Quels sont les thèmes prometteurs de la biologie pour les prochaines années

[jajaloic]

Bonjour,

Je cherche a savoir quels sont les thèmes "à la mode" en biologie, mais dans le sens qu'ils sont considérés comme prometteurs dans les domaines de la médecine ou pour mieux comprendre la biologie.

Je pense plus à des sujets plutot de biochimie, génétique ou biologie cellulaire mais si des sujets un peu différents vous semblent importants n'hésitez pas!

voila, c'est pour me faire un peu de culture générale et aussi pour aider quelqu'un à trouver des sujets pour une recherche bibliographique.

Voila
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[invite1464d70b]

A mon avis, therapie cellulaire et therapie genique ont de l'avenir, recherche contre le cancer et le Sida aussi.

[jajaloic]

salut,

merci pour la réponse... enfin je cherche des thèmes plus précis comme l'inhibition du protéasome par exemple...

[Vinc]

Salut!

A mon avis, therapie cellulaire et therapie genique ont de l'avenir, recherche contre le cancer et le Sida aussi.

Thérapie cellulaire certainement mais thérapie génique, je reste plus sceptique.....

enfin je cherche des thèmes plus précis comme l'inhibition du protéasome par exemple...

Tu trouves ça plus précis???
Tout dépend du contexte! Si tu parles du cancer, l'inhibition du protéasome n'a un intérêt que dans certains cancers (colo-rectal nottamment) : ce n'est pas le cas général.

Sinon, oui il ya tout ce quia trait au domaine biomédical (maladies neurodégénératives, cancéro, maladies cardio vasculaires, ....).
En ce qui concerne la bio plus fondamentale, beaucoup de choses sont encore à découvrir.....


Vinc

[A voir en vidéo sur Futura]

[_Mayou_]

Comme il a déjà était dit, tout ce qui se rapporte à la biologie-santé aura TOUJOURS de l'avenir, puisqu'il y aura toujours des gens à soigner, et donc des mécanismes à comprendre.

Tout ce qui est bio-informatique va je pense devoir se développer. L'avenir de toute science passe par l'informatique, la création de modèles.

[jajaloic]

vous en pensez quoi de la génétique non mendelienne?

[invite02cefc91]

Tout ce qui tourne autour du silencing peut etre intéressant aussi à mon avis

[Tiscarab]

l'alliance nanotechnologies-biologie me semble prometteur

[Vinc]

En ce qui concerne la cancéro, un des gros défis est d'arriver à faire le tri dans les infos apportées par les approches de screening (CGH, DNA array, ...) afin de comprendre la progression tumorale.
Pour l'instant c'est la pagaille, on n'arrive pas à comprendre entièrement la trajectoire tumorale ou en tout cas à la définir précisemment! C'est extrêmement compliqué de parvenir à faire la discrimination entre les infos valables qui sont réellement importantes et les infos qui obscurssissent le panorama déjà très complexe... On a des modèles pour certains cancers (et nottamment encore, pour le colo rectal) mais dans la plupart des tumeurs on trouves des anomalies absolument partout avec des cellules qui contiennent parfois plus de 200 chromosomes.
Le problème des approches massives est que l'on ne sait jamais si on regarde un évènement primaire ou secondaire, et donc si cet évènement est réellement important!
Pour la métastase c'est la même chose : on a beaucoup de mal à déterminer un pattern représentatif d'une cellule métastatique.
Et enfin, toujours pour la cancéro, l'impact des gènes modificateurs (=du fond génétique de l'individu) joue un rôle considérable! Bref, on se rend compte que toutes les tumeurs sont génétiquement uniques, qu'au sein de la tumeur il y a une incroyable hétérogénéité, et que l'on ne peut pas compter sur le screening seul pour avancer : l'approche fonctionelle et signalétique en particulier reste essentielle!

Désolé de vous avoir gonflé une fois de plus avec la cancéro mais ça me paraissait important de développer un petit peu!

A+
Vinc

[jajaloic]

Merci Vinc, en tout cas c'est intéressant.

C'est vrai que comprendre les mécanismes du cancer est surement une des priorités de la biologie et médecine.

Sinon le fonctionnement du vaccin contre le cancer du col de l'utérus doit surement être interessant!

[invite7dda6a98]

Salut,

Dans les thèmes à la mode en ce moment, il y a l'épigénétique, mais celà reste encore très large. Mais il a été montré au cours de la dernière décennie que ces phénomènes jouaient un rôle dans environ 65% des cancers. Il y a notamment la méthylation de l'ADN et les modifications des histones. De nombreuses drogues anticancéreuses sont actuellement en essais cliniques pour contrer ces phénomènes.
Voilà,
A plus

[jajaloic]

Que pensez vous de l'étude des canaux ioniques, je pense à ca car une médaille d'or CNRS a été attribué sur ce sujet en 2000?

