[définition] Votre définition de l'espèce ?

[invite191f8f85]

Bonjour à tous,

Comment définiriez-vous une "espèce" ?

Pour ma part, je trouve qu'on ne peut pas en donner une définition définitive comme celle qui est communément admise :

"Groupe d'êtres vivants pouvant se reproduire entre eux (interfécondité) et dont la descendance est fertile.
L'espèce réunit les êtres vivants présentant un ensemble de caractéristiques morphologiques communes : anatomiques, physiologiques, biochimiques et génétiques." (ref dictionnaire Futura-S)"

L'interfécondité et descendance fertile semblent être les deux propriétés fondamentales et non exclusives de la notion d’espèce. Connaissez-vous des exceptions ?

Pour moi, bien que ne remettant pas en cause la nécessité pratique de classifier les choses, je pense que les espèces n'existent pas, nous sommes tous un continuum de l'espèce unique, l'espèce "vie" (vie terrienne, puisque pour le moment c'est le seul modèle que nous avons).

De la même façon, je n'arrive pas à définir ce qu'est "un gène". Car aucune définition du gène n'est satisfaisante.
Ma définition du gène serait : "patte à modeler" !

Et pour finir, une définition unificatrice de l'espèce et de gène (ou plutôt génomes) serait :

L'espèce vie est un système thermodynamique ouvert, capable de maintenir un état d'ordre élevé.
L'espèce vie existe sous différentes formes adaptées pour maintenir l’état d’ordre face aux conditions environnementales.
L'espèce vie contient une substance universelle (ou plutôt terriverselle) les génomes, pattes permettant de modeler au hasard des formes différentes, formes qui seront ou pas retenues par la sélection (de l'environnement).

La définition de la vie inclus la notion de reproduction (même si on sait tous que le terme "reproduction" est mauvais, il faut le prendre dans le sens "géneration" d'entités vivantes).
La reproduction, pour moi n'est pas une condition necessaire à la vie, car d'une part certains composés non vivantes se reproduisent (coacervats), et d'autre part on peut imaginer que dans des conditions environnementales inaltérables et immuables, la nécessité de reproduction deviendrait obsolète (car plus besoin de génerer de nouveaux variants), nous serions alors immortles, mais vivants !

Qu'en pensez-vous ( ?

A+
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[Zepieton]

....que tu prend des definitions differentes en les sortant de leur contexte et de leur niveau d'application.
L'aspect thermodynamique est une realite (systeme qui cherche a reduire son entropie)... mais La notion d'espece aussi.
A ta question, il existe certaines exceptions, chez certains cichilides (poisssons) capable d'inter-fecondation fertile.
Gene: pate a modeler n'est pas une bonne defintion: mode d'emploi plutot...

[Prolagus]

La définition de l'espèce selon E. Mayr (1963) me semble assez pratique (~utilisable) :
espèce = communauté reproductive de populations, reproductivement isolée d'autres communautés, et qui occupe une niche particulière dans la nature.

[invite27934a1f]

La définition de l'espèce selon E. Mayr (1963) me semble assez pratique (~utilisable) :
espèce = communauté reproductive de populations, reproductivement isolée d'autres communautés, et qui occupe une niche particulière dans la nature.

Je ne suis pas sur que l'on utilise encore le terme de "sous-espèce", n'étant pas encore bien calé en systématique; mais ce terme pourrait convenir à la définition ci-dessus. De plus, dans le cas de populations récement isolées (quelques centaines d'années), les génomes et phénotypes ne sont pas forcément discernables.

Je comprend le point de vue d'Alli sur la "continuité" de la vie sur Terre, mais pour la classification, l'espèce unique, c'est pas hyper pratique...

En ce qui concerne les propriétés régulièrement admises d'interfécondité et de descendance fertile, en théorie, elles ne catégorisent que la faculté de 2 génomes à s'unir lors de la reproduction (et à fabriquer par la suite un individu viable et fécond), mais en pratique, elles catégorisent bien le fait que 2 individus soient génétiquement très proches et a fortiori, appartenant à la même unité qu'on appelle espèce.
Je trouve que c'est une bonne définition car elle assure d'obtenir un groupe d'entités aux phénotypes et mieux encore, aux génotypes très semblables, ce à quoi vise la classification (ainsi que de relier ces différents groupes entre eux.). Il existe bien sur toujours des exeptions (citées plus haut par Zepieton par exemple), mais toute loi a son lot d'exeption (surtout quand elle est arbitraire).

