Oui, c'est en grande partie la limite de cette méthode étant donnée que choisir les "bons gènes" reviendrait à choisir le facteur de sélection des individus pour savoir s'ils appartiennent à l'espèce étudiée, et donc par conséquent à choisir l'étendue de l'unité que l'on appelle espèce". Et ce malgré le fait qu'on choisirait un seuil "universel".Il faudra aller voir du coté de région plus variable. Trouver le ou les "bons gènes" c'est un peu la limite de la méthode...
De plus, les lois de la probabilité nous rappellent que pour avoir les meilleurs résultat, il faut que les caractéristiques étudiées soient les plus larges possible. Donc le mieux, le moins arbitraire reviendrait à comparer les génomes entiers car cela permettrait d'éliminer le risque de tomber sur une "espèce" dont le ou les gènes étudiés seraient très polymorphes.
Quoiqu'il en soit, je suis d'accord avec Np81 que cet méthode ne pourrait constituer qu'un outil pour la détermination d'espèces étant donné l'arbitraire qui le fonde (choix des gènes à étudier ET du seuil de différence/ressemblance).
Ginko.
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