Différence entre pseudogènes et transposons

[invitec46ec66d]

Bonjour,

Tout d'abord je m'excuse si cette question a été posée auparavant, j'ai lu plusieurs sujets sans vraiment trouver de réponses.

Alors voilà, si j'ai bien compris un transposon peut être de 2 types (d'après mon cours). Il peut être créé par duplication directement à partir de l'ADN ou être un rétroposon et après transcription et épissage du gène initial, il y a action d'une transcriptase reverse puis intégration dans le génome (dans ce cas on n'a plus les introns).

D'autre part, nous avons vu que les pseudogènes pouvaient être créés par duplication puis l'élément issu de la duplication subira des mutations, ou de la même façon que les transposons être issus du fonctionnement de la transcriptase reverse.

Si ceci est correct, alors quelle est la différence entre les 2 ? Est-il simplement question du fait que le pseudogène est inactif alors que le transposon sera lui actif ?

Merci par avance d'une éventuelle réponse.
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[MaliciaR]

Salut,

Ton histoire de transposons est tres embrouillee. Deja, faudrait mieux dire chez quels organismes tu te situes : Eucaryotes ou Procaryotes. Si tu es chez les Eucaryotes, tu trouveras plusieurs cas de figure partages en 2 grandes classes : les transposons (cad ceux qui transposent par un intermediaire ADN) et les retrotransposons (ceux qui transpose via ARN). La, tu auras affaire a des histoires telles reverse transcriptase. Regarde les articles sur wiki qui en parlent, ils sont bien faits

Sinon, le pseudogene est un ex-gene, cad une copie de gene bourree de mutations aboutissant a des STOP en phase. Donc, cote expression c'est un peu mort

Je te propose de deja revoir tes definitions et de revenir avec des questions moins "cours magistral".

(desolee pour le manque d'accents, je suis sur un qwerty depuis hier)

[invitec46ec66d]

Bonjour,

Après recherche de quelques informations, j'ai compris mon problème. Nous n'avons pas vu les rôles des transposons et des pseudogènes, nous avons vu rapidement le mécanismes de la transcriptase inverse et fin. De plus le prof n'étant pas français ça n'aide pas à la compréhension.
Bref en fait j'ai compris qu'il y avait bien des transposons et des rétrotransposons ainsi que des pseudogènes et des rétropseudogènes (d'après quelques bon bouquins de BU) d'où mon analogie entre les 2. Après ce sont 2 notions très différentes je l'ai compris en lisant quelques articles.

Mais juste une précision : les transposons peuvent se déplacer de façon autonome dans le génome et se multiplier alors ça ne devrait pas provoquer des problèmes d'expression de gènes par exemple si ils s'insèrent au beau milieu d'une séquence d'ADN codant! J'ai un peu de mal à comprendre comment ça ne pose pas de problèmes ...

[MaliciaR]

Mais juste une précision : les transposons peuvent se déplacer de façon autonome dans le génome et se multiplier alors ça ne devrait pas provoquer des problèmes d'expression de gènes par exemple si ils s'insèrent au beau milieu d'une séquence d'ADN codant! J'ai un peu de mal à comprendre comment ça ne pose pas de problèmes ...

Euh... Pourquoi consideres-tu que linsertion d'un element transposable en plein milieu d'un gene X ne pose pas de probleme?

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitec46ec66d]

Non, je ne voulais pas dire que ça n'avait aucun impact, mais puisque les transposons peuvent se multiplier en mode 'copier-coller', le génome devrait en être rempli... et les transposons désactiveraient plein de gènes. Hors il nous reste encore des gènes fonctionnels!

La génétique c'est pas mon point fort, mais ça veut donc dire qu'en permanence on à des gènes activés et inactivés dans le génome? Ce sont les phénomènes de duplication, translocation .. qui "sauvent" les gènes ?

[Annaick_R]

Bonjour,

Il ne faut pas oublier que c'est chaque cellule individuellement qui est concernée par ces phénomènes. Du coup, il n'y a que 2 "possibilités" :
- soit la modification génétique (duplication, délétion, mutation...) est silencieuse, c'est-à-dire que ça ne change rien pour la cellule (au passage je crois que l'ADN codant représente qq chose comme 1% du génome total chez l'homme, alors il y a de la place) et elle survit.
- soit la modification génétique pose problème et la cellule meurt (excepté dans le cas des mutations des gènes oncogènes qui transforment une cellule saine en cellule cancéreuse, et donc immortelle).

