Khi-deux avec R

[invite71fdc0b5]

Bonjour,

Je suis en train de comparer des proportions : j'ai appliqué 4 traitements à 4 populations de plantes et pour chaque niveau de feuilles, je compte le nombre de feuilles malades. Mon but est d'expliquer l'influence du traitement sur les feuilles.

J'ai obtenu mes données et j'ai voulu les traiter sous R commander. Pour cela, j'ai été dans statistiques>tables de contingence> remplir et analyser un tri croisé. Après avoir cliqué sur test chi-deux d'indépendance, j'obtiens une p value < 0.05, donc, selon R, mes échantillons ont des distributions différentes.

Ce que j'ai fait avec R commander est-il correct ?
Est-ce normal que je ne lui ai pas donné les effectifs théoriques ? on peut lui demander de les fournir mais ce ne sont pas les mêmes que ceux que j'ai calculé !

Ensuite, pour voir l'effet, je n'ai plus besoin de faire de tests ?

Merci.
-----

[gg0]

Je ne connais pas assez R pour être sûr, mais en tout cas, c'eest R qui fait tout le travail. Donc tu n'as pas à calculer de distribution théorique.

Cordialement.

[Dlzlogic]

Bonsoir,
R est un logiciel, c'est à dire un outil de calcul.
Il simplifie les opérations et surtout permet un traitement plus rapide, des simulations etc., mais il ne remplace pas pas la connaissance exacte de ce qu'on veut étudier.
En d'autres termes, R fera très bien ce que vous sauriez faire à le main, si vous aviez le temps.
Je pense que c'est ce qu'a voulu dire gg0.

[invite179e6258]

pourquoi faire un test du Chi-2? je ne suis pas sûr d'avoir tout compris mais ça ne me semble pas être la bonne approche.

est-ce que le nombre total de feuilles (examinées) par plante est constant? auquel cas j'utiliserais un modèle binomial. Sinon, peut-être un modèle poissonien.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite71fdc0b5]

Bonjour, merci pour vos réponses.
Le protocole prévoit bien de faire un test de khi deux.

J'ai essayé de calculé de khi-deux sur excel à partir de la formule somme((effectif obs - effectif théo)/effectif théo)et j'obtiens une valeur de khi deux complètement différente de celle donnée par R. Il est à noter que mes données sont des moyennes, je n'ai pas tout recensé.

[invite179e6258]

il faut que tu expliques mieux ce que tu fais, là on comprend pas.

[invite71fdc0b5]

Voici ci-joint un schéma récapitulatif de la manip; excusez moi d'avoir trop synthétisé, on n'y comprenais rien c'est vrai.

Donc il me faut évaluer si la distribution du nombre de nervures malades/cm² pour chaque niveau de feuilles est le même pour chaque plante.

L'effectif théorique est 3/cm² quelque soit le niveau des feuilles.

Comme vous le voyez sur le schéma, je n'ai pas échantillonné chaque niveau de feuilles donc je ne peux pas faire un tableau de contingence classique car je ne connais pas les totaux...

merci !

[invite179e6258]

si je comprends bien il y a 3 traitements, 3 plantes par traitement, 4 niveaux par plante, et (une ?) mesure par niveau. Pourquoi ne pas faire du modèle linéaire? quitte à prendre les logarithmes des densités par exemple, enfin une transformation qui rende les erreurs plus ou moins gaussiennes. C'est ce qui se fait il me semble. Je verrais bien un modèle mixte avec un effet plante aléatoire.