Pour la notion de gène, c'est pareil. Le génome étant de même un continuum, et parfois un véritable inbroglio de séquences de nucléotides codant une séquence d'acides aminés (mise à part pour les chromosomes des eucaryotes qui découpent le génome en plusieurs unités). D'ailleurs la notion de gène est très battue en brèche ces derniers temps, d'après ce que j'ai lu, certaines séquences pouvant servir dans plusieurs protéines, d'autres à rien du tout, sans parler des introns et de tous les processus épigéniques qui régulent le tout.

Quand à l'immortalité, il faudrait que l'individu soit capable d'évolution consciente, dictée par sa réflexion, dans le cas d'un environnement variant; car une évolution inconsciente n'est possible que par sélection de réplicateurs "inexactes" (dont la réplication a un taux d'erreur faible, mais non nulle). Et une telle évolution nécessiterait ... d'être un robot (un artefact animé). Et même dans un environnement parfaitement stable, si nous ne changions jamais de forme, nous serions soit inertes, et donc morts, soit la situation reviendrait au cas précédant, notre propre activité causant notre dégradation, et impliquant nécessérement un processus de régénération conscient. En effet, le plan contenant l'organisation de cet hypothétique individu serait comme tout le reste, forcément soumis à la dégradation du système.
Bref, nous, pauvres humains ne parviendront selon moi à l'immortalité physique que grâce à nos propres artefacts, et donc pas sous forme humaine.

Voila ma petite réflexion sur le sujet.

Ginko.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Prolagus]

Je ne suis pas sur que l'on utilise encore le terme de "sous-espèce"

Si, avec un tas d'acceptions variables selon les auteurs et les lignées au sein desquelles on l'applique...

mais ce terme pourrait convenir à la définition ci-dessus

J'en doute vu que la sous-espèce n'est (classiquement) pas envisagée sous l'angle d'un isolement reproductif (cf. "communauté blablabla"). Enfin bon après ça devient affaire de spécialiste... morphes, complexes, variétés, fouyaya

De plus, dans le cas de populations récement isolées (quelques centaines d'années), les génomes et phénotypes ne sont pas forcément discernables.

En effet... et inversement, aussi, parfois... Le recours à un critère écologique (niche) est une "amélioration" apportée sur le tard par Mayr, et qui permet d'éliminer quelques petits soucis dans la définition d'espèces (elle n'est pas tirée du chapeau comme par magie).

Quant à savoir si l'espèce est une unité tangible au sein de la nature, pas totalement arbitraire... vaste problème - peut-être jeter un oeil du côté de l'épistémologie. Dans les faits, tout le monde s'accorde plus ou moins, c'est déjà ça

[invite27934a1f]

En effet... et inversement, aussi, parfois... Le recours à un critère écologique (niche) est une "amélioration" apportée sur le tard par Mayr, et qui permet d'éliminer quelques petits soucis dans la définition d'espèces (elle n'est pas tirée du chapeau comme par magie).

C'est vrai que la notion de niche écologique inclue non seulement un possible éloignement géographique, favorisant la dérive génétique mais aussi le fait que les contraintes environnementales puisse être différentes pour deux population séparées et donc faire diverger l'évolution de ces deux population.

Quant à savoir si l'espèce est une unité tangible au sein de la nature, pas totalement arbitraire... vaste problème - peut-être jeter un oeil du côté de l'épistémologie.Dans les faits, tout le monde s'accorde plus ou moins, c'est déjà ça

Oui, ça serait bien de savoir si l'espèce est seulement une convention aux sein des scientifiques pour les besoins de la classification ou si une telle unité est réellement définie dans la nature.

Et c'est vrai que c'est déjà bien que tout le s'y accorde plus ou moins... enfin bon, s'ils pouvaient s'accorder sur le reste... parce que ça à l'air d'un vrai bazar...

Ginko.

[ananda]

Salut,

Je vous propose vivement de lire le dossier "Les espèces existent-elles ?", écrit par Jean-Jacques Kupiec pour Sciences et Avenir (JJK est notamment le co-auteur du livre "Ni Dieu Ni Gène" avec Pierre Sonigo). Voici quelques lignes de l'introduction :

Le problème de l’espèce concerne la biologie au premier chef, tout particulièrement la biologie de l’évolution, mais également la génétique et la biologie moléculaire. Il a été l’objet de la querelle des universaux, un débat qui a duré tout au long du Moyen Age et eu des conséquences très importantes sur l’histoire des sciences. La question alors posée était de savoir si les espèces – au sens général, c’est-à-dire aussi bien celles qui regroupent les artefacts fabriqués par l’homme que celles qui concernent les êtres naturels, physiques ou biologiques – existent réellement…

Téléchargement ici (sur le site perso de jean-jacques Kupiec)

A+

Ananda

[invite191f8f85]

Salut,

Je vous propose vivement de lire le dossier "Les espèces existent-elles ?", écrit par Jean-Jacques Kupiec pour Sciences et Avenir (JJK est notamment le co-auteur du livre "Ni Dieu Ni Gène" avec Pierre Sonigo). Voici quelques lignes de l'introduction :

Perso, je suis un fan Kupiec !

