Western Blot analysis

[merins]

Bonjour tout le monde;

Lorsqu'on réalise la manipulation de Western Blot sur gel de polyacrylamide SDS, les protéine sont dénaturées par le SDS, Est ce que le cite de reconnaissance avec l'AC spécifique reste intacte,

Moi je pense que lorsque la protéine est dénaturée, elle perd sa conformation tertiaire et elle devient linéaire => donc c'est impossible de faire une liaison avec l'AC spécifique

Merci d'avance

[piwi]

Ben mince alors! Des milliers de personnes étudient des artéfacts alors?

La réalité est effectivement que certains anticorps ne reconnaissent plus leur cible en WB. Pour sauver la situation on peut tenter plusieurs choses. On peut par exemple faire ses gels à l'urée pour ne pas dénaturer les protéines de la même manière et essayer de préserver son épitope. On peut renaturer les protéines en éliminant le SDS progressivement. On peut même essayer un gel non dénaturant...


Donc ce que vous pensez c'est bien mais faudrait peut être le moduler un peu non?

[Vinc]

Oui et j'ajouterai que la plupart des anticorps reconnaissent des épitopes sous forme de séquences et non pas conformationnels.
Pour l'urée, quelle concentration utilises-tu pour ton gel? Parce les buffer à urée 8M sont au moins aussi violents que le guanidium pour dénaturer les protéines.

V.

[piwi]

Je ne l'ai jamais mis en œuvre pour l'instant mais de mémoire dans mon protocole c'est 6M, en tout cas pas 8M (j'ai souvenir des 8M pour des dénaturations super violentes).

[Vinc]

Dans le mien c'est 8M et 6M c'est déjà énorme (le guanidium étant lui aussi à 6M)

V.