux contrastes, nous sommes actellement bloqués sur ce probleme.

[vgondr98]

Tu pourrais tester ce plugin pour le threshold.

https://sites.google.com/site/qingzo...ptivethreshold

Il semblerait qu'il soit basé sur une fonction d'une librairie python (https://docs.opencv.org/master/d7/d4...esholding.html).