Kinette: correction des balises

[chrisgir]

Tiens un sujet que j'aime bien...

En tout cas en botanique, aucune des définitions données n'est vraiment utilisable en pratique. Il y a beaucoup trop d'exceptions, notamment liées aux fluctuations importantes des nombres chromosomiques chez une même espèce. C'est pour ça maintenant je préfère les définitions phylogénétiques pour ensuite retrouver des caractères morpho servant à l'identification. Actuellement, on regarde principalement l'existence ou non d'intermédiaires entre deux espèces mais ce n'est pas toujours évident et surtout cela ne peut se faire que sur des grandes échelles (Europe par exemple)

Pour ma part je trouve plus simple de définir des sous-espèces que les espèces: la définition de Mayr s'applique assez bien pour l'allopatrie, et pour la sympatrie, on considère généralement une écologie et un nombre chromosomique différents (en gros, un cytotype adapté à un biotope particulier, différent de celui du type), avec l'existence de populations plus ou moins fertiles quand on arrive dans des zones de contact.

Quand on tombe sur un cytotype différent ou juste un écotype (l'un des deux uniquement), on peut définir une variété.

J'espère être assez clair, désolé je n'ai pas le temps de trop développer (départ en Guyane imminent) et je risque aussi d'être absent pendant un certain temps....

[aquilegia]

C'est vrai que la notion de niche écologique inclue non seulement un possible éloignement géographique, favorisant la dérive génétique mais aussi le fait que les contraintes environnementales puisse être différentes pour deux population séparées et donc faire diverger l'évolution de ces deux population.

Bonjour,
l'avantage, c'est aussi d'ouvrir la possibilité de spéciation sympatrique (sans isolement géographique, mais avec un simple isolement écologique).

Oui, ça serait bien de savoir si l'espèce est seulement une convention aux sein des scientifiques pour les besoins de la classification ou si une telle unité est réellement définie dans la nature.

Eh bien, cette définition marche très bien pour certains phylum et pas du tout pour d'autres (notamment certains végétaux).
On peut noter d'ailleurs que les végétaux mettent aussi à mal la notion d'individu, alors....
Et puis il reste surtout le problème des organismes dont la reproduction n'est pas sexuée!!

on peut imaginer que dans des conditions environnementales inaltérables et immuables, la nécessité de reproduction deviendrait obsolète (car plus besoin de génerer de nouveaux variants), nous serions alors immortles, mais vivants !

Hum, je ne suis pas sure : dans le cas d'un environnement absolument fixe, il y aurait toujours la possibilité de mutation, et donc de polymorphisme entre les individus de la population. Un variant encore plus performant que les autres peut apparaitre.
Meme si l'environnement est fixe, celà ne veut pas dire que la sélection naturelle n'existe pas.

[ananda]

sans isolement géographique, mais avec un simple isolement écologique

Je n'arrive pas à saisir la différence !

[aquilegia]

Pour ma part je trouve plus simple de définir des sous-espèces que les espèces: la définition de Mayr s'applique assez bien pour l'allopatrie, et pour la sympatrie, on considère généralement une écologie et un nombre chromosomique différents (en gros, un cytotype adapté à un biotope particulier, différent de celui du type), avec l'existence de populations plus ou moins fertiles quand on arrive dans des zones de contact.

Chez certains végétaux, peut-etre, vu la les problèmes concernant l'espèce... Mais généralement, la notion de sous-espèce inclut une part d'arbitraire qui ne me satisfait personellement pas du tout.

Quand on tombe sur un cytotype différent ou juste un écotype (l'un des deux uniquement), on peut définir une variété.

Justement, comment savoir si le critère de caractérisation de la sous espèce a bien un sens biologique?
Comment savoir si il n'existe pas un critère (métabolique, physiologique...) plus important que celui que l'on a utilisé?

J'espère être assez clair, désolé je n'ai pas le temps de trop développer (départ en Guyane imminent) et je risque aussi d'être absent pendant un certain temps....

Ah la Guyane!!
Tu as bien de la chance.... Si tu passes par la réserve de l'Amana, tu diras bonjour aux tortues et aux libellules pour moi...

[aquilegia]

Je n'arrive pas à saisir la différence !