[Vinc]

Salut!

ces phénomènes jouaient un rôle dans environ 65% des cancers. Il y a notamment la méthylation de l'ADN et les modifications des histones. De nombreuses drogues anticancéreuses sont actuellement en essais cliniques pour contrer ces phénomènes.

Moui l'épigénétique peut jouer un rôle dans les cancers mais pas nescessairement grâce à la méthylation et l'acétylation des histones. C'est un des mécanisme en effet, encore qu'il n'y a pas de lien clair entre hypométhylation et progression tumorale (même si le génome des cellules cancéreuse est la plupart du temps hypométhylé). Les gène stouchés sont bien sûr les suppresseurs de tumeur comme Rb, p16, la E-cadhérine, Vhl, mais pas p53 à ma connaissance!
En ce qui concerne les autres mécanismes épigénétiques lié à la progression tumorale, on trouve tout ce qui est organisation chromatinienne (liée aux modifications post-traductionelles des histones), l'emprunte parentale et le RNAi bien entendu....
En ce qui concerne l'emprunte parentale, on observe par exemple la perte de l'emprunte d'Igf2 dans certains cancers colo-rectaux ou du poumon!

Que pensez vous de l'étude des canaux ioniques, je pense à ca car une médaille d'or CNRS a été attribué sur ce sujet en 2000?

Oui et Peter Agre a même reçu le prix Nobel en 2001 je crois, pour l'aquaporine! Mais je ne suis pas certain que ce soit le domaine le plus porteur à l'avenir...
C'est très intéressant mais ça a surtout explosé dans les années 90!

A+
Vinc

[invite94fb25de]

comme thèmes très en vogue en ce moment c dans le domaine de la bio santé: les molécules actives tels que les anti cancéreus ect extraites des organismes marins

[inviteb73ce398]

Bref, on se rend compte que toutes les tumeurs sont génétiquement uniques, qu'au sein de la tumeur il y a une incroyable hétérogénéité, et que l'on ne peut pas compter sur le screening seul pour avancer : l'approche fonctionelle et signalétique en particulier reste essentielle!

Je ne suis pas sur d'avoir suivi toute ta logique, mais il me semble que l'avenir de la biologie reside dans la capacite a introduire un maximum de donnees et de pouvoir les valider dans des systemes modeles complexes. Dans cette logique, on en est au "debrouissaillage". Un peu a l'image de ce que dit Vinc, on a actuellement le sentiment d'etre noyé dans le flux d'informations lies aux "screening" a grande echelle qui generent une somme d'informations qu'il nous est difficile voire impossible d'integrer actuellement du fait qu'on ne dispose pas des outils technologiques et conceptuels pour les integrer. Cependant, ces informations sont indispensables a la comprehension de mecanismes et les gerer me semble etre l'avenir, d'autant plus s'ils concernent des problemes de sante publique.

[Vinc]

Je ne suis pas sur d'avoir suivi toute ta logique, mais il me semble que l'avenir de la biologie reside dans la capacite a introduire un maximum de donnees et de pouvoir les valider dans des systemes modeles complexes. Dans cette logique, on en est au "debrouissaillage". Un peu a l'image de ce que dit Vinc, on a actuellement le sentiment d'etre noyé dans le flux d'informations lies aux "screening" a grande echelle qui generent une somme d'informations qu'il nous est difficile voire impossible d'integrer actuellement du fait qu'on ne dispose pas des outils technologiques et conceptuels pour les integrer. Cependant, ces informations sont indispensables a la comprehension de mecanismes et les gerer me semble etre l'avenir, d'autant plus s'ils concernent des problemes de sante publique.

Non je ne parlais pas forcément de l'outil bio-informatique. Toutes ces approches globales sont très importantes mais ne pourront pas remplacer les études fonctionelles... et je redis qu'elles ne permettent pas à elles seules de comprendre la progression tumorale.
Du point de vue cellulaire et fonctionelle, il faut générallement entre 5 et 7 évènements pour qu'un cancer se déclenche alors que du point de vue du DNA array par exemple on a la plupart du temps un pattern d'une centaine de gènes minimum qui sort : il y a ici une contradiction liée au fait qu'avec le DNA array on a une information globale sur le nombre de gènes potentiellements impliqués mais pas sur l'ordre de ces évènements, les relations de cause/conséquence entre ces gènes ne sont pas connues et la bioinfo n'est pas non plus utilisée dans ce sens.

A+
Vinc

[inviteb73ce398]

Non je ne parlais pas forcément de l'outil bio-informatique.

Je ne parlai pas que de ca non plus.

