Recherche OGM? ADN introuvable? Option?

[christ]

Recherche OGM? ADN introuvable? Option?

Courant 2007, un groupe de personnes a cherché, dans un canton de Bretagne, les parcelles déclarées ensemencées OGM. Il a fini par avoir une suspicion sur une parcelle. Les analyses effectuées sur bandelettes Elisa début septembre, démontrent la véracité de la localisation de la parcelle. Il a été effectué ensuite deux analyses en laboratoire (PCR), deux laboratoires différents à trois semaines d’intervalle. Les résultats d’analyses démontrent la présence du promoteur 35S et du type d’OGM.



La plainte déposée en gendarmerie à réouvert une analyse sous couvert judiciaire.
Les échantillons étant prélevés après ensilage de la parcelle, labour et ensemencement. Echantillon donc surtout de racines et de bas de tige.
Les résultats d’analyses de l'enquête actuels sont:

L’état de décomposition des résidus de tiges, feuilles et racines provenant de la parcelle n’a pas permis d’extraire de l’ADN en quantité suffisante pour procéder à leurs analyses.

En tout état de cause, il n’a pas été établi la présence d’un maïs génétiquement modifié.



Je me pose beaucoup de questions. La première qui me vient à l’esprit.
---A partir d'un organisme, comment ne pas pouvoir en extraire un morceau d'ADN?

D'autre part, je me demande:
---quels moyens possède la science afin de déterminer la présence d'un OGM et de lui donner un nom?

---Quelles options la procédure doit-elle appliquer afin d'aller plus loin dans la recherche d'OGM?

Il y a sûrement d'autres questions à se poser!

J'ai besoin d'un cours (peut etre de biologie moléculaire) pour préciser ceci

merci de correspondre
vos réponses, vos idées et tous liens qui peut aider à comprendre, expliquer.

Christian

bonsoir,
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[invite02cefc91]

Bonsoir,


Lorsqu'on a un organe en décomposition comme les feuilles, racines ... les cellulules meurent petit à petit et par conséquent l'ADN se dégrade rendant impossible une extraction d'ADN correcte ne permettant pas l'identification d'un OGM.


Tu aimerais avoir comme renseignements sur les OGM? (fabrication , mécanisme ...).

N"hésites pas à me contacter je me ferais un plaisir de t'expliquer.

[Yoyo]

Salut

Si tu ne sais pas quel OGM tu recherches ca va etre coton de l'identifier! Il va falloir tester toutes les possibilités.
Il faut faire attention aux tests PCR car un resultat positif n'est pas la preuve irrefutable ! en effet il y a souvent des phénomenes aspecifiques qui aboutissent a l'obtention d'un signal en PCR mais ce signal n'est pas le bon! il faut donc vraiment etre prudent. Sans compter que la moindre contamination lors de l'experience deviens problematique.

Yoyo

[christ]

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Bonsoir,

Lorsqu'on a un organe en décomposition comme les feuilles, racines ... les cellulules meurent petit à petit et par conséquent l'ADN se dégrade rendant impossible une extraction d'ADN correcte ne permettant pas l'identification d'un OGM.

Je vois bien que la question que je vais poser ne va pas être simple mais. En combien de temps le matériel génétique de la plante ici du maïs disparaît après avoir été ensevelis sous la terre ? La matière récupérée dans le champ à passer 6 semaines à peut près sous terre. D’après ce que j’ai vu de visu le matériel récolter, expertiser n’est pas en état de décomposition. Il est entier, surtout les racines. A l’heure actuelle il a surtout séché. Cela revient à dire en combien de temps un maïs coupé meure donc génétiquement ?

Il faut faire attention aux tests PCR car un résultat positif n'est pas la preuve irréfutable !

Faux positif…. OK

Si tu ne sais pas quel OGM tu recherches ca va etre coton de l'identifier! Il va falloir tester toutes les possibilités.

l’OGM rechercher est connu pour avoir fait plusieurs possibilités (pas toutes dommage). Deux labos ont identifié un OGM particulier parmi d’autre rechercher dans les échantillons du groupe.

une question

Combien de temps il faut à un laboratoire pour effectuer une analyse PCR après avoir reçu les échantillons ?

Christian

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[A voir en vidéo sur Futura]

[christ]

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Bonsoir,

autres questions

Comment se fait-il que le laboratoire n’a pas réussit à extraire de l’ADN dans l’ensilage afin de procéder à l’analyse ? Il y a bien des graines de maïs dans l’ensilage, des morceaux presque intact. Si le grain est coupé cela veut-il dire qu’il est mort et qu’il n’y a plus d’ADN ?

