Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau
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Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau



  1. #1
    KLLP

    Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau


    ------

    Bonjour,
    J'utilise maintenant VMD depuis quelques semaines et je rencontre depuis le début un certain problème :

    Je dispose de fichiers PDB correspondant à l'évolution dans le temps de coordonnées d'atomes (mon système est constitué de 4 fragments de protéines et de molécules d'eau) et j'aimerais visualiser la trajectoire au cours du temps. Visualiser les différents snapshots séparément sur VMD ne pose pas de problème, néanmoins, lorsque que j'essaie de charger plusieurs fichiers pdb, la visualisation fait apparaître des liaisons (qui n'ont pas lieu d'être) entre des molécules d'eau (la liaison en trop est chaque fois entre le H d'une molécule d'eau et le O d'une autre molécule d'eau). J'essaie de mettre en pièce jointe les 2 situations (chargement d'un seul fichier pdb - pas de problème // chargement de plusieurs fichiers pdb - apparition des liaisons anormales) (désolé, il faut avoir de bons yeux ^^').

    Une hypothèse serait que cela est du aux conditions aux limites périodiques, mais je ne sais pas comment gérer ce problème si c'est bien cela.

    Quelqu'un aurait-il déjà rencontrer ce même problème et / ou saurait comment y remédier ?

    J'espère avoir expliqué clairement mon problème.
    Merci d'avance pour votre aide et toute piste que vous pourrez proposer !

    un_seul_snapshots.png deux_snapshots.png deux_snapshots_zoom.jpg

    -----

  2. #2
    Henrix

    Re : Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau

    Pourquoi travailler sur autant d'entités ?

  3. #3
    KLLP

    Re : Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau

    Bonjour,
    Merci pour votre réponse. Je n'ai pas choisi moi-même le nombre d'entités du système, c'est simplement ce système qu'il m'a été donné d'étudier.
    Pensez-vous que réduire le nombre de molécules d'eau serait intéressant pour le présent problème ?

  4. #4
    Henrix

    Re : Logiciel VMD : liaisons anormales entre molécules d'eau

    Bah, on y verrait plus clair.
    Et vu qu'il a récurrence (duplication), il n'y a pas besoin d'autant d'entités.

  5. A voir en vidéo sur Futura

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