levure s. POMBE

[invite18b3991b]

salut,

je cherche des informations sur les étapes nécessaires pour produire la protéine recombinante dans S. pombe PK90b.

merci
-----

[invite654345]

SAlut

Tu connais peut être déjà mais ce lien est très riche en information

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

Tapes y des mots clés et tu tomberas sur des articles très pertinents (quasi tous en anglais)..

Bonne recherhe

[Yoyo]

salut

c'est a peu pres le meme principe que pour introduire une proteine recombinante dans n'importe quel autre organisme.
Faudrait que tu nous dises plus précisément ce que tu veux savoir.

Yoyo

[invite18b3991b]

je vous donne l'ennoncé ,et comme je suis nulle en bio mol , j'ai ren compris.

BIO-PEP est une jeune compagnie tentant de percer le marché biopharmaceutique. Ils ont caractérisé et mis au point l’usage d’une hormone peptidique dont une propriété importante est de contrer la prise de poids abdominal importante et dangereuse survenant fréquemment suite à l’administration de certains médicaments communément utilisés pour traiter les dépressions sévères. Leur produit a subi avec succès les épreuves cliniques, et une mise en marché prochaine est maintenant envisagée.

Malheureusement, les méthodes de synthèse utilisées jusqu’à présent par BIO-PEP sont très coûteuses, et la vice-présidente section recherche et développement propose de mettre au point l’utilisation des technologies d’ADN recombinant pour produire le peptide. La présidente a donc autorisé l’embauche d’un biologiste pour piloter ce projet. Afin de sélectionner le candidat idéal, on demande aux postulants (dont vous faites partie) d’écrire une description détaillée mais brève de la démarche qu’ils proposent à la compagnie d’adopter. La vice-présidente vous informe que sa division souhaite utiliser la souche de levure S. Pombe PK90b, car cette souche exprime une kinase particulière qui phosphoryle le peptide à une position clef. Apparemment, cette phosphorylation est essentielle à l’activité du peptide.

Votre texte doit expliquer à la présidente, qui sans être totalement ignare n’est pas une scientifique, les étapes de la démarche nécessaire pour produire la protéine recombinante dans S. pombe PK90b. Votre texte sera cependant d’abord vu par la vice-présidente, qui elle est une biologiste accomplie, et qui sera très sensible aux erreurs scientifiques.

merci de votre aide

[A voir en vidéo sur Futura]

[Yoyo]

Salut

Bon c'est plus clair maintenant
Mais comme on av te faire l'exercice a ta place, il va falloir que tu nous dises ce que toi tu en penses, et on pourra t'apporter des corrections ou des precisions.

Yoyo

[invite18b3991b]

c'est ce que j'ai trouvé , mais je sais pas si toutes les étapes sont bien detaillée.


D'une façon synthétique, la production de médicaments recombinants s'appuie sur la succession d'opérations suivantes :
tout d'abord, il s'agit d'isoler le gène d'intérêt, codant pour le peptide;
• le gène d'intérêt est alors inséré dans un vecteur (en général un plasmide), qui doit être capable de se répliquer et de répliquer le gène étranger qui lui est rattaché ;
• la molécule d'ADN composite obtenue (vecteur + gène d'intérêt) est ensuite introduite dans une cellule hôte(levure S. Pombe PK90b), qui exécute les instructions qui lui sont fournies par le gène d'intérêt, et réalise les modifications post-traductionnelles dans l'objectif de fabriquer la protéine recherchée(l'hormone peptidique ).
• il s'agit alors de passer par une phase de production, généralement en fermenteur, afin de produire les volumes de protéine nécessaires .
• le peptide doit enfin être récupérée puis purifiée, cette étape faisant appel à des techniques plus classiques (séparation, extraction, purification) .
• il s'ensuit des essais biochimiques et immunologiques (contrôle qualité) permettant de contrôler la pureté de la protéine obtenue, son activité, etc.

[invited53a683a]

Salut

Bon c'est plus clair maintenant
Mais comme on av te faire l'exercice a ta place, il va falloir que tu nous dises ce que toi tu en penses, et on pourra t'apporter des corrections ou des precisions.