C'est pourtant simple :
ordinairement, pour qu'un isolement reproducteur se mette en place entre deux populations, on considère qu'il faut préalablement un isolement géographique (rivière séparant les pop, insulation etc...) pour arretter les flux génétiques entre les populations.
En effet, si il y a un flux de gènes, le brassage génétique qui s'ensuit interdit que des divergences génétiques s'installent entre les deux pop.

Dans le cas de la spéciation sympatrique, l'isolement entre les deux populations est écologique. Par exemple, une population d'un insecte va se spécialiser sur un type de fruit particulier... alors que le reste de l'espèce vit sur un autre, dans la meme région.
Les deux populations peuvent se rencontrer, vivent au meme endroit, mais n'occupent pas tout à fait la meme niche écologique, ce qui peut permettre de rapidement conduire à un isolement reproducteur.

Un exemple connu est celui des poissons mangeurs d'écailles : ils volent les écailles sur les flancs des autres. Certains ont la bouche à droite, et d'autre la bouche à gauche. Ils peuvent s'hybrider, mais les hybrides sont très défavorisés. Par conséquent, seuls survivent ceux dont la bouche est située vraiment de coté. Les populations dextres et senestres sont donc en cours de spéciation sympatrique.

[invitece4c4d59]

Chez certains végétaux, peut-etre, vu la les problèmes concernant l'espèce... Mais généralement, la notion de sous-espèce inclut une part d'arbitraire qui ne me satisfait personellement pas du tout.

Justement, comment savoir si le critère de caractérisation de la sous espèce a bien un sens biologique?

la simple notion d'espèce en a t'il un ? essayer donc de définir la notion d'espèce chez les bactéries.

je vous laisse essayer

[aquilegia]

la simple notion d'espèce en a t'il un ? essayer donc de définir la notion d'espèce chez les bactéries.

Hum.... vous n'avez pas du lire les précedents posts... qui concernent justement la notion d'espèce.

D'ailleurs, il me semble avoir dit moi meme que la définition de Mayr ne s'appliquait qu'aux sexués... ce qui n'est pas le cas des bactéries ni des archées, il me semble?

[invite191f8f85]

Hum, je ne suis pas sure : dans le cas d'un environnement absolument fixe, il y aurait toujours la possibilité de mutation, et donc de polymorphisme entre les individus de la population. Un variant encore plus performant que les autres peut apparaitre.
Meme si l'environnement est fixe, celà ne veut pas dire que la sélection naturelle n'existe pas.

Bonjour aquilegia,

Dans un environnement (fictif) inaltérable et immuable, on peut penser qu'il n'y aurait plus de mutations, pour deux raisons.

Les causes des mutations ponctuelles sont, d'une part les erreurs qui surviennent lors de la réplication du génome (erreur intrinsèque liée aux ADN polymerases) , et d'autre part celles qui sont causées par des agressions chimiques de l'ADN (oxydants divers...)(erreurs extrinsèques) générant ainsi une matrice incorrect.

Concernant, les erreurs intrinsèques, elles n'existeront plus, car les cellules n'auront plus besoin de se diviser. Qu'elle est l'interet de la division cellulaire ? Chez les organismes unicellulaires, la reproduction génere des variants pour justement faire face aux conditions exterieures changeant. Chez les multicellulaires, les divisions (somatiques) permettent de renouveller les veilles cellules dont le génome est trop abimer pour pouvoir continuer à exprimer sa fonction. Or dans les conditions stables que j'ai énoncé, on peut également imaginer un dernier postulat (bon je sais ca commence à faire beaucoups !), celui d'avoir des systèmes de réparations de l'ADN particulièrement efficasses, protègeant l'ADN des agressions extrinsèques. Et concernant, la division (et la differenciation) des cellules germinales, elles permettent à travers la reproduction sexuée de générer de discret variants, encore une fois pour faire face aux conditions exterieures changeant. Dans ces conditions, elles (les cellules germinales) n'exiteront plus !
Dans ces conditions de stabilité parfaite, le génome devenant lui-même inaltérable et immuable !
On pourra alors dire que le génome des êtres vivants contient le "programme" de la vie (utiliser le terme de "programme" génétique pour nos génomes et ceux de nos ancetres est une aberration, qu'on connait la plasticité de cette "patte à modeler" et les tumultes de notre environnement!)

L'environnement fictif, inaltérable et immuable n'est bien sure qu'une vue de l'esprit.

A+

[John78]

Salut

D'ailleurs, il me semble avoir dit moi meme que la définition de Mayr ne s'appliquait qu'aux sexués... ce qui n'est pas le cas des bactéries ni des archées, il me semble?

Et de plein plein d'eucaryotes, il ne reste plus grand monde pour suivre la définition de Mr Mayr...

