Bonjour,
Je cherche un protocole d'extraction d'ARN de foie, à partir de biopsies congelés en cryotube de moins d'1cm de largeur.
On m'a mis en garde contre la difficulté à lyser du foie car très lipidique.
J'ai à disposition soit du tampon RLT (qiagen, minikit rneasy), soit du trizol. je souhaiterai purifier les ARN sur colonne RNeasy minikit avec une digestion DNAse.
Auriez-vous de l'expérience avec ce tissu svp ?
Merci d'avance
J'ai extraits quelques fois de l'ARN du foie grâce au trizol. Ca ne pose aucun problème, Les rendements sont très bons. Il ne faut pas s'inquiéter de la couleur très rouge/brun dans le trizol, c'est juste dû à la présence de sang. Les choses se normalisent après l'extraction par le chloroforme.
Une fois que vous avez vos ARN, j'imagine que vous pouvez faire votre traitement à la DNase.
En ce moment j'utilise le kit nucleospin RNA de Macherey-Nagel. Il y a une étape de DNase. Ca fonctionne plutôt très bien, le résultat est très propre. J'imagine qu'avec un autre kit ça doit aussi parfaitement fonctionner.
Cordialement,
piwi
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
depuis un an j'ai du extraire un bon milliers d'échantillons de foie ou d'hépatocytes, en colonnes et en trizol. Conclusion : c'est pas dur a lyser, bon rendement effectivement et surtout quasiment pas de dégradation (et je passe mes ARN au bain marie a 65° ! ).
Pour le trizol : une tete d'épingle dans 1 mL, broyage au piston et/ou seringue (par exemple 18G puis 20G puis 23G), ensuite chloroforme et tout le tralala. Avec ça j'arrive a facilement 25µg d'ARN.
Pour les colonnes : surtout pas trop de tissu ! il y a un gros risque d'obstruction de la colonne. Pas plus de 30mg ca suffit largement.
Dans les deux cas, chose importante : prélever un bout de tissu congelé de la bonne taille (casser dans l'azote fonctionne bien) et mettre le tissu encore congelé directement dans le tampon (trizol ou RLT), et tout de suite homogénéiser.