Yoyo

Salut :
À mon avis mon ami/e zara, si j'étais à ta place, je commencerait par trouver la séquence génétique de la protéine en question (l'hormone) puis je vais chercher à mes séquences possibles après utiliser la fameux code génétique de 3 bases. Puis en utilisant les bancs de génomes de diffèrent espaces je pourrai belle & bien trouver la matrice génomique en ADN. Après tout ça je dois essayer insérer la bonne séquence dans un plasmide (Vecteur) et n'oublie pas la procéder par une bonne promoteur. Puis les méthodes de transfection nous aideront à introduire le gène dans la cellule méchante.

Donc mon amie zara, J’espère que à la prochaine fois lorsque le responsable te demande tes idées sur la problème, tu ne fera pas copie paste par un autre site internent.

Bon ...en passant à la question encore un fois…
Est ce que mon analyse est bonne?
Quelle technique expérimentalement est la plus favorisée pour séquencer le peptide?
Peut quelqu'un m’introduire un bon site en français ou bien en anglais qui explique les technologies du génie génétique??

A++

[Yoyo]

salut,

Sauf qu'a mon avis avoir la sequence de la proteine est totalement inutile dans ce cas precis. De plus avec les informations données dans le texte il est impossible de savoir de quelle proteine on parle (en plus rien ne dit que ca n'est pas un expl fictif juste pour les besoins de l'exercice).

Dans ce cas precis ce qu'on lui demande c'est de ne pas rentrer dans les details (donc pas de sequence!) mais d'expliquer de maniere generale la marche a suivre.

Yoyo

[invite38f0db9e]

Salut zara !
Je suis un peu surpris, voire ému de constater que les énoncés de ma chère directrice de recherche (je ne citerai son nom), se retrouve sur des forums Bizarrement je ne pensais pas que ses élèves auraient du mal à établir une réponse claire et simple à cette question... Enfin, d'après ce que j'ai pu lire sur les étapes que tu as proposé, selon moi (je tiens à préciser que ca n'engage que moi) cela parait correct. J'aurai juste précisé les techniques qui permettrai d'isoler le peptide (enzymes de restrictions, amplifications du peptide, etc), d'insérer le fragment d'ADN de manière stable dans la levure (si possible sur des plasmides à haut niveau de réplication genre 2microns), et j'aurai précisé pourquoi choisir S. pombe, un organisme plutot haploide, plutot que S. cerevisiae (qui somme toute, reste quand même la levure par excellence, que ce soit dans l'industrie agroalimentaire, ou dans la pharmaceutique). J'aurai aussi ajouté une phrase ou deux, expliquant pourquoi avoir choisi une levure, plutot que une bactérie car finalement, cette dernière est tout autant capable de produire des protéines animales (peut etre pas forcément fonctionnelle une fois insérée dans un animal, mais capable quand meme ).

Je ne sais pas si ce sont des détails et si la prof considèrera que c'est de trop, mais bon, voilà comment j'aurai répondu à la question.

[invited53a683a]

Salut ZionAngel:
À mon avis, il faut toujours chercher en primaire à la séquence nucléotidique de la gène en question .car on n'a pas d'autre façon pour la trouver puis pour proceder les autres étapes.

Puis, pourriez vous m'expliquer plus sur la différence entre la bactérie et la levure de point vu de rendement de protéine en question? Quand est ce que on favorise un espèce de procaryote à un espèce eukayote?

A++

[Yoyo]

Je suis un peu surpris, voire ému de constater que les énoncés de ma chère directrice de recherche (je ne citerai son nom), se retrouve sur des forums Bizarrement je ne pensais pas que ses élèves auraient du mal à établir une réponse claire et simple à cette question... Enfin, d'après ce que j'ai pu lire sur les étapes que tu as proposé, selon moi (je tiens à préciser que ca n'engage que moi) cela parait correct. J'aurai juste précisé les techniques qui permettrai d'isoler le peptide (enzymes de restrictions, amplifications du peptide, etc), d'insérer le fragment d'ADN de manière stable dans la levure (si possible sur des plasmides à haut niveau de réplication genre 2microns), et j'aurai précisé pourquoi choisir S. pombe, un organisme plutot haploide, plutot que S. cerevisiae (qui somme toute, reste quand même la levure par excellence, que ce soit dans l'industrie agroalimentaire, ou dans la pharmaceutique).

j'ai du mal a voir pourquoi tu parles d'enzymes de restriction en faisant allusion a la purification de peptide
apres pour ce qui est de l'amplification du peptide.. tu parles de la PCR? si c'est le cas j'espere pour toi que ta 'chere directrice de recherche' passera pas sur ce forum, sinon elle va s'arracher les cheveux
Pour la différence entre cerevisiae (qui est aussi haploide au passage) et pombe, je ne pense pas que ca soit necessaire d'en parler vu que c'est expliqué dans l'énoncé.