Christian

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[piwi]

le problème c'est que je pense que ce que vous appelez tige seché doit être la trame fibreuse de la plante qui doit effectivement pouvoir perdurer longtemps. Maintenant pour ce qui est des cellules qui contiennent l'ADN, il y a un moment qu'elles sont mortes et que leur macromolécules (ADN, ARN, protéines) doivent avoir commencé à se dégrader.
Le milieu de conservation (de la terre) n'en étant pas un, un maximum d'enzymes de bactéries trainent pas là et il ne doit pas rester grand chose à analyser au bout de 6 semaines. A mon avis rien qui puisse l'être dans le cadre d'un laboratoire d'analyse.
Pour le grain de mais, c'est peut être gros mais ca n'est pas riche en cellules. Je ne sais pas combien vous en aviez mais là encore, ca n'est pas avec quelques grains de mais secs que vous allez faire des miracles.

Maintenant que faire? Rien...
Le mieux aurait été de prélever du materiel frais.

[christ]

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Re

ce que vous appelez tige seché doit être la trame fibreuse de la plante qui doit effectivement pouvoir perdurer longtemps.

Tout à fait cela
Merci Piwi

Par contre

Le milieu racinaire lui se dégrade t’il aussi vite ? C’est beaucoup plus compact.

Christian

++++++

[piwi]

Vous savez, les racines forment un organe de la plante qui ne survit que si le reste de la plante est présente. Un peu comme votre jambe meurt si elle se trouve détachée de votre corps (je ne vous le souhaite évidemment pas).
La terre est un véritable nid à microrganismes, à enzymes, c'est humide. Tout est en place pour que la dégradation des cellules soit importante.

Cordialement,
piwi

[christ]

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Question

Une annalyse Elisa serait-elle encore positif?

Christian

+++++

[piwi]

Ah non ça aucune chance vu l'état de votre matériel.
La PCR est ce qui se fait de plus sensible donc si ça ne marche pas, il ne reste guère d'espoir.

Cordialement,
piwi

[invitef87b7d1f]

Salut,
N'existe-t-il pas aussi la possibilité de faire germer qq grains de maïs pour ensuite faire les tests ? Certains carractères spécifiques à l'ogm recherché se retrouveront-ils dans les nouveaux plants ?

@+

[piwi]

La question est: est ce que ces grains qui sont là depuis des semaines pourraient germer?
Je ne suis pas spécialiste des plantes alors je n'ai pas vraiment la réponse. En principe un grain de mais devrait pouvoir germer. Mais si il ne l'a pas fait en 6 semaines c'est peut être qu'il ne le fera jamais.

Sinon, pour ce qui est de la question posée, en pratique oui, le génotype de la graine nous renseigne sur celui des parents de la même manière que le génotype d'un enfant nous renseigne sur celui des parents.

Cordialement,
piwi

[christ]

+++++

Bonjour,

Ah non ça aucune chance vu l'état de votre matériel.
La PCR est ce qui se fait de plus sensible donc si ça ne marche pas, il ne reste guère d'espoir.

Je me doutais bien, mais maintenant pourquoi cela ne marche pas ? Qu’est ce que l’on recherche avec le teste en PCR et qu’est que l’on recherche avec un teste Elisa ? Leur mode de fonctionnement étant différent ou se trouve la différence entre les deux ?

Je cherche différente option que le groupe possède pour trouver ce qu’ils cherchent.

Quelle valeur on les bandelettes Elisa lors des testes effectuer ? Sont t’elles viables ?

N'existe-t-il pas aussi la possibilité de faire germer qq grains de maïs pour ensuite faire les tests ? Certains carractères spécifiques à l'ogm recherché se retrouveront-ils dans les nouveaux plants ?

Bien sur si on retrouve des graines entières, cela je pense possible. Ou alors avec les morceaux on peut refaire l’OGM la plante, est ce possible ? Il va falloir beaucoup de chance si ce n’est qu’une contamination ?

A bientôt

++++++

[piwi]

Le test PCR et le test ELISA diffèrent sur au moins deux points capitaux.
Le premier point est l'objet détecté et le second point est la sensibilité.

L'objet de la PCR est de détecter la présence d'une séquence d'ADN dans un génome.
L'objet du test ELISA est de détecter la présence d'une protéine donnée dans un extrait cellulaire.
Donc PCR et ELISA ne détectent pas la même chose.

