Statistique sur R

[invite8b118ae7]

Bonjour,


je suis étudiant en biologie et je suis actuellement en stage... et en plein désespoir..

J'ai enfin terminé la prospection pour récupérer mes données, j'ai tout entré sur excel... mais probleme: mes tests ne fonctionne pas! et j'ai un probleme pour la rédaction de l'un d'eux...


Déjà le choix du test:

je compare 2 espèces qui ont subis 6 traitements différents et j'ai relevé différents caractères.

sur excel mes colones sont:
- espèce: AT ou AJ (initial de leur nom scientifique..)
- traitement: le n° code du traitement
- nom de l'individu
- masse
- taille
- longévité
- fécondité
etc


Donc je pensais faire une ANOVA de tout ça sur R mais il faut vraiment que je tienne compte de l'espèce et du traitement à chaque fois... Je n'arrive pas à réussir mon test de normalité et surtout d'homoscédasticité!!

En fait, j'avais ma matrice sur R. J'ai fait une ANOVA pour la longévité en tapant ceci sur R (ici en plus clair):

> Longévité=aov(longévité~traite ment*espèce)

Ensuite:
> summary(longévité)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
traitement 3 7162 2387 2.9114 0.03654 *
espèce 1 16824 16824 20.5174 1.219e-05 ***
traitement:espèce 3 1290 430 0.5243 0.66623
Residuals 146 119719 820


Donc là 1er problème! p<<0,05!

Au cas où j'essaie mon test de Levene:
levene.test(Longévité,interact ion(traitement*espèce))

là ça marche pas du tout! Comment je peux faire pour que mon test de Levene fonctionne? Comment je peux lier le traitement et l'espèce pour mon test?

Voilà j'espère que vous pourrez m'aider
Merci d'avance
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[LXR]

Votre discussion a plus de chance de trouver une réponse en mathématiques, R étant un logiciel de statistiques.

Greg

[invitecfb758d1]

Bonjour,

Tout d'abord pour le test de normalité je vous conseille d'utiliser:
shapiro.test(nom de la variable)

pvalue<0.05 = rejette la normalité

Pour l'homocedasticite, vous pouvez utiliser:
Comparaison de variances entre deux échantillons:
var.test(varibale1, variable2)

Pour l'anova utilisez plutot:
longevite1<- lm(longevite~traitement*espece )
anova(longevite1)

Cela vous donnera une ligne:
traitement:espece, c'est le test de l'interaction entre ces deux parametres.
Si vous ne voulez pas tester l'interaction, ou qu'elle n'est pas significative, remplacez le * par un + dans l'anova.

Dans le tableau de l'anova, les parametres qui influent auront des * (plus ya d'etoiles plus c'est significatif). C'est a dire que si vous avez des * a cote de espece, cela signifie que l'espece joue un role important dans la longevite.
Au contraire, si le traitement n'a pas d'etoiles il n'est pas significatif, et donc il influe pas sur la longevite!

Bonne chance!
Karine