marche sur chromosome

[mimita20]

Salut tous le monde !
En revisant mon cours de génétique moléculaire, je me suis arretée dans le chapitre de "marche sur chromosome" car j'ai rien pigé
on utilise 2 banques génomiques pour cette techniques ( c'est quoi le But ????) et la sonde utilisée au départ doit etre proche du géne morbide (Pourquoi ????) d'ailleurs dans tout le cours, le prof insiste que le marqueur génétique se trouve trés proche et c'est lui qui nous aide à détécter le géne morbide mais c'est pas lui qui est responsable de la maladie, donc comment ça je veus dire si la sonde utilisée est hybridée avec ce marqueur, comment elle peut révéler le géne morbide qui est juste à coté???, normalement ça doit étre hybridée avec le géne morbide lui même ?????????
MERCI D'AVANCE POUR TOUS VOS ECLAIRCISSEMENTS CONCERNANT LA MARCHE SUR CHROMOSOME EN GENERAL
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[Ecthelion22]

Salut,
c'est un cours qui n'est pas facile à expliquer avec des mots, mais je vais tenter le coup. J'imagine que c'est dans le cadre de la génétique inverse que tu vois ça.

L'objectif final est de trouver quel est le gène morbide. Pour celà on cherche d'abord quel est le chromosome qui le porte. Une fois qu'on connait le chromosome, on "zoome". On ne connait pas le gène, donc on ne connait pas ni sa séquence ni sa localisation exacte sur le chromosome. Par contre, on connait des gènes disposés à intervalles assez réguliers. Ce sont les marqueurs. Plus les marqueurs sont proches du gène morbide, moins ils ont de chance d'être séparés de ce gène lors d'une méiose. Voilà plus les marqueurs sont proches, plus on est précis et plus la zone de recherche est petite. On a besoin de 2 marqueurs, un de chaque côté.
En faisant des études sur les familles, on repère ces gènes marqueurs ce qui permet de dire que le gène morbide est dans un segment du chromosome.

Quand la zone est assez petite, on va étudier le génome base par base.
On utilise donc des banques d'ADN. La banque d'ADN, c'est de l'ADN double brin digéré en fragments irréguliers par une enzyme de restriction. Mais les fragments sont mélangés, ils ne sont plus dans l'ordre initial.

Je vais tenter un parallèle manuel : prends une feuille de papier dans la longueur, fais des traits de couleurs différentes à intervalles irréguliers dans la largeur de la feuille et découpe des bandes dans la longueur (disons 10). Tu te retrouves avec 10 bandes de même longueur totalement superposables avec des traits de couleurs aux mêmes endroits. Ces 10 bandes sont 10 molécules d'ADN.
Ensuite découpe chaque bandes de papier pour en faire des petits segments, arrange toi pour qu'il y ait parfois 1 et parfois 2 (voire 3) traits de couleur sur les bandes et que les segments soient différents en taille selon tes 10 bandes. Mélange le tout et ton objectif est de reconstituer les 10 bandes d'origine. C'est la marche sur le génome.

En pratique, tu sais quelle est la couleur du marqueur des bords. On cherche donc à faire apparaître un site, par hybridation (et reconnaissance par fluorescence par exemple). Si ce site n'a pas été coupé par une enzyme de restriction, il doit apparaître 10 fois (puisque tu as 10 banques). Puis tu cherches à "allumer" un second site. Ce site s'allume sur de nouveaux segments mais aussi sur des segments déjà allumés par le précédent marqueur. Ce sont des segments qui se chevauchent (car ils n'ont pas été coupés aux mêmes endroits à cause des différentes enzymes de restriction). Ainsi, par recoupement, il est possible de reconstituer l'ordre des fragments de tes 10 banques génomiques

Pour poursuivre avec le parallèle des bandes de papier, mettons que tu ais un segment avec du jaune et du rouge (n°1), un avec du rouge, du jaune au milieu et du gris (n°2), un autre avec du gris et du vert (n°3), un avec du vert et du noir (n°4) et un dernier avec seulement du noir (n°5). Tu sais que tu as 2 banques. Et bien tu peux remettres à la suite 1, 3 et 5 d'un côté et 2 et 4 de l'autre. Et en déduire la séquence rouge, jaune, gris, vert et noir.

Maintenant qu'on a remis les segments dans l'ordre, on cherche à connaître l'enchaînement exact des nucléotides.
Une fois qu'on connaît tout l'enchaînement du grand segment entre les 2 gènes marqueurs (donc ici entre noir et rouge), on cherche des séquences connues (genre TATAbox, promoteurs...) pour repérer les possibles gènes, leurs exons et leurs introns. En fonction de la séquence du gène ainsi découvert, on imagine la tête que pourrait avoir la protéine qu'il code. Et en fonction des propriétés de cette protéine, on en déduit un rôle possible et son implication ou non dans une maladie.

Donc pour résumer :
- Localisation du gène morbide en partant de large pour finir sur un petit segment
- Remise dans l'ordre des morceaux d'ADN de banques pour ce segment
- Analyse des séquences de ce segment pour trouver des gènes
- Modélisation des protéines issues de ces gènes, analyse de leurs fonctions possibles pour savoir si elles interviennent ou non dans une maladie héréditaire.

Voilà j'espère avoir été clair. Par écrit c'est pas simple. Une amie qui avait bloqué sur ce chapitre avait mieux compris avec les bandes de papier sous les yeux mais par écrit...
Cordialement,
Ecthelion

[mimita20]

merci pour cet effort appréciable pour m'expliquer cette "marche sur chromosome", mais comme vous avez dis c'est pas evident de comprendre par ecrit, mais quand même l'explication théorique était d'une grande utilitée, par contre le pratique (le truc du papier) j'ai pas pu tirer grande choses ...
En tous cas merci