L'autre différence est sans doute plus subtile à apprécier. Au cours d'une PCR on amplifie des millions de fois la séquence d'ADN que l'on souhaite identifier. Cette amplification permet ainsi de détecter notre cible même en présence infinitésimale. Certaines équipes pointues parviennent ainsi à trouver la présence d'un gène donné dans une cellule unique (c'est ainsi que l'on procède au DPI dont nous discutions sur ce forum il y a quelques temps).

Le test ELISA ne procède pas par amplification. Il s'agit de capturer la protéine recherchée sur une bandelette puis d'en révéler la présence. Selon le moyen détecter il en faut plus ou moins.

Maintenant parlons de stabilité. Une fois la cellule morte son matériel se dégrade. Du moins stable au plus stable nous trouverons en premier les ARNs puis les protéines et enfin l'ADN.
Vous comprenez que si le test PCR n'a pas permis de mettre en évidence une quantité même infinitésimale d'ADN alors il n'y a aucune chance qu'il reste assez de protéines pour réaliser un test ELISA. En fait, si vous ne pouvez plus identifier de l'ADN alors vous ne pourrez plus rien faire de votre prélèvement.

[christ]

Bonjour,

merci de combler mes connaissances

Le test PCR et le test ELISA diffèrent sur au moins deux points capitaux.
Le premier point est l'objet détecté et le second point est la sensibilité.

L'objet de la PCR est de détecter la présence d'une séquence d'ADN dans un génome.
L'objet du test ELISA est de détecter la présence d'une protéine donnée dans un extrait cellulaire.

Suivant le comité de préfiguration d’une haute autorité sur les organismes génétiquement modifiés
Et l’avis sur la dissémination du MON810 sur le territoire Français

http://www.developpement-durable.gou..._cle1fe248.pdf

Les effets biologiques et microbiologiques de la dissémination ou de la persistance observée des molécules Bt ou du transgène dans le sol (plus de 200 jours) (Crecchio, Stotzky, 2001) sont à examiner.



Si je comprend bien la molécule la protéine Bt est susceptible de persisté 200 jours dans le sol si la protéine est présente il y a aussi de l’ADN ou s’il n’y a pas d’ADN cela indiquerait qu’il n’y est pas la protéine.

Questions

Est-ce que l’on peut rechercher uniquement le transgène dans des morceaux d’ADN ?

Est-ce que l’on peut rechercher uniquement le Promoteur dans des morceaux d’ADN ?

Est-ce que le protocole d’expérimentation ne le prévoit ?

Merci pour tout

Christian

++++++

[piwi]

Bonsoir,

J'ai cherché les références du rapport et voici le résultat.
Crecchio 2001. N'existe pas! La référence est sans doute mauvaise, j'en avais déjà repéré une dans le rapport. Ca n'en fera jamais que deux.
Stotzky 2001. N'est qu'un court article sans protocole qui décrit les effets de Bt (ou plutôt le non effet du Bt) dans les sols. Je n'entre pas dans le détail qui ne nous intéresse pas ici mais il intéressant de remarquer que l'information rapportée ici contraste singulièrement avec ce à quoi elle sert dans le rapport.
Il est donné une référence vers un travail précédent* (pourquoi les rapporteurs ne citent pas celui ci? Mystère) où ils décrivent que la protéine peut persister jusqu'à 180j dans certains sols (riches en kaolin par exemple) lorsqu'elle est combinée à d'autres substances.

Maintenant quelques remarques:
Un transgène est un morceau d'ADN. Vous comprenez que votre première question est circulaire et n'a pas grand sens.
Un promoteur est un morceau de gène qui lui même est un morceau d'ADN. La même remarque que précédemment s'applique donc.
Je ne comprends pas votre dernière question.

Si la protéine persiste c'est qu'elle est stabilisée. Il ne faut pas vous imaginer qu'un gène laché dans le sol continue d'assurer une production de protéines. Pour synthétiser des protéines il faut tout un environnement cellulaire qui n'existe pas librement dans le sol.

*J'ai retrouvé la méthode utilisée dans les papiers. Il s'agit d'un test ELISA tel que celui que vous avez du réaliser. Je vous donne la référence du produit utilisé: http://www.envirologix.com/artman/pu...ticle_46.shtml
Le protocole d'utilisation se trouve ici: http://www.envirologix.com/library/as003bginsert.pdf

Bon courage,
cordialement,
piwi