Toutes ces approches globales sont très importantes mais ne pourront pas remplacer les études fonctionelles... et je redis qu'elles ne permettent pas à elles seules de comprendre la progression tumorale.

Je ne l'ai pas dis non plus.

Du point de vue cellulaire et fonctionelle, il faut générallement entre 5 et 7 évènements pour qu'un cancer se déclenche alors que du point de vue du DNA array par exemple on a la plupart du temps un pattern d'une centaine de gènes minimum qui sort : il y a ici une contradiction liée au fait qu'avec le DNA array on a une information globale sur le nombre de gènes potentiellements impliqués mais pas sur l'ordre de ces évènements, les relations de cause/conséquence entre ces gènes ne sont pas connues et la bioinfo n'est pas non plus utilisée dans ce sens.

C'est exactement ce que je voulai souligner: l'association entre centaines de genes potentiellement deregules, le nombre apparemment reduit "d'evenements" pour qu'un cancer se developpe et l'apparente contradiction que tu y vois. C'est justement en essayant de faire un lien d'une cause a un effet qu'on se trompe parce qu'effectivement, tu le dis toi meme, les relations potentielles ne sont pas connues. Ce n'est pas pour autant que c'est contradictoire et ce n'est pas pour cela qu'il faudrait balayer d'un revers de la main ces données. Mon sentiment actuel (fonde ou pas, a voir) est que dans la majorite des cas, on utilise ces donnees a grande echelle pour expliquer des modeles deja en place, bien souvent obtenu par raisonnement lineaire (je caricature: mutation, transformation, donc mutation importante). Or, c'est de toute evidence plus complique et c'est en integrant le plus grand nombre de combinaison possible qu'on aura une vue plus globale et specifique a la fois. Bref, combine des approches dites hauts debits a des modeles experimentaux un peu plus complexes que ce que l'on fait aujourd'hui.

[Vinc]

Ce n'est pas pour autant que c'est contradictoire et ce n'est pas pour cela qu'il faudrait balayer d'un revers de la main ces données.

Est ce que c'est ce que j'ai dit..... Non absolument pas!
J'ai simplement dit que ces techniques seules ne pouvaient pas nous permettre de retracer la progression tumorale.
Lorsque je dis que c'est contradictoire c'est que le nombre de gènes trouvés dans les 2 cas n'est pas du tout du même ordre de grandeur ce qui veut simplement dire que ce sont des techniques apportant des infos différentes!
Seulement lorsque l'on s'est amusé à faire du DNA array dans les tumeurs on a été assez surpris de trouver autant de gènes...il ne faut pas l'oublier! Preuve qu'au départ dire "le DNA array c'est super mais ca reste une approche globale à combiner avec le reste" n'était pas spécialement répandu! Certains voyaient même le déclin de la bioch/bio cell classique avec l'arrivée du haut débit....
Je n'ai absolument rien contre ces techniques et je suis même dans une unité qui les utilise à tours de bras (bien que je ne m'en serve pas moi même).

Mon sentiment actuel (fonde ou pas, a voir) est que dans la majorite des cas, on utilise ces donnees a grande echelle pour expliquer des modeles deja en place

Oui tout à fait!

bien souvent obtenu par raisonnement lineaire (je caricature: mutation, transformation, donc mutation importante).

Mouai là je suis un peu moins d'accord mais passons....

Or, c'est de toute evidence plus complique et c'est en integrant le plus grand nombre de combinaison possible qu'on aura une vue plus globale et specifique a la fois. Bref, combine des approches dites hauts debits a des modeles experimentaux un peu plus complexes que ce que l'on fait aujourd'hui.

Oui et..........? Je n'ai jamais dit le contraire! J'ai dit que le haut débit seul n'était pas la solution.....c'est tout ce que j'ai dit!

A+
Vinc

[inviteb73ce398]

Est ce que c'est ce que j'ai dit..... Non absolument pas!
J'ai simplement dit que ces techniques seules ne pouvaient pas nous permettre de retracer la progression tumorale. Lorsque je dis que c'est contradictoire c'est que le nombre de gènes trouvés dans les 2 cas n'est pas du tout du même ordre de grandeur ce qui veut simplement dire que ce sont des techniques apportant des infos différentes!

C'est la qu'on nest pas forcement d'accord. Tout du moins, qu'il y a peut-etre un probleme de comprehension . Le fait que ca apporte des infos differentes, pas de doutes. Mais ca n'a rien a voir avec une contradiction.

Seulement lorsque l'on s'est amusé à faire du DNA array dans les tumeurs on a été assez surpris de trouver autant de gènes...il ne faut pas l'oublier! Preuve qu'au départ dire "le DNA array c'est super mais ca reste une approche globale à combiner avec le reste" n'était pas spécialement répandu! Certains voyaient même le déclin de la bioch/bio cell classique avec l'arrivée du haut débit....