A+
John

[John78]

Allez, proposition :

Pourquoi ne pas fixer arbitrairement un pourcentage de ressemblance génétique fixé au cas par cas pour chaque grand groupe d'organisme. On prends un gène donné, ou un ensemble de gènez donnés et on dit qu'a moins de 95% de ressemblance il s'agis d'espèce distincte. Ou 99%, ou 90%. De manière a passer outre le polymorphisme génétiques au seins d'une même espèce. L'avantage c'est que l'on peut l'appliquer a tout le vivant du fait de la conservation universelle de certains gènes...

Votre opinion ???

A+
John

[aquilegia]

Allez, proposition :

Pourquoi ne pas fixer arbitrairement un pourcentage de ressemblance génétique fixé au cas par cas pour chaque grand groupe d'organisme. On prends un gène donné, ou un ensemble de gènez donnés et on dit qu'a moins de 95% de ressemblance il s'agis d'espèce distincte. Ou 99%, ou 90%. De manière a passer outre le polymorphisme génétiques au seins d'une même espèce. L'avantage c'est que l'on peut l'appliquer a tout le vivant du fait de la conservation universelle de certains gènes...

Votre opinion ???

A+
John

Ça me parait une idée interessante...
ON pourrait peut-etre calculer le seuil minimal à partir des observations sur le degré de ressemblance génétique entre des espèces très proches pour lesquelles la définition de Mayr s'applique?

[invite191f8f85]

Mais c'est pas déja ce qui est fait en phylogénie moléculaire, la comparaison de la séquences des ARN ribosomiaux entre espèces ?

A+

[aquilegia]

Dans un environnement (fictif) inaltérable et immuable, on peut penser qu'il n'y aurait plus de mutations, pour deux raisons.

Les causes des mutations ponctuelles sont, d'une part les erreurs qui surviennent lors de la réplication du génome(...)
Concernant, les erreurs intrinsèques, elles n'existeront plus, car les cellules n'auront plus besoin de se diviser. Qu'elle est l'interet de la division cellulaire ?

Bonjour Alli,
C'est une vision très finaliste que de dire : "la division cellulaire sera inutile donc elle va disparaitre"

D'une part, meme dans un environnement fixe, où les ressources sont illimitées, les accidents arrivent, les maladies existent toujours, la mort n'est pas absente.
Chez les animaux , les végétaux etc., la sénescence ne sera pas supprimée... car elle n'est qu'un sous produit de la vie elle meme, on ne peut pas supprimer les gènes causant la sénescence, car ce sont eux qui permettent la construction meme de l'individu.
Si la mort n'est pas absente, la division cellulaire est indispensable, car sinon la vie disparait.

D'autre part, meme si la division cellulaire était inutile, crois-tu qu'elle disparaitrait comme celà?
Meme si c'était le cas, si un individu incapable de se diviser (ou stérile) arrive dans une population qui se divise (ou qui se reproduit au sens large), que crois-tu qu'il va se passer?

Et surtout, comment penser qu'une population puisse etre constituée uniquement de tels etres? Etant incapables de reproductions, ils ne peuvent pas transmettre leur caractéristique!
Comment peuvent-ils envahir la population?

Chez les organismes unicellulaires, la reproduction génère des variants pour justement faire face aux conditions exterieures changeant.

Là aussi, c'est une vision finaliste.
Les variant ne sont pas générés "pour" quelque chose.
Ils arrivent, c'est tout. Une fois qu'ils sont là, soit ils sont efficaces et ils ont des chances d'envahir la population, soit ils sont défavorisés et ils disparaissent (c'est très simplifié mais bon...).

Chez les multicellulaires, les divisions (somatiques) permettent de renouveller les veilles cellules dont le génome est trop abimer pour pouvoir continuer à exprimer sa fonction.

Ce ne sont pas les cellules dont le génome est abimé qui disparaissent... les cellules sont programmées pour disparaitre au bout d'un certain temps, ce qui a pour conséquence d'éviter que des cellules abimée (pas uniquement leur génome) ne soient présentes.

Or dans les conditions stables que j'ai énoncé, on peut également imaginer un dernier postulat (bon je sais ca commence à faire beaucoups !), celui d'avoir des systèmes de réparations de l'ADN particulièrement efficasses, protègeant l'ADN des agressions extrinsèques. Et concernant, la division (et la differenciation) des cellules germinales, elles permettent à travers la reproduction sexuée de générer de discret variants, encore une fois pour faire face aux conditions exterieures changeant.