J'aurai aussi ajouté une phrase ou deux, expliquant pourquoi avoir choisi une levure, plutot que une bactérie car finalement, cette dernière est tout autant capable de produire des protéines animales (peut etre pas forcément fonctionnelle une fois insérée dans un animal, mais capable quand meme ).

En revanche ca peut etre interessant de discuter cela rapidement a la fin.
Yoyo

[invite38f0db9e]

j'ai du mal a voir pourquoi tu parles d'enzymes de restriction en faisant allusion a la purification de peptide
apres pour ce qui est de l'amplification du peptide.. tu parles de la PCR? si c'est le cas j'espere pour toi que ta 'chere directrice de recherche' passera pas sur ce forum, sinon elle va s'arracher les cheveux

Oops !
Effectivement, ce que je voulais dire au niveau de l'enzyme de restriction, c'était au niveau de la séquence codante pour le peptide ... et non pas le peptide en tant que tel
Et effectivement, je parle encore une fois de l'amplification de la séquence codante :P

Désolé, je pense que les exams me rendent un peu ... confus ?

Et pour S.pombe vs cerevisiae, juste que cerevisiae peut aussi être diploide, chose que Schizo pombe ne peut faire

[invite38f0db9e]

Salut ZionAngel:
À mon avis, il faut toujours chercher en primaire à la séquence nucléotidique de la gène en question .car on n'a pas d'autre façon pour la trouver puis pour proceder les autres étapes.

Je ne pense pas que cela soit nécessaire, et puis, il ne me semble pas qu'Annie vous ait parler de ce genre de techniques ? Enfin peut être bien ... J'ai suivi ce cours il y a 2 ans ...

Puis, pourriez vous m'expliquer plus sur la différence entre la bactérie et la levure de point vu de rendement de protéine en question? Quand est ce que on favorise un espèce de procaryote à un espèce eukayote?
A++

Au niveau rendement, une bactérie se divise beaucoup plus vite qu'une levure (me souviens plus des différences exactes de rendement ... faudrait que je vérifie). Donc on pourrait penser qu'une bactérie aurait un meilleur rendement qu'une levure.
Pour le choix de la levure ici, c'est plutôt simple, tu cherches à obtenir des protéines fonctionnelles chez un humain : une bactérie ne procède pas à toutes les modifications post-traductionnelles que l'on retrouve chez un organisme eucaryote. Et puis l'énoncé t'aide quand meme dans ce sens ou visiblement, la levure Schizo pombe possède une kinase pouvant apporter une modification post-traductionnelle essentielle au fonctionnement de ta protéine.

[Yoyo]

Et pour S.pombe vs cerevisiae, juste que cerevisiae peut aussi être diploide, chose que Schizo pombe ne peut faire

Désolé mais ca aussi c'est faux Pombe comme Cerevisiae peuvent etre haploides toutes les deux.

Yoyo

[invite38f0db9e]

Rhaaa !
Ok, je vais reprendre ma phrase
Je disais que Schizo pombe était un organisme généralement haploïde, alors que Sac cerevisiae était généralement diploïde.
Bon si y a encore des betises dans ce que je dis, j'abandonne !

[Yoyo]

Salut

He ben desolé mais c'est encore non
Cerevisiae est ganeralement haploide, le diploide sporule tres vite des que le milieu s'appauvrit.
Sinon faut s'entendre sur "generalement" par expl les levures cerevisiae utilisées pour le pain ou la biere sont generalement tetrapolides
Mais au labo elles sont toutes haploides et en plus mutées dans les gènes HO qui interviennent dans le changement de signe sexuel, ce qui leur evite de faire des diploides.

YOyo