[MaliciaR]

Non, je ne voulais pas dire que ça n'avait aucun impact, mais puisque les transposons peuvent se multiplier en mode 'copier-coller', le génome devrait en être rempli... et les transposons désactiveraient plein de gènes. Hors il nous reste encore des gènes fonctionnels!

Les transposons bougent en mode copy-paste ou en mode cut-paste. Ce qu'i faut voir c'est que :
* les transposons ne sont pas necessairement actifs;
* meme s'ils le sont, leur activite de transposition est regulee, ils ne sont pas la a s'exciser et coller tout le temps
* enfin, comme on l'a precise, un transposon ne tombe pas necessairement dans une sequence codante.

La génétique c'est pas mon point fort, mais ça veut donc dire qu'en permanence on à des gènes activés et inactivés dans le génome? Ce sont les phénomènes de duplication, translocation .. qui "sauvent" les gènes ?

Oui, il y a constamment des genes actives et inactives, mais pour les memes raisons que celles que tu evoques Il est possible d'avoir des modifications du taux d'expression des genes suite a des evenements de transpositions. Mais n'oublie pas qu'en fonction du stade de developpement d'un organisme donne, tu n'auras pas les memes genes exprimes.

Ensuite, il ne faut pas confondre les rearrangements chromosomiques avec des eventements geniques. Les duplications, translocations, inversions, etc. apparaissent. Mais pas avec une idee derriere


[QUOTE=Annaick_R;2044990]Bonjour,

Il ne faut pas oublier que c'est chaque cellule individuellement qui est concernée par ces phénomènes. Du coup, il n'y a que 2 "possibilités" :
- soit la modification génétique (duplication, délétion, mutation...) est silencieuse, c'est-à-dire que ça ne change rien pour la cellule (au passage je crois que l'ADN codant représente qq chose comme 1% du génome total chez l'homme, alors il y a de la place) et elle survit.J'ai une pitite question : est-ce que tu admets qu'une duplication d'un gene tres hautement exprime n'aura pas d'incidence?
Juste que je n'arrive pas a comprendre comment ca peut se faire qu'une modification aussi importante qu'une duplication ou translocation n'aura pas d'influence sur la cellule a la generation suivante. Parce qu'ici, si je comprends bien, tu regardes la generation n a laquelle une modification se produit, et sa consequence en n+1.

- soit la modification génétique pose problème et la cellule meurt (excepté dans le cas des mutations des gènes oncogènes qui transforment une cellule saine en cellule cancéreuse, et donc immortelle).

Mouais...

Je ne suis pas super super d'accord avec cette distinction manicheenne. Une modification peut avoir pour consequence une baisse de la fitness, donc pas de mort a la generation suivante. Enfin, tu ne precises pas chez quels organismes tu te situes, parce que pour faire des extrapolations de la sorte... Ou, chez l'Humain 1 a 2 % du genome est considere codant. Mais quid chez la Levure? La, c'est du 72-75%. Quid ailleurs? Et autre chose : on n'est pas sur que seule une perturbation de la sequence codant une proteine soit importante; ce que je veux dire, c'est qu'on decouvre de plus en plus des ARN non codants. Ils ont des roles tres divers et son codes par des genes aussi

[invitec46ec66d]

Les transposons bougent en mode copy-paste ou en mode cut-paste. Ce qu'i faut voir c'est que :
* les transposons ne sont pas necessairement actifs;
* meme s'ils le sont, leur activite de transposition est regulee, ils ne sont pas la a s'exciser et coller tout le temps

Eureka ! Je crois que ces éléments essentiels me manquaient pour une meilleure compréhension! J'avais dans l'idée que les transposons bougeaient un peu comme ils voulaient et tout le temps...

Avec tout ça je pense m'en sortir ! J'ai dépassé les connaissances qu'on me demande d'avoir sur le sujet (oui on ne nous demande pas grand chose en fait ! ). Au moins ça aura etoffé ma culture en matière de génétique et pourquoi pas placer ça dans un diner mondain!

Juste pour revenir sur :

soit la modification génétique (duplication, délétion, mutation...) est silencieuse, c'est-à-dire que ça ne change rien pour la cellule

Je croyais que le mutations silencieuses ne concernaient que les mutations géniques et non les mutations chromosomiques (enfin je peux là encore être à côté de la plaque! ). Pour moi une duplication c'est quand même un ajout important de matériel génétique alors il y a une conséquence phénotypique ... (non ?)

[piwi]

D'une manière générale il y a pas mal de rétroposons qui se réactivent durant la meiose. Je ne crois pas que ça ait gêné la reproduction
En revanche, leur réexpression est strictement contrôlée.