Encore une fois, il n'y a pas de "but" à la production de variants. Il se trouve que les populations qui en produisent ont plus de chance que les autres:
-1 de voir émerger un phénotype encore plus efficace dans les memes conditions environnementales
-2 de pouvoir faire face à des conditions environnementales changeantes (mais ce n'est qu'un des aspects)

Si certaines ne produisaient pas de variants, elles seraient balayés par les autres, que l'environnement soit changeant ou pas (c'est peut etre pour ça que les organismes invariant, à "réplication parfaite" n'existent pas).

Dans ces conditions, elles (les cellules germinales) n'exiteront plus !

Il est dangereux de penser que parce que quelque chose est évolutivement interessant, (ce qui n'est pas le cas d'une absence de reproduction), celà va forcément de produire.
D'autre part, il n'y a peut etre tout simplement pas de moyen physiologique de faire naitre des cellules dont le système de réplication est "parfait"....

L'environnement fictif, inaltérable et immuable n'est bien sure qu'une vue de l'esprit.

Bien entendu, et tu as oublié de dire que les ressources étaient illimitées, car sinon, la compétition pour les ressources demeure.

Mais meme dans ces conditions, des organismes pouvant se multiplier et etre plus efficaces en terme d'assimilation des ressources et de reproduction seront toujours avantagés par rapport aux autres.

[aquilegia]

Mais c'est pas déja ce qui est fait en phylogénie moléculaire, la comparaison de la séquences des ARN ribosomiaux entre espèces ?

A+

Oui, mais en général, on a déjà déterminé les espèces avant de faire l'analyse. On veut simplement connaitre le degré de parenté des phylum.

Là, le but du jeu serait d'utiliser l'ADN (et pas seulement l'ADN ribosomique, car ce n'est pas assez précis à l'échelle de l'espèce) pour déterminer les espèces pour lesquelles aucune définition satisfaisante ne peut etre donnée.

[invite919d2356]

Allez, proposition :

Pourquoi ne pas fixer arbitrairement un pourcentage de ressemblance génétique fixé au cas par cas pour chaque grand groupe d'organisme. On prends un gène donné, ou un ensemble de gènez donnés et on dit qu'a moins de 95% de ressemblance il s'agis d'espèce distincte. Ou 99%, ou 90%. De manière a passer outre le polymorphisme génétiques au seins d'une même espèce. L'avantage c'est que l'on peut l'appliquer a tout le vivant du fait de la conservation universelle de certains gènes...

Votre opinion ???

A+
John

Bon je suis pas du tout expert dans le domaine et vous me corrigerez si je dis de grosses bêtises mais j'ai des doutes quant à l'utilisation d'une telle méthode. Je vois uniquement l'utilisation du degré de ressemblance génétique comme moyen de situer les divergences dans le temps de populations déjà différenciées à partir d'autres critères (des espèces par ex. correspondant à la déf de l'espèce de Mayr). Et mes doutes viennent des questions suivantes que je me pose :
Les gènes très conservés ne présentent-ils pas justement trop peu de polymorphisme pour les exploiter à cette fin ? Serait-ce vraiment généralisable comme méthode avec ce problème "d'horloge moléculaire" différente selon les types de gènes et qui rendrait la notion de seuil de ressemblance sans grande signification ?

[aquilegia]

Et mes doutes viennent des questions suivantes que je me pose :
Les gènes très conservés ne présentent-ils pas justement trop peu de polymorphisme pour les exploiter à cette fin ?

C'est justement parce que certaines séquences sont très conservées qu'il faudrait aussi en utiliser de peu conservées, très polymorphes :
-d'une part, celà permettrait de prendre en compte le polymorphisme intra spécifique
-d'autre part, celà permettrait beaucoup plus de finesse d'analyse

Serait-ce vraiment généralisable comme méthode avec ce problème "d'horloge moléculaire" différente selon les types de gènes et qui rendrait la notion de seuil de ressemblance sans grande signification ?

L'horloge moléculaire est la meme pour tous les gènes. La seule façon de la masquer, c'est de sélectionner les séquences, mais il y a toujours des séquences neutres dans un génome...
Le vrai problème, c'est de savoir si on pourrait trouver un "seuil de ressemblance" universel...

[John78]

D'ac avec les réponses donnée a Aquilegia aux remarques de Np81.

Le vrai problème, c'est de savoir si on pourrait trouver un "seuil de ressemblance" universel...

Je pense qu'il faudrait établir un seuil par grand groupe car on sait que les vitesses d'évolution d'un même gène sont parfois très variable. Ce qui fausserait le calibrage. Généralement en microbio le seuil est fixé a 95% pour l'ARN 16S. Pour les mammifères par ex. c'est pas un bon gène car trop conservé. Il faudra aller voir du coté de région plus variable. Trouver le ou les "bons gènes" c'est un peu la limite de la méthode... Mais ton idée est bonne de calibrer la méthode suivant la définition de Mayr.