C'etait accorder un peu trop de valeur aux donnees de DNA array. Que signifie un profil d'expression de gene sans son equivalent en proteine?

Je n'ai jamais dit le contraire! J'ai dit que le haut débit seul n'était pas la solution.....c'est tout ce que j'ai dit!

Et moi tout ce que je dis c'est que la puissance des techniques a haut debit ne sera totalement exploitee que si elles sont combinees et integrees a des systeme biologiques complexes (multicellulaires). On doit profiter de ces techniques pour sortir des systemes simples, voire simplistes (genre culture cellulaire). Qu'on ne se meprenne pas, je ne renie pas ces systemes, mais je dis juste qu'il faut voir plus loin. On parle de l'avenir non?

[Vinc]

C'est la qu'on nest pas forcement d'accord. Tout du moins, qu'il y a peut-etre un probleme de comprehension . Le fait que ca apporte des infos differentes, pas de doutes. Mais ca n'a rien a voir avec une contradiction.

Non en fait j'expliquais la "pseudo contradiction" part l'apport d'infos différentes....

C'etait accorder un peu trop de valeur aux donnees de DNA array. Que signifie un profil d'expression de gene sans son equivalent en proteine?

Je suis entièrement d'accord!! Mais c'est malheuresement comme ça que c'était perçu au départ par certains biologistes, et même encore maintenant.... Mais je n'ai jamais dit que j'étais d'accord avec ce raisonnement, bien au contraire!

On doit profiter de ces techniques pour sortir des systemes simples, voire simplistes (genre culture cellulaire).

Là j'ai peur de ne pas te comprendre car le DNA array est fait sur des cultures cellulaires la plupart du temps.... mais je comprend ton idée de fond et suis d'accord!

A+
Vinc

[inviteb73ce398]

Là j'ai peur de ne pas te comprendre car le DNA array est fait sur des cultures cellulaires la plupart du temps.... mais je comprend ton idée de fond et suis d'accord!

Ce que ca voulait dire, c'est qu'on commence a avoir une batterie de techniques, d'outils qui generent des quantites gigantesques de donnees. Elles sont souvent utilisees pour confirmer des modeles existant en extrayant les infos qui conviennent et en faisant abstraction de la majorite des donnees sous pretexte que c'est trop complique. De ce fait, on neglige une bonne source d'infos.
De plus, je pense qu'on peut commencer a envisager la comprehension des mecanismes dans des systemes complexes. La culture cellulaire a initialement ete mise en place pour avoir le controle de la majorite des parametres experimentaux. Cela a apporte et apportera encore de precieuses informations, mais il est aussi temps de reconsiderer des modeles plus complexes (animaux entiers, embryon, etc...) en imaginant des screening utilisant ces systemes a haut debit mais appliques a des systemes complexes. Au dela de l'experimentation pas necessairement facile a mettre en place, il faudrait, a mon avis, le renfort de statisticiens/ mathematiciens pour gerer ce genre de problematiques. Je ne sais pas si c'est plus clair, mais j'aurai essaye

[Vinc]

Ce que ca voulait dire, c'est qu'on commence a avoir une batterie de techniques, d'outils qui generent des quantites gigantesques de donnees. Elles sont souvent utilisees pour confirmer des modeles existant en extrayant les infos qui conviennent et en faisant abstraction de la majorite des donnees sous pretexte que c'est trop complique. De ce fait, on neglige une bonne source d'infos.
De plus, je pense qu'on peut commencer a envisager la comprehension des mecanismes dans des systemes complexes. La culture cellulaire a initialement ete mise en place pour avoir le controle de la majorite des parametres experimentaux. Cela a apporte et apportera encore de precieuses informations, mais il est aussi temps de reconsiderer des modeles plus complexes (animaux entiers, embryon, etc...) en imaginant des screening utilisant ces systemes a haut debit mais appliques a des systemes complexes. Au dela de l'experimentation pas necessairement facile a mettre en place, il faudrait, a mon avis, le renfort de statisticiens/ mathematiciens pour gerer ce genre de problematiques. Je ne sais pas si c'est plus clair, mais j'aurai essaye

Si c'est très clair et je suis d'accord!
D'ailleurs la plupart des choses que tu as mentionnées sont déjà d'actualité, en tout cas dans l'Institut où je travaille! Les collaborations avec les mathématiciens/statisticiens sont légions! L'approche in vivo globale commence également à émerger avec notamment la microscoppie sur animaux entiers.... C'est un début mais je pense également que ça va se développer!

A+
Vinc

[jmbowie]

La transcriptomique, l'exploration des génomes bactériens, la synthèse/recherche de nouveaux antibiotiques et celle sur leur supports moléculaires.

En plus de ce qui a été cité précédemment