A+
John

[Prolagus]

Salut



Et de plein plein d'eucaryotes, il ne reste plus grand monde pour suivre la définition de Mr Mayr...

A+
John

D'où l'intérêt d'y adjoindre une considération synécologique + tenir compte de phénomènes historiques ("bagages" génétiques, phylogéographie...). La sexualité peut alors être reléguée en arrière-plan.

Et même chez les eucaryotes "supérieurs" (ouh le vilain terme conoté que voilà ) l'isolement reproductif est loin d'être satisfaisant... en raison des cytotypes p.ex. (cochon, souris...) ou encore de la notion de "potentiellement interfécond" (= nécessité de réaliser des millions de croisements pendant des années pour statuer sur le statut d'espèce d'une petite population de palourdes... bonjour le travail...). Et encore, on ne parle pas des espèces fossiles, où là c'est la phylogénie + typologie qui prévalent.

Au final j'ai l'impression que le terme espèce recouvre un joyeux mélange de définitions opérationnelles, propres à divers "domaines", au sein desquels se met en place un consensus mou. Pour autant, ce n'est pas du purement arbitraire, faudrait pas jeter le bébé avec l'eau du bain.

[aquilegia]

Et même chez les eucaryotes "supérieurs" (ouh le vilain terme conoté que voilà )

En effet.... connoté, et faux.

l'isolement reproductif est loin d'être satisfaisant... en raison des cytotypes p.ex. (cochon, souris...) ou encore de la notion de "potentiellement interfécond" (= nécessité de réaliser des millions de croisements pendant des années pour statuer sur le statut d'espèce d'une petite population de palourdes... bonjour le travail...).

La définition de Mayr n'est pas généralisable à tout le vivant, certes, mais je ne suis pas sure que ce soit pour les raisons que tu invoques...
En effet, elle prend aussi en compte les critères comportementaux : les populations doivent etre interfécondes dans leur milieu naturel...
exit les tigrons, mulets, etc.... à ma connaissance, il n'y a pas beaucoup de soucis chez les animaux avec cette définition, elle reste cohérente... (un simple décalge de période de reproduction entre deux populations suffit)
Pas besoin de croisements en laboratoire, donc, mais plutot de travaux de génétique des populations afin de vérifier les flux de gènes entre populations.

Entre le cochon et la souris, ce n'est pas un problème d'espèce, mais de phylum... ou alors je n'ai pas compris?
Quand à la notion de "potentielle interfécondité", si elle a lieu dans le milieu naturel, elle correspond d'après la définition de Mayr à un isolement reproducteur partiel, donc potentiellement à une spéciation en cours (après, tout dépend du contexte)... ce qui ne pose pas non plus de problème de fond.

Mais on reste toujours chez les animaux... Celà ne résout pas le problème des autres organismes...

Et encore, on ne parle pas des espèces fossiles, où là c'est la phylogénie + typologie qui prévalent.

Oui, alors là, c'est encore une autre histoire...
mais meme si on pouvait mettre au point une methode du type de celle proposée par John78, récupérer de l'adn fossile risque de ne pas toujours etre évident... Néanmoins, si l'on reglait le problème au niveau des organismes actuels, on serait déjà bien avancés...

[invite191f8f85]

Bonjour aquilegia,

Ah je vais enfin pouvoir argumenter un petit peu avec toi, car jusqu'à maintenant, je n'ai fais "que" lire avec interet vos discussions de spécialistes, sans pouvoir y intervenir.

Bonjour Alli,
C'est une vision très finaliste que de dire : "la division cellulaire sera inutile donc elle va disparaitre"

D'une part, meme dans un environnement fixe, où les ressources sont illimitées, les accidents arrivent, les maladies existent toujours, la mort n'est pas absente."

Ma vision finaliste que tu soulèves n'est qu'un abus de language de ma part. Mais c'est malheureusement bien pratique, et ca evite de systematiquement de redire : generation au hasard de variants qui seront ou pas selectionés par l'environnement ! Mais je te l'accorde, en science dès qu'on simplifie une théorie, par définition on est dans le faux ! Je sais pertinemment que le finaliste en biologie est dangereux, et je suis bien conscient (et y adhère pleinement) de le notion de "hasard/selection" en évolution, et en biologie de façon générale.

Ce ne sont pas les cellules dont le génome est abimé qui disparaissent... les cellules sont programmées pour disparaitre au bout d'un certain temps, ce qui a pour conséquence d'éviter que des cellules abimée (pas uniquement leur génome) ne soient présentes

.

C'est là ou je ne suis pas d'accord avec toi. Il n'y a que chez C. elegens ou on a réussi à mettre en évidence un gène qui une fois invalidé prolonge la vie de cette bestiole ! Evidemment après cette découverte extraordinaire, tous les chercheurs ont cru " au gène Saint-Graal de l'immortalité"...ils se tous bien planté ! Car aujourd'hui, la théorie la plus admise dans ce domaine consiste à dire qu'il y a non pas un programme (comme l'aurait fait penser C.elegens) comdamnant les cellules à la mort après un certain nombre (pré-programmées) de divisions, mais plutôt qu'il a y compétition entre la capacité qu'a une cellule (souche) de suporter les mutations (systeme de réparations de l'ADN, et "junk DNA" qui pour le coup ne serait plus si junk et si egoïste que ça, puisqu'il servirait à (encore un abus de language !) tamponner ces mutations !) et de l'autre coté l'accumulation de ces mutations. Une fois que l'équilibre mutations / tampon serait en la faveur des mutations, irreversiblement la cellule sénesserait (ou vieillirait pour être plus Français), puis finirait par mourir (exception des cellules cancereuses qui seraient des variants capable de résister à ses mutations vieillissantes...mais c'est une autre histoire).
Ne plus vouloir parler de programme génétique en biologie cellulaire et moléculaire, c'est justement vouloir mettre à la corbeille le finaliste lamarckien qui continue encore aujourd'hui a polluer les débats dans la bio mol.
Est-ce tu connais le livre de Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo "Ni Dieu, ni gènes" ? Kupiec propose une théorie darwinienne du développement, ou justement il remet en cause la notion de programme ( très interressant ).

Bien entendu, et tu as oublié de dire que les ressources étaient illimitées, car sinon, la compétition pour les ressources demeure

Totalement d'accord avec "illimitées".


A+

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[invite919d2356]

L'horloge moléculaire est la meme pour tous les gènes.

Ne te trompes-tu pas ? Horloge moléculaire=rythme d'évolution d'une protéine ou d'une séquence d'adn donnée, non ? Elle est constante pour chaque gène donné mais varie d'un gène à l'autre car si le taux de mutation reste constant, la proportion de mutations neutres peut être différente selon le gène concerné.

Trouver le ou les "bons gènes" c'est un peu la limite de la méthode...

Ouais. Il faudrait que ces gènes candidats (parce que un seul me paraît un peu limite) soient bien conservés au sein d'un grand groupe et suffisamment neutres pour faire apparaître un polymorphisme exploitable.

Le vrai problème, c'est de savoir si on pourrait trouver un "seuil de ressemblance" universel...

Mais cela reviendrait à admettre que le rythme d'évolution de ces gènes utilisés pour les comparaisons qui est constant dans le temps est proportionnel au rythme de spéciation qui serait donc lui-même constant. Or ce n'est pas vrai, il n'y a pas de rythme de spéciation constant car cela signifierait que le phénomène de spéciation dépend uniquement du taux de mutation. Ce serait oublier les autres forces évolutives (sélection, dérive et migration) qui participent. Des espèces ont par exemple pu apparaître relativement rapidemment suite à une réduction drastique et brutale d'une population (effet "bottle neck"). Dans un tel exemple, on pourrait donc nier l'existence de 2 espèces différentes car isolées reproductivement et globalement bien distinctes au niveau génétique mais pour lesquelles le taux de ressemblance serait largement supérieur au "seuil de ressemblance" fixé pour les gènes retenus pour la comparaison avec la méthode de John78. Donc la méthode seule ne pourrait pas être applicable pour différencier les espèces, c'est juste un outil pouvant apporter des infos complémentaires. La définition des espèces de Mayr reste la meilleure.
Bon je sais pas si j'ai été très clair dans mon raisonnement...

[John78]

Salut

Ne te trompes-tu pas ? Horloge moléculaire=rythme d'évolution d'une protéine ou d'une séquence d'adn donnée, non ? Elle est constante pour chaque gène donné mais varie d'un gène à l'autre car si le taux de mutation reste constant, la proportion de mutations neutres peut être différente selon le gène concerné.

En fait la vitesse d'évolution peut etre hétérogène : entre gènes différents, pour un même gène entre des espèces différentes, au sein d'un gène en fonction des endroits de la molécule. Et souvent tout a la fois. L'horloge moléculaire est un concept quasi-abandonné. Pour les datations d'une divergence entre taxons on lui préferre le concept d'horloge moléculaire "relaxée" : les vitesses d'évolutions sont hétérogènes entre les branches d'un arbre phylogénétique.

A+
John